| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,897,245 | G→T | 16.4% | intergenic (‑56/+88) | PP_mr24 ← / ← rdgC | mini‑ykkC regulatory region/recombination‑associated protein RdgC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,897,245 | 0 | G | T | 16.4% | 142.9 / 16.3 | 60 | intergenic (‑56/+88) | PP_mr24/rdgC | mini‑ykkC regulatory region/recombination‑associated protein RdgC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/26); new base T (5/5); total (29/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
AACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGG > NC_002947/1897096‑1897387 | aaCAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAgg < 1:592294/150‑1 (MQ=255)aaCAGGATCATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGCCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAgg < 1:564252/150‑1 (MQ=255) ggATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTAACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGtt < 2:66570/150‑1 (MQ=255) atgatCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTAc < 2:1079832/150‑1 (MQ=255) ccAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACtt < 1:637851/150‑1 (MQ=255) aGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGc > 2:913831/1‑150 (MQ=255) aGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTGc > 2:697262/1‑142 (MQ=38) aGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTGc < 1:697262/142‑1 (MQ=38) tgtgtCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCgggg > 2:883968/1‑149 (MQ=255) atgatgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGgcgc > 1:1023356/1‑128 (MQ=255) atgatgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGgcgc < 2:1023356/128‑1 (MQ=255) tgatgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCcgc < 1:300777/139‑1 (MQ=255) tgatgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCcgc > 2:300777/1‑139 (MQ=255) tgatgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg > 2:1070455/1‑150 (MQ=255) tgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTg > 1:1389104/1‑117 (MQ=37) tgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTg < 2:1389104/117‑1 (MQ=37) ggtgccgccCCCGGAGTGCGCACCTGCCGGTTCGTGAATTCATCCTCACCGTGGGCACCATGGTGTCTGTCTGCGGCCTTGCCGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCt < 1:1343/147‑1 (MQ=255) ggggCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCt > 1:332796/1‑150 (MQ=255) gCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCACCGCGGTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGc > 1:87900/1‑150 (MQ=255) ccGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCa > 2:1077081/1‑150 (MQ=255) 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ggTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAg < 2:1349182/150‑1 (MQ=255) gTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAgg > 2:516329/1‑150 (MQ=255) tCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCTGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGc < 2:692814/150‑1 (MQ=255) tGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCt > 2:129074/1‑150 (MQ=255) cacggtGAGGACGACCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGAtt > 2:941377/5‑135 (MQ=255) cacggtGAGGACGACCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGAtt < 1:941377/131‑1 (MQ=255) gtcgtGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCgg < 2:1393151/95‑1 (MQ=255) gtcgtGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCgg > 1:1393151/1‑95 (MQ=255) ggTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGCGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATa < 2:666046/150‑1 (MQ=255) gtcgtcCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGgc < 2:773936/83‑1 (MQ=37) gtcgtcCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGgc > 1:773936/1‑83 (MQ=37) gtcgtcCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATAc < 1:129074/150‑1 (MQ=255) gtcCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCaa < 2:332796/150‑1 (MQ=255) tcCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAAt < 1:516329/150‑1 (MQ=255) ccTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTgg < 2:24017/109‑1 (MQ=255) ccTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTgg > 1:24017/1‑109 (MQ=255) aCCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTgg > 2:1212147/1‑105 (MQ=255) aCCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTgg < 1:1212147/105‑1 (MQ=255) aCCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGAc > 1:563648/1‑150 (MQ=255) ccGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGAcc > 2:851314/1‑150 (MQ=255) gacaggCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGAccc > 2:1353103/5‑150 (MQ=255) cACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCGAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGATGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCg < 1:102088/150‑1 (MQ=255) cACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCg > 1:539155/1‑150 (MQ=255) aCCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCgg < 1:58762/150‑1 (MQ=255) aTGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTTGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAAt < 1:167149/150‑1 (MQ=255) gCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCtt > 2:101116/1‑150 (MQ=255) ccTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTc < 1:1184672/150‑1 (MQ=255) ccTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTc < 2:294245/150‑1 (MQ=255) cTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTca > 2:1174089/1‑150 (MQ=255) tGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTcac > 1:1165818/1‑150 (MQ=255) tCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGACAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTcccca > 2:168760/1‑150 (MQ=255) gCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCCgc < 1:1174089/150‑1 (MQ=255) gCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTc > 1:1240418/1‑150 (MQ=255) aGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCACGCCAGCACCTACATTTCATACCAATCACACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGc < 2:351310/150‑1 (MQ=255) ccGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCAcc > 1:757178/1‑150 (MQ=255) ccTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAg < 1:1353103/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAgg > 1:1103276/1‑150 (MQ=255) | AACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGG > NC_002947/1897096‑1897387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |