| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,057,853 | G→T | 6.0% | intergenic (+26/+102) | PP_1832 → / ← PP_1833 | oxidase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,057,853 | 0 | G | T | 6.0% | 297.7 / 7.4 | 101 | intergenic (+26/+102) | PP_1832/PP_1833 | oxidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/49); new base T (3/3); total (48/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GGTTGAGTTGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTGCAGCATCG > NC_002947/2057704‑2058001 | ggTTGAGTTGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTG > 1:283022‑M1/1‑150 (MQ=255) gTTGAGTTGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATGGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGA > 1:373129‑M1/1‑150 (MQ=255) tgtcctgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTGaa < 2:797821‑M1/13‑1 (MQ=255) gggTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGGTGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTC < 2:502185‑M1/150‑1 (MQ=255) tcctgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTGAAcc < 1:400955‑M1/15‑1 (MQ=255) tgggcgatcagtgccatccgtcgtgacntggccgaagaggncagtganttgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTGAACCCGc < 1:1174945‑M1/18‑1 (MQ=255) tgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTGAACCCGc > 1:487344‑M1/133‑150 (MQ=255) tgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTGAACCCGc > 1:1272870‑M1/133‑150 (MQ=255) 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acCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGa > 2:163995/1‑150 (MQ=255) acCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGAAGCCCTCAAGTGCTATCGACGATCTGTAATCGCATTGGC‑‑‑‑‑‑GGTTGCTCGGTTTTGGAACCCGCTCTTACAttta > 1:386549/1‑148 (MQ=255) ccGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGAc > 2:607804/1‑150 (MQ=255) atcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgcctgtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAc > 1:334028‑M1/127‑150 (MQ=255) atcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAc < 1:499474‑M1/24‑1 (MQ=255) ttGGCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTgcgc < 1:710016/150‑1 (MQ=255) ttGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGGGAACCCTCTCCTACCTTGACTgcgc > 2:291177/1‑150 (MQ=255) gCCGGGCGTTGGGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGa < 2:492479/150‑1 (MQ=255) tGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCTGAACTGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgaccgacggt > 2:1205454‑M1/1‑140 (MQ=255) tGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGc > 1:350629/1‑150 (MQ=255) 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aTGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCgtaggagc > 1:607804‑M2/1‑142 (MQ=255) gCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgaccgacggttgcgccgcccttaggcatcgcgcagtcaatgtaggagcgg < 1:1427598‑M1/150‑51 (MQ=255) aGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTTCACCCGCgaag < 2:731233‑M1/96‑5 (MQ=255) aGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTTCACCCGCgaag > 1:731233‑M1/1‑92 (MQ=255) ggCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCgtaggagcgggtt < 2:480785‑M2/150‑14 (MQ=255) gcgcGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCTGAACTGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgaccgacggttgcgccgcccttaggcatcgcgcagtcaatgtaggagc < 1:1205454‑M1/150‑49 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cgaGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTc < 1:32138/150‑1 (MQ=255) cgaGCTGTAAGCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTc < 2:386549/150‑1 (MQ=255) gaGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCCCAGCGGTAGGTCg > 2:426355/1‑150 (MQ=255) gTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAgg < 2:310324/120‑1 (MQ=255) gTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAgg > 1:310324/1‑120 (MQ=255) gTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAgg < 2:310402/120‑1 (MQ=255) gTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAgg > 1:310402/1‑120 (MQ=255) gTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCggcaag < 1:241061/150‑1 (MQ=255) cGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCCCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCaaa < 1:426355/150‑1 (MQ=255) gCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGTGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAAc > 1:797821/1‑150 (MQ=255) aTTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCg > 1:217106/1‑150 (MQ=255) tCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgaccgacggttgcgccgcccttaggcatcgcgcagtcaatgtaggagcgggttcacccgcgaagcggccggcaatgcgattacagctcgtcgataccaagaaatgcccgcgcagtcacatcgcccgta < 2:241061‑M1/150‑129 (MQ=255) CGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTgca > 1:961606‑M1/1‑150 (MQ=255) GCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTgcag < 1:1292523‑M1/150‑1 (MQ=255) cgGGTGAACCCGCTCCTACgaccgacggttgcgccgcccttaggcatcgcgcagtcaatgtaggagcgggttcacccgcgaagcggccggcaatgcgattacagctcgtcgataccaagaaatgcccgcgcagtcacatcgcccgtaaac < 2:1174945‑M1/150‑132 (MQ=255) GGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTgcagca > 1:849105‑M1/1‑150 (MQ=255) GTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTGCAGCATc > 1:876610‑M1/1‑150 (MQ=255) tGAACCCGCTCCTACgaccgacggttgcgccgcccttaggcatcgcgcagtcaatgtaggagcgggttcacccgcgaagcggccggcaatgcgattacagctcgtcgataccaagaaatgcccgcgcagtcacatcgcccgtaaaccgcg > 1:355187‑M1/1‑15 (MQ=255) tGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagcaatgcgattacagctcgtcgataccaagaaatgcccgcgcagtcacatcgcccgtaaaccgcg < 1:818099‑M2/150‑96 (MQ=255) | GGTTGAGTTGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCC‑‑‑‑‑‑GGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTGCAGCATCG > NC_002947/2057704‑2058001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |