| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,281,073 | T→A | 11.2% | intergenic (+88/‑149) | fadH → / → PP_2009 | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase/1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,281,073 | 0 | T | A | 11.2% | 170.3 / 10.8 | 62 | intergenic (+88/‑149) | fadH/PP_2009 | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase/1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/31); new base A (2/5); total (25/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
GAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTGCGATCC > NC_002947/2280929‑2281221 | gAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCg < 1:155213/150‑1 (MQ=255) tGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAATGCCGgtgc < 1:487529/150‑2 (MQ=255) tGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAATGCCGgtgc < 1:1196552/150‑2 (MQ=255) tGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAATGCCGgtgc < 1:1265844/150‑2 (MQ=255) gATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGCCTGAGCTCTGAGGTAGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGTCATCCCCCCGAAACAGGTGCCGCTGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTc > 2:596594/1‑150 (MQ=255) tGCCAAGCACGCGAACAACCAAAGCTAACGATTGGCGTCTGATCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTcgc < 2:373036/150‑1 (MQ=37) cAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGCGCGAGCATGACCGCGCCACAGATGCAGCGGTCGACGGCACGGGCATGGCCGATGTTCGCggg > 2:13096/1‑150 (MQ=255) cAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCggg > 1:994452/1‑150 (MQ=255) 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tGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGa > 2:1324008/1‑142 (MQ=255) cccGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAAc > 1:971145/1‑89 (MQ=255) cccGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAAc < 2:971145/89‑1 (MQ=255) cccGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACtgt > 2:1135259/1‑150 (MQ=255) ccGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGc > 1:947709/1‑135 (MQ=255) ccGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGc < 2:947709/135‑1 (MQ=255) cGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGa < 1:378577/150‑1 (MQ=255) cGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGa > 2:331946/1‑150 (MQ=255) cGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGa < 1:1301079/150‑1 (MQ=255) tgtttcgCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGATCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCTAGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTTTGGTGCTGCtgcggggg > 1:487315/7‑150 (MQ=25) ggAGCGGGCTTTCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGCCGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCggcgggggcgg < 1:421738/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATTGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCggcgggggcgg < 2:994452/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCggcgggggcgg < 2:761062/150‑1 (MQ=255) gCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTc < 2:181015/150‑1 (MQ=255) ggCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATc > 1:35526/1‑150 (MQ=255) tGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGAtt < 2:1351631/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCggg > 1:674195/1‑83 (MQ=255) ccGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCggg < 2:674195/83‑1 (MQ=255) ccGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATc > 1:997592/1‑88 (MQ=255) ccGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATc < 2:997592/88‑1 (MQ=255) gTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGAt > 2:420261/1‑135 (MQ=255) gTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGAt < 1:420261/135‑1 (MQ=255) gTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCgg < 2:952220/150‑1 (MQ=255) gACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGTTGTTCGCGGGTGAATCCTCGCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATTGCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGTGGGTCATTGATTACAAGCGCTTGCGGGa < 2:649281/150‑1 (MQ=255) tGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCGCCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTaa > 2:8964/1‑150 (MQ=255) aacACCGGCAATGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACaa < 2:266954/124‑1 (MQ=255) aacACCGGCAATGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACaa > 1:266954/3‑126 (MQ=255) acACCGGCAATGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGa < 2:13506/118‑1 (MQ=255) acACCGGCAATGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGa > 1:13506/2‑119 (MQ=255) aCCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTg < 1:13096/150‑1 (MQ=255) 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GAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTGCGATCC > NC_002947/2280929‑2281221 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |