Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,818,526 | A→G | 16.0% | Y209C (TAC→TGC) | PP_1622 → | M23B subfamily metallopeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,818,526 | 0 | A | G | 16.0% | 116.2 / 12.9 | 50 | Y209C (TAC→TGC) | PP_1622 | M23B subfamily metallopeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/19); new base G (4/4); total (27/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 |
TTTGAATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCA > NC_002947/1818380‑1818670 | tttGAATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACgg > 1:757891/1‑150 (MQ=255) tGAATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTc < 1:500405/150‑1 (MQ=255) atCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTGCGGTTATGACCGTAGGcactga < 1:998836/150‑6 (MQ=255) ggTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCgg < 2:990336/150‑1 (MQ=255) gATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAg < 2:757891/150‑1 (MQ=255) tttGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACg > 2:246274/1‑119 (MQ=255) tttGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATCGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACg < 1:246274/119‑1 (MQ=255) gggACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGGGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTCCGGGACGGgcg > 1:92347/1‑149 (MQ=255) aGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAgg > 2:426700/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCa > 2:31663/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAggcag > 1:1395824/1‑150 (MQ=255) tgctgcGTCTGGTGGTGCGGTGGTTGATGCGGTGGGTGTTTTGGGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCGTCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCGTAGCCGCCGGCTGTTGGTGCGGGAGGGGGGGGAGGTCAAggcagg < 2:92347/150‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAggcagg < 2:1395824/150‑1 (MQ=255) tCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTGCGGGTATTACCGTAgg > 1:1417528/1‑108 (MQ=255) tCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTGCGGGTATTACCGTAgg < 2:1417528/108‑1 (MQ=255) ggTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCt < 1:862805/150‑1 (MQ=255) gTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCt < 2:204941/103‑1 (MQ=255) gTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCt > 1:204941/1‑103 (MQ=255) ggtggtTTATGCCGGGAGTGGATTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAAt > 2:854233/1‑150 (MQ=255) tttATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACACGGACGCCTACGTCAGGGACAAGTTTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGt > 1:884703/1‑150 (MQ=255) tttATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATAACGCATAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGt < 1:87342/150‑1 (MQ=255) 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atcatcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAg < 2:1217674/132‑1 (MQ=255) tcatcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGACATGGAGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTcgcc < 1:31663/150‑1 (MQ=255) tcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATgg < 1:24424/102‑1 (MQ=255) tcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATgg > 2:24424/1‑102 (MQ=255) tcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCCGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTc > 2:577199/1‑144 (MQ=255) tcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCCGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTc < 1:577199/144‑1 (MQ=255) aaGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAg < 1:854233/150‑1 (MQ=255) gCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATTGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAggg > 2:1140215/1‑150 (MQ=255) acaGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTc > 1:526889/1‑138 (MQ=255) acaGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTc < 2:526889/138‑1 (MQ=255) cGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAAcc > 1:215422/1‑150 (MQ=255) 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2:1365613/1‑43 (MQ=255) caacagCCTGCGGTTATGACCGTAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCAc > 2:737631/6‑150 (MQ=255) acagCCTGCGGTTATGACCGTAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAAccc > 1:1363746/4‑138 (MQ=255) acagCCTGCGGTTATGACCGTAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAAccc < 2:1363746/135‑1 (MQ=255) gCCTGCGGTTATGACCGTAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCa < 1:628913/149‑1 (MQ=255) gCCTGCGGTTATGACCGTAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCa > 2:628913/1‑149 (MQ=255) | TTTGAATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCA > NC_002947/1818380‑1818670 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |