| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,901,074 | T→C | 6.6% | L528S (TTG→TCG) | PP_1703 → | assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,901,074 | 0 | T | C | 6.6% | 178.8 / 2.6 | 61 | L528S (TTG→TCG) | PP_1703 | assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/29); new base C (2/2); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.44e-01 | |||||||||||
ACTGGCAGATCATTGCCCGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAGGTAGGCGGCCGGCACTGGCCTTTCCCACCGCCAGC > NC_002947/1900927‑1901219 | aCTGGCAGATCATTGCCCGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGc < 1:1399911/150‑1 (MQ=255)aCTGGCAGATCATTGCCCGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGc < 1:1070106/150‑1 (MQ=255) cTGGCAGATCATTGCCCGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCg < 1:44340/150‑1 (MQ=255) cTGGCAGATCATTGCCCGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCg < 2:832155/150‑1 (MQ=255) ggCAGATCATTGCCCGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGa < 1:1418038/150‑1 (MQ=255) gCAGATCATTGCCCGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATCCACGGCTTCTACCCCCCACTAACCTGTTTTGACCGGCACGGTAACCGCGATGCCGAATTGCGGac > 2:87720/1‑150 (MQ=255) cATTGCCCGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGCGTATTTCCTCATACACCGCTTCCACAA‑‑CCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTCTCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCcgc > 1:298135/1‑150 (MQ=255) gCCCGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCgcgc < 1:281266/150‑1 (MQ=255) ccGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCa < 1:1352166/150‑1 (MQ=255) cgtggcgtgTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTg < 2:223662/150‑1 (MQ=255) tgtgCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTtgt > 2:19749/1‑150 (MQ=255) cATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCAcc > 1:481083/1‑150 (MQ=255) tGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGt < 1:203826/135‑1 (MQ=255) tGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCAAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGt > 2:203826/1‑135 (MQ=255) gggCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCggg < 1:355769/150‑1 (MQ=255) tATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGc < 2:95064/150‑1 (MQ=255) gCCTTCGACTACCCCCATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCCAGCTTAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCAt < 1:87720/150‑1 (MQ=255) ccTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATc < 1:19749/150‑1 (MQ=255) cTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTg > 2:204863/1‑120 (MQ=255) cTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTg < 1:204863/120‑1 (MQ=255) cTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATCGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCg > 1:457662/1‑150 (MQ=255) cTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATCGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCg > 1:457731/1‑150 (MQ=255) tCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTa < 1:1224060/150‑1 (MQ=255) tCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCATCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCATCGagcaggagcgcc > 2:1131759/1‑143 (MQ=255) cccAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTg > 2:47168/1‑150 (MQ=255) cccAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTg > 1:483022/1‑150 (MQ=255) cccAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTg > 1:197428/1‑150 (MQ=255) tGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTa < 2:1409325/150‑1 (MQ=255) gAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTc > 2:1317575/1‑150 (MQ=255) gAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACACCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGATACGCCGAATGGCGGACACAGCCGCGCCAGTGACCTTGTGCACCGGCCAGCTAACAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTc > 2:509498/1‑150 (MQ=255) aGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCaa < 1:1317575/150‑1 (MQ=255) aGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCaa < 1:437355/150‑1 (MQ=255) ggTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTa < 2:254567/128‑1 (MQ=255) ggTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTa > 1:254567/1‑128 (MQ=255) gtgtATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAacgac > 2:768245/1‑150 (MQ=255) gAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGgcagc > 2:588800/1‑150 (MQ=255) aTACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAg < 1:47168/150‑1 (MQ=255) cgcTTCCACAACCCTTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTc > 2:491546/1‑150 (MQ=255) gcTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCCGGCGCTcc > 2:618954/1‑150 (MQ=255) caACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGa < 1:768245/150‑1 (MQ=255) aaCCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGAt > 1:347182/1‑150 (MQ=255) cTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCg > 1:199296/1‑45 (MQ=255) cTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCg < 2:199296/45‑1 (MQ=255) cTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCg > 1:790179/1‑150 (MQ=255) cTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCg > 1:874577/1‑150 (MQ=255) cAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATCGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAg < 2:457662/150‑1 (MQ=255) cAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATCGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAg < 2:457731/150‑1 (MQ=255) aaCCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACgg > 2:203484/1‑117 (MQ=255) aaCCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACgg < 1:203484/117‑1 (MQ=255) aaCCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAgg < 2:483022/150‑1 (MQ=255) cGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAAGTAg > 1:509919/1‑150 (MQ=255) tGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAGGTAGGcggcc > 2:1309018/1‑150 (MQ=255) tGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAGGTAGGcggcc < 1:221609/150‑1 (MQ=255) tCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAGGTAGGCGGCCGGCACTGGCCTTTc > 2:1048719/1‑150 (MQ=255) cGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAGGTAGGCGGCCGGCACTGGCCTTTcc < 1:303975/150‑1 (MQ=255) tGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAGGTAGGCGGCCGGCACTGGCCTTTCCCACCGc < 2:481083/150‑1 (MQ=255) gCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAGGTAGGCGGCCGGCACTGGCCTTTCCCACCGcc > 2:1092495/1‑150 (MQ=255) cGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAGGTAGGCGGCCGGCACTGGCCTTTCCCACCGCCAg > 2:1310614/1‑150 (MQ=255) gAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAg > 1:445270/1‑115 (MQ=255) gAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAg < 2:445270/115‑1 (MQ=255) gAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAGGTAGGCGGCCGGCACTGGCCTTTCCCACCGCCAGc < 1:1187223/150‑1 (MQ=255) | ACTGGCAGATCATTGCCCGCGTGGCGTGTGCCATGGGCTATGCCGACGCCTTCGACTACCCCAATGCCGAAGCGGTGTATGAGGAAATACGCCGCTTCCACAACCCCTCAACCGGTTATGACCTGCGCGGTATCGGCTATGCCGAATTGCGGACACAGCCGCGCCAGTGGCCTTGTGCACCGGGCAGCGAGCAGCATCGTAGCCCGCTGCGCTACCTCAACGACGGCAGCAGCCAGGCGCTCCTGCTCGATGCCCGAGGTAGGCGGCCGGCACTGGCCTTTCCCACCGCCAGC > NC_002947/1900927‑1901219 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |