Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,382,118 | C→T | 8.9% | V42M (GTG→ATG) | cobA ← | uroporphyrinogen‑III C‑methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,382,118 | 0 | C | T | 8.9% | 124.9 / 3.0 | 45 | V42M (GTG→ATG) | cobA | uroporphyrinogen‑III C‑methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/22); new base T (2/2); total (21/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 |
CAAGGGTCGCCGCCCTTGAGCCGCACCACGCAACGGCCCTGTCGCGCGTGGCGCAGCATCAGGCGCTGAATGAACGCTTGCGGTGTAGAGCGGCAGCCGCCGCGCTTGCCCACGGTCATTATCCGGGCCTGCGGGCAATGCTCGAGCACTGCCGGGTTGACGAGGTCGTCTACCATGACCACGGCGGCTTGCTGCAACGCACGCACTGCCTTGAGGGTGAGCAGTTCAGGGTCACCAGGGCCGGCACCGACCAGCCATACTTTTGCATTCATCAGCGTTTCCTCATCGGCAAGG > NC_002947/2381970‑2382263 | cAAGGGTCGCCGCCCTTGAGCCGCACCACGCAACGGCCCTGTCGCGCGTGGCGCAGCATCAGGCGCTGAATGAACGCTTGCGGTGTAGAGCGGCAGCCGCCGCGCTTGCCCACGGTCATTATCCGGGCCTGCGGGCAATGCTCGAGCACt < 2:61449/150‑1 (MQ=255) aaGGGTCGCCGCCCTTGAGCCGCACCACGCAACGGCCCTGTCGCGCGTGGCGCAGCATCAGGCGCTGAATGAACGCTTGCGGTGTAGAGCGGCAGCCGCCGCGCTTGCCCACGGTCATTATCCGGGCCTGCGGGCAATGCTCGAGCACTg > 2:505621/1‑150 (MQ=255) ggTCGCCGCCCTTGAGCCGCACCACGCAACGGCCCTGTCGCGCGTGGCGCAGCATCAGGCGCTGAATGAACGCTTGCGGTGTAGAGCGGCAGCCGCCGCGCTTGCCCACGGTCATTATCCGGGCCTGCGGGCAATGCTCGAGCACTGCCg > 1:815140/1‑150 (MQ=255) 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1:501380/94‑1 (MQ=255) gcTGAATGAACGCTTGCGGTGTAGAGCGGCAGCCGCCGCGCTTGCCCACGGTCATTATCCGGGCCTGCGGGCAATGCTCGAGCACTGCCGGGTTGACGAGGTCGTCTACCATGACCACGGCGGCTTGCTGCAACGCACGCACTGCCTTGa > 1:511634/1‑150 (MQ=255) tgaatgaaCGCTTGCGGTGTAGAGCGGCAGCCGCCGCGCTTGCCCACGGTCATTATCCGGGCCTGCGGGCAATGCTCGAGCACTGCCGGGTTGACGAGGTCGTCTACCATGACCACGGCGGCTTGCTGCAACGCACGCACTGCCTTGAgg < 2:511634/150‑1 (MQ=255) tgaaCGCTTGCGGTGTAGAGCGGCAGCCGCCGCGCTTGCCCACGGTCATTATCCGGGCCTGCGGGCAATGCTCGAGCACTGCCGGGTTGACGAGGTCGTCTACCATGACCACGGCGGCTTGCTGCAACGCACGCACTGCCTTGAGGGTGa < 1:947586/150‑1 (MQ=255) tgaaCGCTTGCGGTGTAGAGCGGCAGCCGCCGCGCTTGCCCACGGTCATTATCCGGGCCTGCGGGCAATGCTCGAGCACTGCCGGGTTGACGAGGTCGTCTACCATGACCACGGCGGCTTGCTGCAACGCACGCACTGCCTTGAGGGTGa < 2:2477/150‑1 (MQ=255) ggaaCGCTTGCGGTGTAGAGCGGCAGCCGCCGCGCTTGCCCACGGTCATTATCCGGGCCTGCGGGCAATGCTCGAGCACTGCCGGGTTGACGAGGTCGTCTACCATGACCACGGCGGCTTGCTGCAACGCACGCACTGCCTTGAGGGTGa < 2:195643/149‑1 (MQ=255) 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1:1314024/1‑144 (MQ=255) gAGCACTGCCGGGTTGACGAGGTCGTCTACCATGACCACGGCGGCTTGCTGCAACGCACGCACTGCCTTGAGGGTGAGCAGTTCAgg < 2:242904/87‑1 (MQ=255) gAGCACTGCCGGGTTGACGAGGTCGTCTACCATGACCACGGCGGCTTGCTGCAACGCACGCACTGCCTTGAGGGTGAGCAGTTCAgg > 1:242904/1‑87 (MQ=255) aGCACTGCCGGGTTGACGAGGTCGTCTACCATGACCCCGGCGGCTTGCTGCAACGCACGCACTGCCTTGAGGGTGAGCAGTTCAGGGTCACCAGGGCCGGCACCGACCAGCCATACTTTTGCATTCATCAGCGTTTCCTCATCGGCAAgg > 1:249383/1‑150 (MQ=255) | CAAGGGTCGCCGCCCTTGAGCCGCACCACGCAACGGCCCTGTCGCGCGTGGCGCAGCATCAGGCGCTGAATGAACGCTTGCGGTGTAGAGCGGCAGCCGCCGCGCTTGCCCACGGTCATTATCCGGGCCTGCGGGCAATGCTCGAGCACTGCCGGGTTGACGAGGTCGTCTACCATGACCACGGCGGCTTGCTGCAACGCACGCACTGCCTTGAGGGTGAGCAGTTCAGGGTCACCAGGGCCGGCACCGACCAGCCATACTTTTGCATTCATCAGCGTTTCCTCATCGGCAAGG > NC_002947/2381970‑2382263 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |