| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,648,991 | G→A | 5.8% | intergenic (‑228/+68) | oprB‑II ← / ← PP_1446 | carbohydrate‑selective porin/TonB‑dependent receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,648,991 | 0 | G | A | 5.8% | 246.5 / 2.4 | 79 | intergenic (‑228/+68) | oprB‑II/PP_1446 | carbohydrate‑selective porin/TonB‑dependent receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/40); new base A (3/2); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATTGTTCGATGAAGCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAG‑AAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGG > NC_002947/1648843‑1649132 | gATGGTTCGATAAAGCGTGTCAGCTTGCGGCGGGGAGGGTATAGGGGAAGTTATAAG‑AAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATgc > 2:1090521/1‑150 (MQ=255) ttCGATGAAGCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCg > 2:388032/1‑150 (MQ=255) ggATGAAGCGTTGCAGCTTGCGGTGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAG‑AAAAAAGACAAATTGTCGTAGAGGAGTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGACGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGtt < 2:172579/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |