| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,710,203 | T→A | 10.2% | A260A (GCT→GCA) | ppc → | phosphoenolpyruvate carboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,710,203 | 0 | T | A | 10.2% | 135.5 / 7.3 | 49 | A260A (GCT→GCA) | ppc | phosphoenolpyruvate carboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/21); new base A (2/3); total (25/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
GCATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAACCCTACCG > NC_002947/1710062‑1710352 | gCATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCAc < 2:4398/150‑1 (MQ=255) cATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGGCAcc > 2:321741/1‑150 (MQ=255) cATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCAGCCGTCAca < 1:1021374/150‑2 (MQ=255) aTGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCAccc > 2:976520/1‑150 (MQ=255) aTCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACATGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGaa > 2:1316924/1‑150 (MQ=255) aTCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGaa < 1:976520/150‑1 (MQ=255) tCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAg > 2:252926/1‑150 (MQ=255) cAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCNCTGCTGGAGGCCNCTGGCCNGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACt > 1:979245/1‑150 (MQ=255) aaGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGgcgcgc < 2:638948/150‑1 (MQ=255) tCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGa > 2:953782/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGCACGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGACGTACTGCTGCTGGTGCGCTGGATGgc > 1:385744/1‑150 (MQ=255) aaGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGGTGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCGCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGgcc > 1:1286014/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCAGCCGTCAca < 1:876991/112‑2 (MQ=255) ccTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCAGCCGTCAca > 2:876991/1‑111 (MQ=255) ctgctgGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGAc < 2:1083367/150‑1 (MQ=255) tgGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGt > 1:367959/1‑150 (MQ=255) gCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTg > 1:887855/1‑150 (MQ=255) ccACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTgc < 1:252926/150‑1 (MQ=255) cACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTgcg > 1:835029/1‑150 (MQ=255) aCTGGCCTACGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGCCGGCTGCCGTCACGGGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCGGTCCCTgcgc < 2:763752/150‑1 (MQ=255) tGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGccgccg < 1:926511/134‑1 (MQ=255) tGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGccgccg > 2:926511/1‑134 (MQ=255) ctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGa > 2:1350404/1‑140 (MQ=255) ctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGa < 1:1350404/140‑1 (MQ=255) gCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGgc > 2:371173/1‑150 (MQ=255) ccGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTcc < 1:953782/150‑1 (MQ=255) aTCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGTGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATg < 2:1357505/150‑1 (MQ=255) aTCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGtt < 2:6571/143‑1 (MQ=255) aTCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGtt > 1:6571/1‑143 (MQ=255) tCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATgc < 2:41774/150‑1 (MQ=255) gCTTTGCCTCGCGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATgcagc > 1:553984/1‑150 (MQ=255) tttGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGcagcag < 2:367959/150‑1 (MQ=255) ccTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCa > 1:1425983/1‑150 (MQ=255) tCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAAc < 2:835029/150‑1 (MQ=255) gATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGccgccg < 1:830866/122‑1 (MQ=255) gATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGccgccg > 2:830866/1‑122 (MQ=255) tgggtgggGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTgc < 2:866140/96‑1 (MQ=255) tgggtgggGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTgc > 1:866140/1‑96 (MQ=255) ccGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGgcc > 1:831443/1‑70 (MQ=255) ccGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGgcc < 2:831443/70‑1 (MQ=255) gATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGtt < 2:1425983/150‑1 (MQ=255) gCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCg > 1:538795/1‑150 (MQ=255) cAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGa < 1:1316924/150‑1 (MQ=255) cAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGCCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCgg < 2:979245/150‑2 (MQ=255) cccAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGAGCGTTTGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGt > 1:957769/1‑150 (MQ=255) gggtgACGGCAGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATgcag > 2:470369/3‑107 (MQ=255) gggtgACGGCAGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATgcag < 1:470369/105‑1 (MQ=255) tgACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAAc > 1:1065872/1‑150 (MQ=255) ggCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAACCCTa < 1:951123/150‑1 (MQ=255) tGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAACCCTACcg > 1:201446/1‑150 (MQ=255) | GCATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAACCCTACCG > NC_002947/1710062‑1710352 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |