Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,594,532 | G→T | 18.2% | G311G (GGC→GGA) | kgtP ← | alpha‑ketoglutarate permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,594,532 | 0 | G | T | 18.2% | 100.6 / 14.5 | 44 | G311G (GGC→GGA) | kgtP | alpha‑ketoglutarate permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/18); new base T (3/5); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 |
GGTATAGCCGCTTACGATGATCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAA > NC_002947/1594391‑1594678 | ggTATAGCCGCTTACGATGATCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCtt < 1:1167621/150‑1 (MQ=255) tataGCCGCTTACGATGATCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGCCGCCGTCCGATCCTga < 2:1247245/150‑2 (MQ=255) ataGCCGCTTAGGATGATCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCCCCACGTCTGGATGGTGTGCTGGGTGATACGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGATTACTCGGAAGGCGATCAGGATCGGCCGCCGTCCGATCCTgat < 1:100827/150‑3 (MQ=255) gatgatCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGCCGCCGTCCGATcc < 2:148132/134‑2 (MQ=255) gatgatCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGCCGCCGTCCGATcc > 1:148132/1‑133 (MQ=255) gatgatCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGaccacc > 1:1174941/1‑150 (MQ=255) tCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGCCGCCGTCCGATc > 2:778991/1‑128 (MQ=255) tCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGCCGCCGTCCGATc < 1:778991/128‑1 (MQ=255) tCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGatca > 1:697331/1‑150 (MQ=255) aGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGCGGGAAGATGTGTTAAAACGGCTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGatcatc < 1:811915/150‑1 (MQ=255) aGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGatcatc < 1:896007/150‑1 (MQ=255) gCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGc < 1:1136829/150‑1 (MQ=255) tCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGcaca > 2:591591/1‑150 (MQ=255) aGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGCCGCCGTCCGATcctgat > 2:850439/1‑111 (MQ=255) aGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGCCGCCGTCCGATcctgat < 1:850439/116‑6 (MQ=255) gaagaaCGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGcc > 2:970433/1‑105 (MQ=255) gaagaaCGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGcc < 1:970433/105‑1 (MQ=255) gaagaaCGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATgaa > 1:1130226/1‑150 (MQ=255) gCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATgaacaggaac < 1:591591/150‑1 (MQ=255) caccaGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGc < 2:715102/123‑1 (MQ=255) caccaGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGc > 1:715102/1‑123 (MQ=255) gTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGc > 2:516247/1‑117 (MQ=255) gTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGc < 1:516247/117‑1 (MQ=255) gtgtGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGAtggtg < 2:697331/150‑1 (MQ=255) gggtgCGGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCGGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGAtggtg < 2:477007/148‑1 (MQ=255) ttgCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATggtggt < 1:139223/149‑1 (MQ=255) tgCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTc > 2:782343/1‑150 (MQ=255) 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gCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGatcat < 1:1387705/61‑1 (MQ=255) gCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGatcat > 2:1387705/1‑61 (MQ=255) aTCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGGACTGCACCTGGGATATCGTGGCAGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAggtg < 1:677767/150‑1 (MQ=255) gATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTggtgta > 2:696776/1‑150 (MQ=255) gATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTggtgta > 1:238341/1‑150 (MQ=255) aTCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTggtgtag > 1:1117841/1‑150 (MQ=255) gcggcCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGACGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGaa < 2:319498/150‑1 (MQ=255) | GGTATAGCCGCTTACGATGATCAGTGCGGCCATGATCAGGAAGAACGCACCCCACCAGGTCTGGATGGTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAA > NC_002947/1594391‑1594678 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |