| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,241,886 | G→C | 12.3% | noncoding (35/76 nt) | PP_t27 → | tRNA‑Ala |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,241,886 | 0 | G | C | 12.3% | 163.7 / 12.7 | 57 | noncoding (35/76 nt) | PP_t27 | tRNA‑Ala |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/25); new base C (4/3); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
TGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCG > NC_002947/2241740‑2242026 | tGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTgcatggcat < 1:1136888/150‑1 (MQ=255) gCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGc < 2:345756/150‑1 (MQ=255) cTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCag < 2:1307752/150‑1 (MQ=255) cTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCag < 1:1413645/150‑1 (MQ=255) aGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCagga < 2:431429/150‑1 (MQ=255) ggACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCaggag < 1:814432/150‑1 (MQ=255) cccTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCgg > 1:689175/1‑150 (MQ=255) ggcggTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATccc > 1:935989/1‑150 (MQ=255) tAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTa < 1:430897/150‑1 (MQ=255) acgaaGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTa < 2:1220112/146‑1 (MQ=255) aCAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTa < 2:5595/148‑1 (MQ=255) aCAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTa > 1:5595/1‑148 (MQ=255) gTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCCGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTccacc > 2:476441/1‑150 (MQ=255) cccTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGcc > 2:604458/1‑150 (MQ=255) ccTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCag > 2:900210/1‑107 (MQ=255) ccTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCag < 1:900210/107‑1 (MQ=255) cTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTcaa > 2:1411454/1‑135 (MQ=255) cTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTcaa < 1:1411454/137‑3 (MQ=255) gggACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCaggag > 1:1070100/1‑105 (MQ=255) gggACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCaggag < 2:1070100/105‑1 (MQ=255) ccAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGAGAGGCTAGAAATCCAGGGATATAGATCAGCTGGGAAAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTAAGCGGTCCGATCCCGCTTAGCTCCACCACTTTTGCCACGGTTcgcgca > 2:103932/1‑148 (MQ=21) acacAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATc > 2:76003/1‑150 (MQ=255) acaAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTa > 1:1205002/1‑111 (MQ=255) acaAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTa < 2:1205002/111‑1 (MQ=255) gATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGaa > 2:1020071/1‑150 (MQ=255) gTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGt > 2:794439/1‑150 (MQ=255) ttttAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGtt < 2:689175/150‑1 (MQ=255) ttttAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGtt > 2:743509/1‑150 (MQ=255) tAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGcca > 2:1008342/1‑115 (MQ=255) tAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCcg < 1:1008342/116‑1 (MQ=255) gCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCtt > 1:803717/1‑150 (MQ=255) cTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTc < 1:978054/150‑1 (MQ=255) ccGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTa > 2:694906/1‑150 (MQ=255) gAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTgg > 1:1132712/1‑150 (MQ=255) cTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCtc > 2:658781/1‑149 (MQ=255) cTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTa > 2:492018/1‑150 (MQ=255) cTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTa < 1:1020071/150‑1 (MQ=255) gAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGtt < 2:773303/62‑1 (MQ=40) gAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGtt > 1:773303/1‑62 (MQ=40) tCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACAcc > 1:591469/1‑150 (MQ=255) cTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAg < 2:75991/88‑1 (MQ=255) cTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAg > 1:75991/1‑88 (MQ=255) cTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTa > 2:794602/1‑130 (MQ=255) cTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTa < 1:794602/130‑1 (MQ=255) tCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAg > 2:254387/1‑122 (MQ=255) tCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAg < 1:254387/122‑1 (MQ=255) ggAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAg < 1:658781/150‑1 (MQ=255) gagaGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAgg < 2:935989/150‑1 (MQ=255) gagCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAgggg < 1:492018/150‑1 (MQ=255) cctccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAg < 2:135509/87‑1 (MQ=255) cctccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAg > 1:135509/4‑90 (MQ=255) cgcCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTGGAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTc < 1:604458/150‑1 (MQ=255) cgcCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTc < 1:476441/150‑1 (MQ=255) tccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGGAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCt > 1:267051/2‑114 (MQ=255) tccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCt < 2:267051/113‑1 (MQ=255) tccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCACCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCg > 2:108633/2‑150 (MQ=255) cTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCg < 1:790931/73‑1 (MQ=255) cTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCg > 2:790931/1‑73 (MQ=255) | TGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAGTTTTACACAAGCGATGTTTTAATGTCGCTGGGCCGCGAGGCTAGAAATCCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCG > NC_002947/2241740‑2242026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |