Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,308,560 | T→A | 8.2% | L25Q (CTG→CAG) | PP_1143 → | 3‑hydroxyisobutyrate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,308,560 | 0 | T | A | 8.2% | 141.7 / 2.3 | 46 | L25Q (CTG→CAG) | PP_1143 | 3‑hydroxyisobutyrate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/20); new base A (2/2); total (24/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCACCGTTCTGCCAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTG > NC_002947/1308415‑1308708 | ccACCGTTCTGCCAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGCATCAACGAAGAGTTTAGCGGGGAGCACGGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCa > 1:884728/1‑150 (MQ=255) cACCGTTCTGCCAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAg > 1:557693/1‑150 (MQ=255) cGTTCTGCCAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCTGCCAGCAGGcggcgg < 1:1179909/150‑1 (MQ=255) cGTTCTGCCAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCgg < 2:1294539/150‑1 (MQ=255) cGTTCTGCCAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCgg < 2:833498/150‑1 (MQ=255) cGTTCTGCCAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCgg < 2:1406593/150‑1 (MQ=255) ttCTGCCAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCgg < 1:1421919/148‑1 (MQ=255) ttCTGCCAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCgg > 2:1421919/1‑148 (MQ=255) ccAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATcc < 2:557693/150‑1 (MQ=255) ccACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACg > 1:493143/1‑150 (MQ=255) cACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACgg > 1:64153/1‑150 (MQ=255) aCCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGt > 2:939114/1‑150 (MQ=255) cGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTAt < 2:463578/150‑1 (MQ=255) ggACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATgg < 2:1189885/150‑1 (MQ=255) ccAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGc < 2:64153/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAAc > 2:182578/1‑143 (MQ=255) cAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAAc < 1:182578/143‑1 (MQ=255) aaaTGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGt < 2:1252387/150‑1 (MQ=255) ttCGAATAAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGcgcc > 2:707440/1‑150 (MQ=255) gtcagGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTc < 2:493143/150‑1 (MQ=255) gAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCTGCCAGCAGgcggcg < 1:1149453/91‑1 (MQ=255) gAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCTGCCAGCAGgcggcg > 2:1149453/1‑91 (MQ=255) tGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGcc > 2:1098667/1‑150 (MQ=255) aGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTg > 2:149068/1‑150 (MQ=255) cactgcactACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGc < 2:982287/150‑1 (MQ=255) ctgcactACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGt > 2:1188981/1‑114 (MQ=255) ctgcactACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGt < 1:1188981/114‑1 (MQ=255) tgcactACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCt < 2:1173615/144‑1 (MQ=255) tgcactACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCt > 1:1173615/1‑144 (MQ=255) actACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCcagcag < 1:939114/150‑1 (MQ=255) cTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCAGCCACACGGAGCCAGCGGGTTCTCGCCTGAGGGGATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCgg > 1:1243114/1‑150 (MQ=255) gCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGa > 2:1039398/1‑150 (MQ=255) gCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGa > 1:723206/1‑150 (MQ=255) cTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGaa < 2:1038923/150‑1 (MQ=255) ttGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACCAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCCGCCCGGCCGAAt > 1:523028/1‑150 (MQ=255) aTTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATtgtg > 2:92345/1‑150 (MQ=255) ggCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAACGGGTTATCCGCTGACGGTATGAAATTTCATCCCGGAAAAGAGCGCCGCGCTTGTTGTTTGTGGGGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGAc > 1:1029156/1‑150 (MQ=255) cTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATg > 1:621110/1‑150 (MQ=255) tGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGTGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATgg < 1:411218/150‑1 (MQ=255) tGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATgg < 2:860925/150‑1 (MQ=255) ccTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGGCAGCGACATGGTGCTACt > 2:540819/1‑150 (MQ=255) ccTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACt < 2:65731/150‑1 (MQ=255) ccTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACt > 1:966574/1‑150 (MQ=255) ccTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACt > 2:1127426/1‑150 (MQ=255) gtgCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGc < 2:966574/150‑1 (MQ=255) gccTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACAcgg > 1:580718/1‑150 (MQ=255) ctgGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCggtg < 2:884728/150‑1 (MQ=255) | CCACCGTTCTGCCAGTCGCCACCGGGACCGTCGCCAGCCTGGGAAATGTTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTG > NC_002947/1308415‑1308708 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |