Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,655,216 | G→C | 7.2% | T532R (ACG→AGG) | PP_1449 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,655,216 | 0 | G | C | 7.2% | 168.8 / 4.8 | 56 | T532R (ACG→AGG) | PP_1449 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/27); new base C (2/2); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.39e-01 |
CTGGGTGGAGGTCGTGCTGCCATGGTCTGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCCGATGTCGGCCTGTTTCGCCTGGATAG > NC_002947/1655068‑1655363 | cTGGGTGGAGGTCGTGCTGCCATGGTCTGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGt > 2:671260/1‑150 (MQ=255) cTGGGTGGAGGTCGTGCTGCCATGGTCTGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGt < 2:415445/150‑1 (MQ=255) gTGGAGGTCGTGCTGCCATGGTCTGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGTCTTTGCTAATAACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGttctg < 2:200705/150‑1 (MQ=255) gTGGAGGTCGTGCTGCCATGGTCTGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGtgctg > 2:320776/1‑150 (MQ=255) gctgcCATGGTCTGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCgacgac < 1:1023977/150‑1 (MQ=255) tgcCATGGTCTGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCt > 1:1175754/1‑150 (MQ=255) aTGGTCTGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGcc > 2:472220/1‑150 (MQ=255) tCTGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCa < 1:582903/150‑1 (MQ=255) tGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAgt < 2:652220/150‑1 (MQ=255) cTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTc < 1:671260/150‑1 (MQ=255) tCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGCGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCg > 2:1213411/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTAc < 1:320776/150‑1 (MQ=255) ccAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCtt > 1:203675/1‑150 (MQ=255) ccAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCtt > 2:189979/1‑150 (MQ=255) aGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTg < 1:521553/150‑1 (MQ=255) ccGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCa > 2:711082/1‑150 (MQ=255) ttCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTg > 2:924176/1‑119 (MQ=255) ttCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTg < 1:924176/119‑1 (MQ=255) ctcGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCaaa < 2:203675/150‑1 (MQ=255) agagCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGc > 1:973873/1‑150 (MQ=255) cgcgTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCaaa < 2:947189/135‑1 (MQ=255) cgcgTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCaaa > 1:947189/1‑135 (MQ=255) cgTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCa < 1:472220/150‑1 (MQ=255) gTCCTGTTTACCGAGCACGGTGCTGTCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAg < 1:652438/150‑1 (MQ=255) gTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCg < 1:1026211/137‑1 (MQ=255) gTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCg > 2:1026211/1‑137 (MQ=255) gTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGc < 2:291122/150‑1 (MQ=255) tttACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCCTGCTGccaa < 2:328397/83‑3 (MQ=255) tttACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCCTGCTGccaa < 2:328078/83‑3 (MQ=255) tttACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCCTGCTGccaa > 1:328078/1‑81 (MQ=255) tttACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCCTGCTGccaa > 1:328397/1‑81 (MQ=255) ttACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCt < 1:1017882/150‑1 (MQ=255) cGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGt > 2:1044536/1‑150 (MQ=255) gAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCTGACACCAGGTCGCCCCGGTa > 1:119502/1‑150 (MQ=255) cacGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTc < 2:1175754/150‑1 (MQ=255) cacGGTGCTGCCTTTGATGCTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTc < 1:564452/150‑1 (MQ=255) tgctgcCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTTGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGtt < 1:874430/150‑1 (MQ=255) ccTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTa > 2:1197138/1‑150 (MQ=255) ccTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTa > 2:656705/1‑150 (MQ=255) tttGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTAcc < 1:1044536/150‑1 (MQ=255) tttGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTAcc > 1:1231342/1‑150 (MQ=255) tGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGtgctgc > 1:52815/1‑54 (MQ=255) tGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGtgctgc < 2:52815/54‑1 (MQ=255) cTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCaa < 1:711082/150‑1 (MQ=255) ggCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAggtggt < 2:963646/150‑1 (MQ=255) cTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGgtggtggtg > 2:1077014/1‑150 (MQ=255) caGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCACGCGACGACCTGGCCCGCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCCGa > 1:392200/1‑150 (MQ=255) aGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCCGATGTCg < 1:656705/150‑1 (MQ=255) cTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCAGATGTCGGc > 2:643056/1‑150 (MQ=255) cTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCAGATGTCGGc < 1:643056/150‑1 (MQ=255) gCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCGCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCCGATGTCGGCCTg > 2:823107/1‑150 (MQ=255) ccATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCCGATGTCGGCCTGt > 1:562313/1‑150 (MQ=255) tCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCCGATGTCGGCCTGTTTc < 1:1213411/150‑1 (MQ=255) ggTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCCGATGTCGGCCTGTTTCGCCTg < 2:562313/150‑1 (MQ=255) aTCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCCGATGTCGGCCTGTTTCGCCTGGATa > 1:165604/1‑150 (MQ=255) tCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCCGATGTCGGCCTGTTTCGCCTGGATAg > 1:1102522/1‑150 (MQ=255) | CTGGGTGGAGGTCGTGCTGCCATGGTCTGCCTCGATGGCCAGCGAACCGTTCTCGCTGTAGAGCACCGCGTCCTGTTTACCGAACACGGTGCTGCCTTTGATGGTGACCTGGTCGGCACTCACAGTGAGCTCGCCATCGCTGGTTATCGTGCTGCCCGCGACGACCTGGCCCTCAGTGTCGTTACCTTTGCGGTCACCAAAGAATGTGCCGGACACCAGGTCGCCTCGGTAGTCGCGTTGGGTACCGTGTTCCTGCAAGGTGGTGGTGCCGATGTCGGCCTGTTTCGCCTGGATAG > NC_002947/1655068‑1655363 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |