| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,976,324 | C→G | 9.0% | intergenic (+109/‑56) | pheA → / → PP_1770 | bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase/3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,976,324 | 0 | C | G | 9.0% | 280.8 / 15.6 | 89 | intergenic (+109/‑56) | pheA/PP_1770 | bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase/3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/43); new base G (5/3); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
AGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCTCGTTCGCCAAGGGC > NC_002947/1976181‑1976472 | aGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGc < 1:147230/150‑1 (MQ=255) gTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGccc < 1:920229/150‑1 (MQ=255) tGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAAt < 2:771471/150‑1 (MQ=255) 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gCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCACTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGAATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCGGCGCCGCGGCCCCAATGGc > 2:892001/1‑150 (MQ=255) gCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTGGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGGCGCGGcccttcgcgg < 1:80994/150‑8 (MQ=255) gatctATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGAAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCCCAGTGAGCATGTGATGACGATGGTATTTGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGcc < 1:1106240/146‑1 (MQ=255) tctTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATTGccc > 1:1008990/1‑150 (MQ=255) tCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTcaca < 2:1206619/150‑1 (MQ=255) 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ctGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAaaaccaaa < 2:522217/113‑1 (MQ=255) ctGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAaaaccaaa > 1:522217/1‑113 (MQ=255) tgtgGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCt > 2:995795/1‑150 (MQ=255) tgtgGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCt > 2:363099/1‑150 (MQ=255) tgGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCCACCGACTGGTCGTGGTCGGTCTaa > 2:298240/1‑149 (MQ=255) gggAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAgg < 2:445735/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCcgcg < 1:795141/113‑1 (MQ=255) gAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCcgcg > 2:795141/1‑113 (MQ=255) aGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCt < 1:927013/150‑1 (MQ=255) gCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATcg > 1:38841/1‑150 (MQ=255) gCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATcggcgg < 1:494095/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCt > 1:601643/1‑150 (MQ=255) cgcgAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCTc > 2:1128625/1‑150 (MQ=255) cattggggCCGCGGCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCtgg > 2:865020/6‑148 (MQ=255) ggggCCGCGGCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCTCGTTCg > 1:1359907/2‑150 (MQ=255) ggggCCGCGGCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCTCGTTCg > 1:1360205/2‑150 (MQ=255) ccgcgccgcgGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCTCGTTCGCCaa < 2:123845/150‑1 (MQ=255) gcgccgcgGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCTCGTTCGCCAAgg < 2:1152980/150‑1 (MQ=255) gcgccgcgGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCTCGTTCGCCAAgg < 1:1128625/150‑1 (MQ=255) gccgcgGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCTCGTTCGCCAAGGGc < 1:177251/150‑1 (MQ=255) | AGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGCGGCTCGTTCGCCAAGGGC > NC_002947/1976181‑1976472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |