Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,154,429 | T→G | 7.8% | Q129P (CAG→CCG) | PP_1909 ← | septum formation protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,154,429 | 0 | T | G | 7.8% | 145.9 / 4.8 | 51 | Q129P (CAG→CCG) | PP_1909 | septum formation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/27); new base G (2/2); total (22/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.63e-01 |
CTCTGGAACAAGCTCACCCCCAGCCCCTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCTTGCCCAGCACCTGCTCGCCCAATACCGCAACCTGGTC > NC_002947/2154291‑2154574 | ctctGGAACAAGCTCACCCCCAGCCCCTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCGGGCAATGccag < 1:1221730/150‑3 (MQ=255) tctGGAACAAGCTCACCCCCAGCCCCTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCgg > 1:408657/1‑150 (MQ=255) ctGGAACAAGCTCACCCCCAGCCCCTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGt < 1:300314/150‑1 (MQ=255) gAACAAGCTCACCCCCAGCCCCTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGgc > 2:29044/1‑150 (MQ=255) aaCAAGCTCACCCCCAGCCCCTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCATGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGgcg < 2:1120847/150‑1 (MQ=255) aCAAGCTCACCCCCAGCCCCTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCCCGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGgcgc < 1:328342/150‑1 (MQ=255) ccccTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTg > 1:269538/1‑130 (MQ=255) ccccTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTg < 2:269538/130‑1 (MQ=255) cTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGccc > 1:172707/1‑150 (MQ=255) tCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCg < 1:814518/150‑1 (MQ=255) gAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGaaa > 1:10524/1‑150 (MQ=255) aaCTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGc < 1:7886/150‑1 (MQ=255) aCTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCt < 2:372318/150‑1 (MQ=255) aCTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCt < 2:408657/150‑1 (MQ=255) cTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTc > 1:68411/1‑150 (MQ=255) cTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTaa > 1:251016/1‑138 (MQ=255) cTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTaa < 2:251016/138‑1 (MQ=255) cAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCt < 2:613346/150‑1 (MQ=255) ggCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTgctgcacgctgcac > 1:69198/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGc > 2:456091/1‑112 (MQ=255) gCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGc < 1:456091/112‑1 (MQ=255) cTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACCACGATCCACTGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTc < 2:1107727/150‑1 (MQ=255) gTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTTGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCa < 2:904586/150‑1 (MQ=255) gTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCa < 2:172707/150‑1 (MQ=255) gTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGATCTCAGCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCa < 1:373799/150‑1 (MQ=255) ctgcCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGtt < 1:578148/150‑1 (MQ=255) gCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTcagca > 1:714244/1‑87 (MQ=255) gCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTcagca < 2:714244/87‑1 (MQ=255) cTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAgcgcg > 2:959381/1‑150 (MQ=255) gTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCagta < 2:837914/114‑1 (MQ=255) gTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCagta > 1:837914/1‑114 (MQ=255) ttCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCTTGcc > 1:142891/1‑150 (MQ=255) tCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCTTGccc < 1:29044/150‑1 (MQ=255) tCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAg > 1:569529/1‑74 (MQ=255) tCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAg < 2:569529/74‑1 (MQ=255) tCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCtt < 1:768991/136‑1 (MQ=255) tCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCtt > 2:768991/1‑136 (MQ=255) aCGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCaa < 1:83090/111‑1 (MQ=255) aCGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCaa > 2:83090/1‑111 (MQ=255) ggTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCTTGCCCAGCACCTGCTCGcc < 2:1393126/150‑1 (MQ=255) gTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAgc < 1:934543/110‑1 (MQ=255) gTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAgc > 2:934543/1‑110 (MQ=255) gCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCagta > 1:1061734/1‑86 (MQ=255) gCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCagta < 2:1061734/86‑1 (MQ=255) aaTCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCGGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCTTGCCCAGCACCTGCTCGCCCAATACCGCAACCt > 1:1322806/1‑150 (MQ=255) aaTCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGaaa < 1:486416/55‑1 (MQ=255) aaTCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGaaa > 2:486416/1‑55 (MQ=255) ccACCGGGCAATGCCAGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCTTGCCCAGCACCTGCTCGCCCAATACCGCAACCTGGt > 2:1340013/1‑150 (MQ=255) cACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCACGCTCGAACGTATGCGGCTTGCCCAGCACCTGCTCGCCCAATACCGCAACCTGGTc < 2:921807/150‑1 (MQ=255) cACCGGGCAATGCCAGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCTTGCCCAGCa < 2:827577/122‑1 (MQ=255) cACCGGGCAATGCCAGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCTTGCCCAGCa > 1:827577/1‑122 (MQ=255) | CTCTGGAACAAGCTCACCCCCAGCCCCTCCGCCTTGAAACTCCCTGCGCAATCCAGCGGCTGTTCTGCTGCCACGTAACGCTCGACCTGCTCCCTGCTCAGTTCACGCAGTGTCACGGTAAAAGGCACGCAATCCACCTGGCATTGCCCGGTGGCGCTGTTCAGCAGTGCCAGCCCGGTAAGAAAGCTCACCTGCTGCCCGCTGCACTCCAGTAGTTGCTCGCAAGCGCGCTCGAACGTATGCGGCTTGCCCAGCACCTGCTCGCCCAATACCGCAACCTGGTC > NC_002947/2154291‑2154574 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |