Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,310,124 | A→T | 12.6% | L472Q (CTG→CAG) | PP_1144 ← | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,310,124 | 0 | A | T | 12.6% | 127.5 / 11.3 | 49 | L472Q (CTG→CAG) | PP_1144 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/22); new base T (2/4); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.79e-01 |
TGGCTTCGGCAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCTGT > NC_002947/1309975‑1310269 | gggCGTCGGCAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGagca < 1:1176799/149‑1 (MQ=255) tCGGCAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACATACAGCTCGCGCTCTTCGAGCAGCGcc > 2:515683/1‑150 (MQ=255) gACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCTGCGCCTGGCGCTGctc < 2:561652/150‑1 (MQ=255) cAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCtctt > 2:656260/1‑150 (MQ=255) aaaaCAGTCGCGCCCGAGCAGGCCGTGTTGCGGCTGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGGTTGGCCACTTTCCCGCTGCCCTGGTCAAAGATCGGCTGTTAGTGCACAAAAACCCCGCACTCTTCTGTCGGCGCCAGGCGCAGCtcttt > 2:2205/1‑149 (MQ=255) aaCGGTCGGGCCCGAGCAGGCTGTGTTGAGGATGCTGCGAGCGTAGCAGTGTTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTcttctt < 2:308255/150‑1 (MQ=255) aaCGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCTGCGCCTGGCGCTGctcgaaga < 1:47149/150‑6 (MQ=255) ccGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGtt < 2:199506/145‑1 (MQ=255) ccGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGtt > 1:199506/1‑145 (MQ=255) cGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAgg < 2:173328/150‑1 (MQ=255) aGCAGGCCGTGTTGACGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTTGAAGCTCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCg < 1:99204/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGa > 2:1261481/1‑150 (MQ=255) gCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGa > 2:489840/1‑150 (MQ=255) tgtTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGAcgcg > 2:432567/1‑150 (MQ=255) tGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGa < 1:729629/150‑1 (MQ=255) gAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAg > 2:1381574/1‑150 (MQ=255) ggATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGTCGATCGACGCGCGAGcc < 2:730112/150‑1 (MQ=255) ctgcCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAg < 1:1261481/150‑1 (MQ=255) tgcCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCTGCGCCTGGCGCTGctcgaaga > 1:1160789/1‑110 (MQ=255) tgcCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCTGCGCCTGGCGCTGctcgaaga < 2:1160789/115‑6 (MQ=255) ccAGCGTACAAGCGCTTCCAGTGTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCt < 2:1259813/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTga < 1:511816/150‑1 (MQ=255) cAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTgaa > 1:895623/1‑150 (MQ=255) cAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTgaa < 2:1209081/150‑1 (MQ=255) gcgcTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGAc < 1:1210130/122‑1 (MQ=255) gcgcTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGAc > 2:1210130/1‑122 (MQ=255) ttCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGAc < 2:406257/118‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGAc > 1:406257/1‑118 (MQ=255) ttCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAAtt > 1:1002810/1‑150 (MQ=255) aGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAgg < 1:489840/150‑1 (MQ=255) ccACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTAAAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTgc > 1:635080/1‑150 (MQ=255) cACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGAcgcgc < 2:860632/110‑1 (MQ=255) cACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGAcgcgc > 1:860632/1‑110 (MQ=255) ccGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTg > 1:1044410/1‑150 (MQ=255) cGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGAAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGt > 1:1403168/1‑150 (MQ=255) cgcAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTg < 1:432567/150‑1 (MQ=255) gcAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGTCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTgg < 2:1002810/150‑1 (MQ=255) gTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGCGCAGCGCCAGACGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGtt < 1:530838/129‑1 (MQ=255) gTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGtt > 2:530838/1‑129 (MQ=255) cTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGATCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAg < 1:2205/150‑1 (MQ=255) gCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCAt > 2:885103/1‑150 (MQ=255) acacacaGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGc > 1:352178/1‑150 (MQ=255) caGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGag < 1:80672/150‑1 (MQ=255) cgcgCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAgg < 2:1054645/125‑1 (MQ=255) cgcgCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAgg > 1:1054645/1‑125 (MQ=255) gcTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTATTCTTCGAGTTAAAAGGCGATCGACGCTCGACCCTTCAGGCTGACCATGAACTGAGTGCCGGTATCGGCCTCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTTAGCAGCTCtt > 1:678917/1‑150 (MQ=255) tCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCt < 2:955570/150‑1 (MQ=255) gAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCAtt < 2:1270564/69‑1 (MQ=38) gAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCAtt > 1:1270564/1‑69 (MQ=38) gAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCtgt < 1:718077/150‑1 (MQ=255) | TGGCTTCGGCAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCTGT > NC_002947/1309975‑1310269 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |