| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,004,616 | T→C | 10.2% | intergenic (+63/+87) | PP_1787 → / ← PP_1788 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,004,616 | 0 | T | C | 10.2% | 161.4 / 7.5 | 59 | intergenic (+63/+87) | PP_1787/PP_1788 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/25); new base C (4/2); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
CCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCTTTTTTGA > NC_002947/2004471‑2004764 | ccGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCa > 2:1410952/1‑150 (MQ=255) aTTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAAATCTGCAATaa < 1:815064/150‑1 (MQ=255) ttttCAATGTTTCAAAGTTCGCGGTCTAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAg < 1:294875/150‑1 (MQ=255) ttttCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGGAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAg < 1:453588/150‑1 (MQ=255) tCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGATa > 1:606487/1‑150 (MQ=255) aaGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTAtt > 2:833876/1‑150 (MQ=255) aaGTTCGCTGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAAttt < 1:513489/150‑1 (MQ=255) gcgGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATTCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGc < 2:565084/150‑1 (MQ=255) tttAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATc < 1:833876/150‑1 (MQ=255) tGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGtttttt < 1:566888/150‑1 (MQ=255) cTGAAATTACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCg < 2:606487/150‑1 (MQ=255) aaTGACGCTTAATTCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGCCATCCCCCTACAAAACCGTCTCCTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGATGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTc < 1:678322/150‑1 (MQ=255) aTGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCa < 2:453976/150‑1 (MQ=255) gACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAgg > 2:1367404/1‑150 (MQ=255) cttaatAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGtt < 2:996894/94‑1 (MQ=255) cttaatAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGtt > 1:996894/1‑94 (MQ=255) cttaatAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGAtgt < 1:309409/150‑1 (MQ=255) ttaatAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAgg > 2:1354412/1‑101 (MQ=255) ttaatAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAgg < 1:1354412/101‑1 (MQ=255) ttaatAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGAtgtg > 2:1266114/1‑150 (MQ=255) ataaGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTAt > 2:63852/1‑150 (MQ=255) taaGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGAtgt > 1:179416/1‑116 (MQ=255) taaGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGAtgt < 2:179416/116‑1 (MQ=255) taaGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTc < 1:621070/126‑1 (MQ=255) taaGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTc > 2:621070/1‑126 (MQ=255) aGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAgg < 2:864533/132‑1 (MQ=255) aGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAgg > 1:864533/1‑132 (MQ=255) tttATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATa > 2:481878/1‑150 (MQ=255) tttATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATa > 1:796691/1‑150 (MQ=255) ataGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTCAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAgtg > 2:628034/1‑150 (MQ=255) gTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAgtgt < 2:20333/148‑1 (MQ=255) gTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAgtga > 1:20333/1‑147 (MQ=255) tACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCCGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCttt > 2:184474/1‑122 (MQ=255) tACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCCGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCttt < 1:184474/122‑1 (MQ=255) cTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATa > 1:1066728/1‑138 (MQ=255) cTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATa < 2:1066728/138‑1 (MQ=255) cccTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCt > 2:76115/1‑150 (MQ=255) cccTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCt > 1:1357475/1‑150 (MQ=255) cTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTg > 2:68797/1‑150 (MQ=255) gACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCaa < 1:1367404/150‑1 (MQ=255) ccGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGAt > 1:305594/1‑79 (MQ=255) ccGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGAt < 2:305594/79‑1 (MQ=255) aaaaTGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGt > 2:822899/1‑150 (MQ=255) gAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTaa < 1:63852/150‑1 (MQ=255) aaTAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATTTTGTATCGCTAGATTCATGGTTTGTGATGTGTATTTAGGGTAGTGTTGATCGAATCTTTCAATACGGATTAGTTTTAATg > 2:299974/1‑150 (MQ=255) aaTAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGAtgt < 1:968616/100‑1 (MQ=255) aaTAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGAtgt > 2:968616/1‑100 (MQ=255) aTAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATgg < 1:68797/150‑1 (MQ=255) tAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATgtt > 2:262240/1‑148 (MQ=255) aGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTg < 1:822899/150‑1 (MQ=255) cTTATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTATTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGcc > 2:760944/1‑150 (MQ=255) ttATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAACTTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTTGTTTTAATGGTGCCa > 2:32581/1‑150 (MQ=255) ttATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGAt < 2:57952/114‑1 (MQ=255) ttATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGAt > 1:57952/1‑114 (MQ=255) ttATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCa > 2:1107554/1‑150 (MQ=255) ttATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCa > 2:1387118/1‑150 (MQ=255) gCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCttt > 2:590786/1‑150 (MQ=255) gCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTATATTTATGATAgtgt > 1:1178701/1‑105 (MQ=255) gCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTATATTTATGATAgtgt < 2:1178701/105‑1 (MQ=255) tttGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCTTTTTTGa < 2:1357475/150‑1 (MQ=255) tttGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCTTTTTTGa > 2:1243866/1‑150 (MQ=255) | CCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCTTTTTTGA > NC_002947/2004471‑2004764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |