| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,843,613 | T→C | 100% | N408S (AAC→AGC) | gacS ← | sensor protein GacS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,843,613 | 0 | T | C | 91.9% | 137.2 / 2.2 | 49 | N408S (AAC→AGC) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base C (20/25); total (23/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTC > NC_002947/1843468‑1843749 | tgtgCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGt < 1:1370786/150‑1 (MQ=255) cacaTCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGGTCCCTTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGAt < 1:602295/150‑1 (MQ=255) tCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGc > 1:66345/1‑150 (MQ=255) tCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGc > 1:800039/1‑150 (MQ=255) tCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGc < 2:889725/150‑1 (MQ=255) cTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCtt < 2:930702/150‑1 (MQ=255) ggCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACg < 1:847471/150‑1 (MQ=255) gCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACgg > 1:1371424/1‑150 (MQ=255) gATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTc < 2:508815/150‑1 (MQ=255) tgtCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCa < 2:1101645/150‑1 (MQ=255) tGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTTGCCTACCAGCGaa < 1:1252445/150‑1 (MQ=255) tGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGaa > 2:915585/1‑150 (MQ=255) cACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGc > 1:1197133/1‑150 (MQ=255) gATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGgtgt < 2:1197133/150‑1 (MQ=255) gcAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGa < 2:849523/136‑1 (MQ=255) gcAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGa > 1:849523/1‑136 (MQ=255) gcAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTcgc > 2:121633/1‑150 (MQ=255) aaCTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGc > 1:897639/1‑105 (MQ=255) aaCTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGc < 2:897639/105‑1 (MQ=255) gcgcAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGc < 1:499877/99‑1 (MQ=255) gcgcAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGc > 2:499877/1‑99 (MQ=255) cAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCATCGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAgg < 2:1031473/150‑1 (MQ=255) aGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGc > 2:851114/1‑150 (MQ=255) cTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCa < 1:1295580/150‑1 (MQ=255) gCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAAtt > 1:887867/1‑150 (MQ=255) gTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATc < 1:1265788/133‑1 (MQ=255) gTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATc > 2:1265788/1‑133 (MQ=255) tCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAgctgc > 2:1233405/1‑150 (MQ=255) cAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAg < 2:298904/69‑1 (MQ=255) cAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAg > 1:298904/1‑69 (MQ=255) aTGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGaa < 2:974723/77‑2 (MQ=255) aTGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAg > 1:974723/1‑77 (MQ=255) tGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGt < 2:800039/150‑1 (MQ=255) acgacgATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGcc < 1:430681/150‑1 (MQ=255) tGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGa < 2:1109303/150‑1 (MQ=255) tGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGa < 1:851114/150‑1 (MQ=255) tGCCTTCACGGGTGAACTTTATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCATGGGCAGCCGGAGCGAgta > 2:314357/1‑148 (MQ=255) ccTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATg < 2:66345/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAGTTCCCGCTGCTTGGCGGGTGCGGCCGGAGCGCGGATggg > 1:1025933/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTg > 2:150206/1‑124 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTg < 1:150206/124‑1 (MQ=255) cgcgGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCa < 1:1014733/150‑1 (MQ=255) ggTGAACTTGATGGCATTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGGGTGATCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGgt > 1:361033/1‑150 (MQ=255) gAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTc > 2:831325/1‑150 (MQ=255) aCTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCt > 1:689442/1‑150 (MQ=255) tGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCa < 1:121633/150‑1 (MQ=255) gTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGCCAAGGCTCAGCAATTGCAGCGGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGCTGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTc > 1:172005/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATc < 1:946990/136‑1 (MQ=255) cAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATc > 2:946990/1‑136 (MQ=255) | TGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTC > NC_002947/1843468‑1843749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |