| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,468,175 | A→T | 6.6% | V175D (GTC→GAC) | algE ← | alginate production protein AlgE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,468,175 | 0 | A | T | 6.6% | 184.0 / 4.2 | 61 | V175D (GTC→GAC) | algE | alginate production protein AlgE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/31); new base T (2/2); total (28/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.66e-01 | |||||||||||
CCGCTGTCATGTGTGTGGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGCTGTAGC > NC_002947/1468028‑1468322 | ccGCTGTCATGTGTGTGGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACg > 2:1411124/1‑150 (MQ=255) tCATGTGTGTGGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGTCGCCCAgc > 2:658836/1‑149 (MQ=255) aTGTGTGTGGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGTCGCCCAgcga < 2:372169/150‑4 (MQ=255) aTGTGTGTGGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGTCGCCCAgcga < 1:658836/150‑4 (MQ=255) tgtgtgtgGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCg < 1:70507/150‑1 (MQ=255) tgtgtgGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGc < 1:1411124/150‑1 (MQ=255) tgtgGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCt > 2:1080308/1‑150 (MQ=255) gcgcgcAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAg < 1:1080308/150‑1 (MQ=255) ggCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTAt < 2:1175515/150‑1 (MQ=255) gCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATc > 2:730439/1‑150 (MQ=255) aCCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAg < 1:891036/150‑1 (MQ=255) ccAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAggtg > 2:819156/1‑139 (MQ=255) ccAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAggtg < 1:819156/139‑1 (MQ=255) ccAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCATTGTCTTCCGGCGAAATCGCGGGGATTTCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACTCCCAGGTCGGCCTTGAGCGAGGTGGTATCGAAGGt > 2:760249/1‑150 (MQ=255) cAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAggt < 2:189886/137‑1 (MQ=255) cAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAggt > 1:189886/1‑137 (MQ=255) gCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGtt > 1:976714/1‑150 (MQ=255) gtgGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTg < 2:390351/150‑1 (MQ=255) 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ccGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCcac > 2:12413/1‑150 (MQ=255) aGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGc < 1:730439/150‑1 (MQ=255) aGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGc < 2:65267/150‑1 (MQ=255) gATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGAGGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGcc < 1:1110800/150‑1 (MQ=255) ggTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTgc > 1:538702/1‑150 (MQ=255) tCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTgcgc > 1:1187590/1‑150 (MQ=255) ttGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTg > 2:994383/1‑117 (MQ=255) ttGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTg < 1:994383/117‑1 (MQ=255) tGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGgc < 1:12413/150‑1 (MQ=255) tCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATTCCATCGTCGCTGCGCAGgcgc < 1:521389/150‑1 (MQ=255) cTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCt < 1:504582/150‑1 (MQ=255) ttCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTg > 2:199442/1‑150 (MQ=255) tCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCATTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTgg < 1:585827/150‑1 (MQ=255) tCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTgg < 2:1187590/150‑1 (MQ=255) ggCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGa > 1:1342912/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGAc < 1:1401689/150‑1 (MQ=255) gcCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCg > 2:1222866/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGa > 1:844975/1‑150 (MQ=255) ggTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAg < 1:457796/150‑1 (MQ=255) gTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGt > 1:855514/1‑150 (MQ=255) gTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGt < 2:437737/150‑1 (MQ=255) tGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATAGCCCGACGATTCGCCGGTTCTGCGCAGTCTCGGTCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTg > 2:37437/1‑150 (MQ=255) gTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCa > 1:762903/1‑134 (MQ=255) gTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCa < 2:762903/134‑1 (MQ=255) ttCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGc > 1:1190682/1‑150 (MQ=255) tCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCg < 1:199442/150‑1 (MQ=255) tCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCg < 2:538702/150‑1 (MQ=255) gCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGt > 2:1217586/1‑150 (MQ=255) tGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTaa < 2:452930/150‑1 (MQ=255) tGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTaa < 2:976714/150‑1 (MQ=255) aaTCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAgg > 2:808801/1‑150 (MQ=255) gaccTGGGCGTCGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGcc > 2:897510/4‑150 (MQ=255) cGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCg < 1:1217586/150‑1 (MQ=255) gCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGc < 2:553096/150‑1 (MQ=255) gCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGc < 2:1190682/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGCt < 2:844975/150‑1 (MQ=255) tGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGCTg > 2:1232763/1‑150 (MQ=255) agACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGCTGTAGc > 1:915437/2‑150 (MQ=255) | CCGCTGTCATGTGTGTGGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGCTGTAGC > NC_002947/1468028‑1468322 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |