| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,467,833 | T→A | 6.1% | Q289L (CAG→CTG) | algE ← | alginate production protein AlgE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,467,833 | 0 | T | A | 6.1% | 204.3 / 2.1 | 65 | Q289L (CAG→CTG) | algE | alginate production protein AlgE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/35); new base A (2/2); total (28/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGAAGTTGTTCGAGCCGTCATCGCCGCCGCCGCCGCTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTGGCCTCCAGGCCCAGCCAGGTAAGGTCGCCAGTGCGG > NC_002947/1467687‑1467982 | cGAAGTTGTTCGAGCCGTCATCGCCGCCGCCGCCGCTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGgt > 1:944272/1‑150 (MQ=255) gttgttCGAGCCGTCATCGCCGCCGCCGCCGCTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGgtcgtc < 2:72809/150‑1 (MQ=255) gAGCCGTCATCGCCGCCGCCGCCGCTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCTGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGATCTGGTCGTcacccacc < 2:1003141/150‑1 (MQ=255) cGTCATCGCCGCCGCCGCCGCTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACctgat < 2:380866/150‑3 (MQ=255) cGTCATCGCCGCCGCCGCCGCTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGGcacccagcaggt < 1:372276/150‑7 (MQ=255) gTCATCGCCGCCGCCGCCGCTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACctgctg < 2:1056436/150‑1 (MQ=255) aTCGCCGCCGCCGCCGCTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGt < 1:915613/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCCGCCGCTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTg < 2:139031/150‑1 (MQ=255) ccgccgccgccgcTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTc > 1:781514/1‑150 (MQ=255) cgccgccgccgcTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCa < 1:1231567/150‑1 (MQ=255) gccgcTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCt > 2:492662/1‑141 (MQ=255) gccgcTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCt < 1:492662/141‑1 (MQ=255) gccgcTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCa < 1:546548/143‑1 (MQ=255) gccgcTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCa > 2:546548/1‑143 (MQ=255) gcTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTcgcg < 2:1010688/150‑1 (MQ=255) tACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGt < 2:1032477/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCAc > 2:1135571/1‑150 (MQ=255) gTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAg > 2:111260/1‑150 (MQ=255) aCGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGcc < 1:83904/150‑1 (MQ=255) ccTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTTGCGGTAACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGc > 1:1351419/1‑150 (MQ=255) tGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGccc > 2:908368/1‑150 (MQ=255) gCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGACGACCAGGTCGCcac > 1:484732/1‑93 (MQ=255) gCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGACGACCAGGTCGCcac < 2:484732/93‑1 (MQ=255) gggTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTc > 1:89395/1‑150 (MQ=255) gTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTa > 2:225873/1‑144 (MQ=255) gTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTa < 1:225873/144‑1 (MQ=255) ggcgcaggcgGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCATCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGgtgt < 1:984050/150‑1 (MQ=255) ggcgcaggcgGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGgtgt < 2:920452/150‑1 (MQ=255) ggcgGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCCGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGt < 2:89395/150‑1 (MQ=255) ggATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTgc < 1:908368/150‑1 (MQ=255) tACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGc < 1:135553/117‑1 (MQ=255) tACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGc > 2:135553/1‑117 (MQ=255) tACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGcc > 1:573929/1‑150 (MQ=255) ccGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAg > 2:178979/1‑150 (MQ=255) ccGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAg < 2:1350972/150‑1 (MQ=255) cGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGt > 2:740923/1‑150 (MQ=255) cGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGt > 2:776833/1‑150 (MQ=255) gTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGGCGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTa < 2:149137/150‑1 (MQ=255) gTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTa < 1:776833/150‑1 (MQ=255) gTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTa > 2:459539/1‑150 (MQ=255) gTCGGTTGCCCAGGCGTGGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGGCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCGTGTCGCGGTCCCCGGTCAGCCAGGTGGCGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTa < 2:1211137/150‑1 (MQ=255) tCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAg < 1:1135571/150‑1 (MQ=255) ggTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTAAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGc > 1:456285/1‑150 (MQ=255) ccAGGAGTTGCCGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGCCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCTCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCt < 2:586224/150‑1 (MQ=255) gCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTg < 2:781514/150‑1 (MQ=255) gACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACTGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTGGCCTc < 1:740923/150‑1 (MQ=255) aCGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTGGCCTcc > 1:230726/1‑150 (MQ=255) tCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCTCCCTCCTGCTGTGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTGGCCTCCAgg < 2:1084067/150‑1 (MQ=255) aCCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGACGCTGTTGGCCTGCAGGcc > 2:935964/1‑150 (MQ=255) ccGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTGGCCTCCAg < 1:750358/146‑1 (MQ=255) ccGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTGGCCTCCAg > 2:750358/1‑146 (MQ=255) cGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACCGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTGGCCTCCAGGCcca < 1:1135433/150‑1 (MQ=255) cGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGATCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTGGCCTCCAGGCcca > 2:324137/1‑150 (MQ=255) gCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTGGCCTCCAGGCCCAGCCAgg > 1:345800/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACATGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAg < 2:1406748/69‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACATGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAg > 1:1406748/1‑69 (MQ=255) 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CGAAGTTGTTCGAGCCGTCATCGCCGCCGCCGCCGCTACCGCGGGCGTACGCAGCGCCGACCTGCCATTGCGGGTCCAGGCGCAGGCGGATACCGAGGTCGGTTGCCCAGGCGTTGACGTCACCGCTCTGCTTGCCGGTGGCGACCTGGTCGTCACCCACCTGCTGGGTGCTCAGCTTGTCGCGGTCACCGGTCAGCCAGGTGACGCTGCCCCAGTAATTCACGGTGTGGTCGTTGCGCCAGTTGTAGGCGTCGCTGTTGGCCTCCAGGCCCAGCCAGGTAAGGTCGCCAGTGCGG > NC_002947/1467687‑1467982 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |