| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,899,259 | C→T | 6.3% | intergenic (+287/‑233) | PP_t18 → / → PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,899,259 | 0 | C | T | 6.3% | 270.1 / 7.1 | 95 | intergenic (+287/‑233) | PP_t18/PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/40); new base T (2/4); total (51/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
CAGCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTC > NC_002947/1899113‑1899407 | cAGCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGCGTGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCC < 1:1155202‑M1/150‑1 (MQ=255) gCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCG > 1:1257618‑M1/1‑150 (MQ=255) aCCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCT > 2:140732‑M1/1‑150 (MQ=255) cTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGTAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GATGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCC > 2:141410‑M1/1‑150 (MQ=255) cTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCC > 1:628427‑M1/1‑150 (MQ=255) cTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCC > 2:1284444‑M1/1‑150 (MQ=255) cTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCATCGCGGGCACGCCCGCTCC > 2:939116‑M1/1‑150 (MQ=255) tCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCC > 2:139303‑M1/1‑150 (MQ=255) tCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCC > 1:696262‑M1/1‑149 (MQ=255) tCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCC < 2:696262‑M1/149‑1 (MQ=255) aaCCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA < 2:906315‑M1/150‑1 (MQ=255) cccGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGG < 1:82396‑M1/150‑1 (MQ=255) tCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTTCCCCAGCAAAGCGCCTGCGAGAATGATCCAGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCGCAGGTACt > 1:324194/1‑150 (MQ=255) cGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTc > 2:43270/1‑150 (MQ=255) cGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTAACCTAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTc < 1:866240/150‑1 (MQ=255) ggCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCa < 1:140732/150‑1 (MQ=255) aTCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGc > 2:490721/1‑150 (MQ=255) cTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGgatatcgcaaggcctgagggcggc > 2:1197924‑M1/1‑126 (MQ=255) ggACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAg > 1:1363373/1‑140 (MQ=255) ggACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAg < 2:1363373/140‑1 (MQ=255) gggAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagcacct < 2:1232875‑M1/150‑34 (MQ=255) gAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgt > 1:490721‑M2/1‑145 (MQ=255) gggCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgg < 1:1197924‑M1/150‑38 (MQ=255) 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> 2:1245984‑M1/1‑99 (MQ=255) cTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGG < 1:1245984‑M1/99‑1 (MQ=255) tGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtg < 2:1216909‑M2/134‑7 (MQ=255) tGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtg > 1:1216909‑M2/1‑128 (MQ=255) ttGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAg < 1:1110947/150‑1 (MQ=255) gatctcAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGACA‑TGAATGGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAgg < 1:1143163/145‑1 (MQ=38) ccccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGgatatcgcaaggcctgagggcggcgcagtacctgtgg > 1:130988‑M1/1‑89 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2:254176‑M2/1‑105 (MQ=255) tGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGccc > 2:428168/1‑150 (MQ=255) gggAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGc > 2:502939/1‑122 (MQ=255) gggAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGc < 1:502939/122‑1 (MQ=255) gAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑TGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCACGCTCCCACAGGTACTTCCCCGCCCTCAGGCCTTGCAATATCACTGTGTTAGCGGGAATGCCCGCGAAAGGGACCGTGTAGCTGACCCATa > 2:346656/1‑150 (MQ=255) gCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATaaa < 1:139303/150‑1 (MQ=255) aTGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaa < 2:776086‑M1/61‑4 (MQ=255) 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cTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCaa > 1:457690/1‑150 (MQ=255) aGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgggagcgggcatgcccgcgaaagggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctgg < 1:1114015‑M2/150‑88 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCCCCGTCGAc > 1:922920/1‑150 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGAc < 1:150691/150‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACa > 2:701827/1‑150 (MQ=255) ctctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCt < 1:1052790/115‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCt > 2:1052790/1‑115 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATGCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGcc > 1:1243524/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGcc > 2:1259795/1‑78 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGcc < 1:1259795/78‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGcc < 1:939116/150‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGcc < 1:208737/150‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGcc > 1:955013/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTca < 2:516764/150‑1 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGc > 1:213913/1‑47 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGc < 2:213913/47‑1 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTGGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTcac < 1:1284444/150‑1 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGTCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTc > 1:249182/1‑150 (MQ=255) | CAGCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTC > NC_002947/1899113‑1899407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |