| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 165,929 | G→T | 10.9% | A326A (GCC→GCA) | pntAA ← | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 165,929 | 0 | G | T | 10.9% | 131.7 / 6.4 | 46 | A326A (GCC→GCA) | pntAA | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/16); new base T (2/3); total (27/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
GCTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTC > NC_002947/165780‑166070 | gccccTTAGCCGTGTTTGCGGACGACCTGTCATTCACGGCACATCAGGCACGCCGCGAAGATGTCGTCCTCGAGGTTGCTCATCAGCGCGCCAGCCTTGTCGAACAGCAGCTTGATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCTGAg < 2:119470/147‑1 (MQ=255)gCTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAg < 2:909159/150‑1 (MQ=255)gCTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAg < 2:1315000/150‑1 (MQ=255) ccTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCa > 1:1200497/1‑150 (MQ=255) tttttGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACtg < 1:576643/150‑2 (MQ=255) attttGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTc > 2:977419/2‑150 (MQ=255) tGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCt < 2:859917/150‑1 (MQ=255) cTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGcccgacc > 1:1057491/1‑145 (MQ=255) cTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAg > 2:1412162/1‑150 (MQ=255) 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tGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCCACGGTCACCGGGCAGTTgc > 2:285797/1‑150 (MQ=255) agcagcTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTgg > 1:1168045/1‑150 (MQ=255) tCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAg > 1:669678/1‑150 (MQ=255) cATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGc > 1:393055/1‑150 (MQ=255) tGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCa > 1:1387947/1‑150 (MQ=255) 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gtgcgtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGc > 1:1191585/1‑150 (MQ=255) tACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGc < 2:669678/150‑1 (MQ=255) aGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGa > 1:414084/1‑88 (MQ=255) aGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGa < 2:414084/88‑1 (MQ=255) aGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGATGCAGCGAGGTCGATGAGCACCGAGCCGGGCTTc < 2:376215/150‑1 (MQ=255) | GCTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTC > NC_002947/165780‑166070 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |