Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,146,919 | C→T | 8.5% | Q269* (CAG→TAG) | murB → | UDP‑N‑acetylenolpyruvoylglucosamine reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,146,919 | 0 | C | T | 8.5% | 127.6 / 3.3 | 47 | Q269* (CAG→TAG) | murB | UDP‑N‑acetylenolpyruvoylglucosamine reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/22); new base T (2/2); total (23/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
CTGACCGCGCAAGCGATCAGTGATGCAATCTGCAGCATTCGCCGCGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGAGGGTGATGCTGGCGTGCATCGCTTGCAGTCGCTGGTGCTGGTCAACTA > NC_002947/2146781‑2147064 | cTGACCGCGCAAGCGATCAGTGATGCAATCTGCAGCATTCGCCGCGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGgt < 1:1407445/150‑1 (MQ=255) cgcgCAAGCGATCAGTGATGCAATCTGCAGCATTCGCCGCGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGt > 2:1175620/1‑150 (MQ=255) gcgcAAGCGATCAGTGATGCAATCTGCAGCATTCGCCGCGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCTGTTGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTg < 2:1416153/150‑1 (MQ=255) aTGCAATCTGCAGCATTCGCCGCGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTg > 2:1072429/1‑150 (MQ=255) tGCAGCATTCGCCGCGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAg < 1:41808/150‑1 (MQ=255) cagcaTTCGCCGCGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGt > 2:1262602/1‑150 (MQ=255) agcaTTCGCCGCGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGTAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTg > 1:845888/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACt < 2:759488/150‑1 (MQ=255) gccgcGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTgg > 2:28270/1‑150 (MQ=255) gagaAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGgcggcg < 1:698975/150‑1 (MQ=255) agaAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGcggcgg < 1:28270/150‑1 (MQ=255) aGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCt < 1:1175620/150‑1 (MQ=255) tGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGt < 1:984177/150‑1 (MQ=255) ccAGATCCGGCAGAGGTGGGCAATGGCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCGGGttg > 2:1142281/1‑150 (MQ=255) 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ttcttcAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCa < 2:1180818/53‑1 (MQ=255) ttcttcAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCa > 1:1180818/1‑53 (MQ=255) ttcttcAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGAg > 1:1209649/1‑150 (MQ=255) tcttcAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGCTGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGATGGAGGGCAGCAAGCGTCATCCTAAgg < 2:1022007/150‑1 (MQ=255) cttcAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGAggg > 2:907878/1‑150 (MQ=255) aaCCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGAGGGTGATGCt > 1:912899/1‑150 (MQ=255) ccGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGAGGGTGATGCTGGc < 1:463525/150‑1 (MQ=255) aaCGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGAGGGTGATGCTGGCGTGCATCg > 1:675695/1‑150 (MQ=255) tGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGTAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGa < 1:835473/123‑1 (MQ=255) tGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGTAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGa > 2:835473/1‑123 (MQ=255) tGGTCGAGCGTATTAGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGt < 2:273800/84‑1 (MQ=255) tGGTCGAGCGTATTAGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGt > 1:273800/1‑84 (MQ=255) 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cGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGAGGGTGATGCTGGCGTGCATCGCTTGCAGTCgctggtgctg < 2:1209649/150‑1 (MQ=255) tATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGa > 2:1343350/1‑108 (MQ=255) tATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGa < 1:1343350/108‑1 (MQ=255) tGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGAGGGTGATGCTGGCGTGCATCGCTTGCAGTCGCTGGTGCTGGTCAACTa > 1:670366/1‑150 (MQ=255) | CTGACCGCGCAAGCGATCAGTGATGCAATCTGCAGCATTCGCCGCGAGAAGCTGCCAGATCCGGCAGAGTTGGGCAATGCCGGGAGCTTCTTCAAGAACCCGGTGGTAACGGCTGATCTGGTCGAGCGTATTCGTGCGCAGTATCCCGGTGTCGTGGCATACCCACAGGCTGATGGTCAGGTGAAACTGGCGGCGGGCTGGTTGATTGAGCAGGCGGGCTGGAAGGGTCATCGTGAGGGTGATGCTGGCGTGCATCGCTTGCAGTCGCTGGTGCTGGTCAACTA > NC_002947/2146781‑2147064 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |