| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,425,662 | C→T | 7.2% | intergenic (+57/‑448) | PP_1249 → / → PP_1250 | DUF4223 domain‑containing protein/group II intron‑encoding maturase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,425,662 | 0 | C | T | 7.2% | 288.7 / 8.3 | 98 | intergenic (+57/‑448) | PP_1249/PP_1250 | DUF4223 domain‑containing protein/group II intron‑encoding maturase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/40); new base T (4/3); total (55/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
CTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTG > NC_002947/1425518‑1425808 | cTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATg > 2:1221315/1‑150 (MQ=255) tccGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATgg > 2:415313/3‑150 (MQ=255) tACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATGCCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTACCTCAGCAGCAGTAATTTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATgg > 1:187383/1‑150 (MQ=255) aCGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGc > 2:800596/1‑150 (MQ=255) aCTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCgg < 2:516714/150‑1 (MQ=255) gtACGTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGCCATGTGCATGACCggg < 1:92272/149‑1 (MQ=255) cTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGCCATGTGCATGACCggg > 2:636795/1‑150 (MQ=255) tACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCgggg > 2:286669/1‑150 (MQ=255) tACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCgggg < 1:3196/150‑1 (MQ=255) ttCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGCCATGTGCATGACCgggggccttg < 1:636795/150‑6 (MQ=255) cTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTgcg > 1:466700/1‑150 (MQ=255) cTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGACCCGATCGATAAACTACCTCAGAAGCAGTCATCTTAGCGATACCCTAATTGGAACTTATCCTGTCTGAGCCAGGGCGCCCGTTCATGAACATGGCCGGGGGGTTTTGTGTgcg > 2:160852/1‑150 (MQ=255) ttCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATGCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTgcgc > 2:1027250/1‑150 (MQ=255) 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cAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGc > 2:1300705/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGc > 2:751158/1‑150 (MQ=255) cccccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg < 1:639104/150‑1 (MQ=255) cccccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg > 1:1310532/1‑150 (MQ=255) cccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGCGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg > 1:751330/1‑150 (MQ=11) ccccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAgg > 2:429379/1‑150 (MQ=255) cccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGaa < 2:1281565/135‑1 (MQ=255) cccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGaa > 1:1281565/1‑135 (MQ=255) cccGGTCATGCACATGGCCGAGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGc > 1:399834/1‑150 (MQ=255) ccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGTGAAGTGTTAGCCGGAGGCa > 2:490892/1‑150 (MQ=11) aTGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGgtg > 2:245737/1‑150 (MQ=255) | CTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTG > NC_002947/1425518‑1425808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |