| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,465,880 | T→A | 9.4% | K440* (AAG→TAG) ‡ | algG ← | poly(beta‑D‑mannuronate) C5 epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,465,880 | 0 | T | A | 9.4% | 146.0 / 6.6 | 54 | K440* (AAG→TAG) ‡ | algG | poly(beta‑D‑mannuronate) C5 epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/26); new base A (3/2); total (24/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
GCCCAGCACACCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCGTGGCGGC > NC_002947/1465731‑1466026 | gCCCAGCACACCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCtt > 1:1345070/1‑150 (MQ=255) cccAGCACACCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTg < 1:1333982/150‑1 (MQ=255) cAGCACACCATTGCGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGGGGGGCGAGCATGGACACCTTGTCCAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGgt < 2:1143157/150‑1 (MQ=255) cAGCACACCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTCGGGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGgt < 2:904825/150‑1 (MQ=255) cacCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCAAGGTGTCgc < 1:45962/150‑2 (MQ=255) acCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGaa < 2:384796/150‑1 (MQ=255) cATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACg < 2:10143/150‑1 (MQ=255) cATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACg > 1:158348/1‑150 (MQ=255) cATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACg > 2:1387053/1‑150 (MQ=255) ttGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACggg < 1:1068651/150‑1 (MQ=255) aGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGAACGCGTGTGGACACTCAGTGCATTTTTACCGACAGCGGCCAGGCGATAG‑CACACGTCTGAAATCCAGTCGCCCACTGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGGCGGAcctgttg > 1:324899/1‑144 (MQ=255) cTGGCCTTGGGCGGGGCGAGCATGGAAACCTTGTACAGGTCGACCGATAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCTACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTcg < 2:632784/150‑1 (MQ=255) tGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTcgc < 2:509524/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGcggtc < 2:1208589/150‑1 (MQ=255) ggCAAGCGTGGACACCTTGTACAGCGCGACCGACACCGGGGAGTCGACCGACAGCGGGCCGC‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCGCGATCAGCGACACCTGGGTGTCGAACGCGTCGAGGGCGATGTCGCAGTCGGTGTCGGa < 2:629013/150‑1 (MQ=255) aTGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGTGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGgt > 2:268641/1‑104 (MQ=255) aTGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGTGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGgt < 1:268641/104‑1 (MQ=255) aTGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCt > 1:1237970/1‑150 (MQ=255) ggACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCttt > 1:457931/1‑150 (MQ=255) acacCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGa < 2:93989/150‑1 (MQ=255) ccTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGATACAGGGCCGA‑GGCCGTATGCTGACAGCTCGTCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGAtgt < 1:1387053/150‑1 (MQ=255) ccTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGAtgt < 2:450978/150‑1 (MQ=255) ccTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGGCTTTGAtgt < 2:291618/150‑1 (MQ=255) cTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGAtgtg > 2:84856/1‑150 (MQ=255) cTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGAtgtg < 1:496664/150‑1 (MQ=255) ttGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCAACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGAtgtgc > 1:224215/1‑149 (MQ=255) aCAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCtt < 2:1338697/138‑1 (MQ=255) aCAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCtt > 1:1338697/1‑138 (MQ=255) ccgacAGCGGCGAGGCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCTGAGAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTGGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGa < 2:324899/150‑1 (MQ=255) gAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTg < 2:457931/150‑1 (MQ=255) gatcgaCAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCTCGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCAt > 1:446490/1‑150 (MQ=255) gatcgaCAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCAAGGTGTCgc > 1:131655/1‑70 (MQ=255) gatcgaCAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCAAGGTGTCgc < 2:131655/71‑2 (MQ=255) tcgaCAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATgg > 1:478627/1‑150 (MQ=255) aCAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGa > 2:641355/1‑150 (MQ=255) gCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGtat < 1:270076/109‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGtat > 2:270076/1‑109 (MQ=255) cGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGc < 2:158348/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGAtgtg < 2:949839/99‑1 (MQ=255) gTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGAtgtg > 1:949839/1‑99 (MQ=255) ggCCGACCGCCCTCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGACGCGGACGGTATTGATGCCCTGGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTACACGCCGCCTAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGAt < 1:1391259/150‑1 (MQ=255) gCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGCCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGTGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGACGACCAGTCCGTTCGCCATGACGACGTTTTCGTACAGGCgactg > 2:554681/1‑146 (MQ=255) ataGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGcc < 2:444447/92‑1 (MQ=255) ataGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGcc > 1:444447/3‑94 (MQ=255) aCAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCa < 1:84856/150‑1 (MQ=255) gacacccaccACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGtt > 2:96554/3‑150 (MQ=255) cccaccACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTacgc < 1:641355/150‑1 (MQ=255) caccacGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTc > 1:793281/1‑120 (MQ=255) caccacGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTc < 2:793281/120‑1 (MQ=255) accacGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTacgcacg > 2:511471/1‑150 (MQ=255) ccacGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTacgcacgc < 1:511471/150‑1 (MQ=255) ttcGACACCAAGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCg > 2:1005406/3‑150 (MQ=255) tcGACACCAAGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCGt > 1:314711/2‑150 (MQ=255) acacCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCGTggc > 2:711000/1‑150 (MQ=255) ccTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCGTggcggc > 1:547716/1‑150 (MQ=255) ttGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTa > 2:1197724/1‑104 (MQ=255) ttGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTa < 1:1197724/104‑1 (MQ=255) | GCCCAGCACACCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGG‑AGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCGTGGCGGC > NC_002947/1465731‑1466026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |