Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,403,353 | T→A | 10.5% | intergenic (‑249/‑64) | PP_2105 ← / → PP_2106 | hypothetical protein/ammonium transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,403,353 | 0 | T | A | 10.5% | 165.2 / 10.8 | 57 | intergenic (‑249/‑64) | PP_2105/PP_2106 | hypothetical protein/ammonium transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/23); new base A (4/2); total (32/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 |
CGCCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTGGTGCTGGC > NC_002947/2403213‑2403502 | cgcCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGAATCGGTGcca < 1:1055206/150‑3 (MQ=255) cTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGa > 1:1396074/1‑150 (MQ=255) tgtgACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGAt < 2:1284776/150‑1 (MQ=255) aCCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAg > 2:1064118/1‑150 (MQ=255) aCCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAg < 1:1300555/150‑1 (MQ=255) gTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTc > 2:183412/1‑150 (MQ=255) gcgcCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGaa > 2:1425142/1‑150 (MQ=255) ttCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCt > 2:263010/1‑150 (MQ=255) aGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTgg < 1:850708/149‑1 (MQ=255) aGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTgg > 2:850708/1‑149 (MQ=255) gggCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTg > 2:1129816/1‑150 (MQ=255) ggCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGc > 1:1338408/1‑150 (MQ=255) cgcgCAGCGGATACCGATAAACCTAAACCCAATCCACCACAAAACCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCttttt < 2:435807/150‑1 (MQ=255) aCCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGc > 1:947053/1‑150 (MQ=255) cGATACACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCt > 2:449261/1‑150 (MQ=255) aTAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTAt < 2:874307/150‑1 (MQ=255) aCCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTAtt > 1:765926/1‑147 (MQ=255) aCCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTGTTCAGCAGGTCTGCCTAtt < 2:765926/147‑1 (MQ=255) cTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCCTg < 1:1425142/150‑1 (MQ=255) cTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATg < 2:1396074/150‑1 (MQ=255) aCCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCa < 2:923637/88‑1 (MQ=255) aCCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCa > 1:923637/1‑88 (MQ=255) cccAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGaaaa < 1:1405036/150‑1 (MQ=255) aaTCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTc < 1:778758/139‑1 (MQ=255) aaTCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTc > 2:778758/1‑139 (MQ=255) aaTCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACAt < 1:1372529/150‑1 (MQ=255) aTCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCGGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATg > 2:786367/1‑150 (MQ=255) aCGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTc < 1:15480/102‑1 (MQ=255) aCGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTc > 2:15480/1‑102 (MQ=255) aCGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCt < 1:849279/125‑1 (MQ=255) aCGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCt > 2:849279/1‑125 (MQ=255) cGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAg < 2:1338408/150‑1 (MQ=255) cccAAGAAAAAACCAGGCAGGCGTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGGGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATg < 2:647039/150‑1 (MQ=255) cAAGAAAACACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATg < 2:997033/148‑1 (MQ=255) cAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATg > 1:997033/1‑148 (MQ=255) cAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGa > 1:579061/1‑150 (MQ=255) aCGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCa > 2:765540/1‑150 (MQ=255) aGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGt > 2:1193998/1‑150 (MQ=255) ccccGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATgg > 2:854786/1‑125 (MQ=255) ccccGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATgg < 1:854786/125‑1 (MQ=255) cTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGt < 1:765540/150‑1 (MQ=255) tCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACa < 1:974104/104‑1 (MQ=255) tCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACa > 2:974104/1‑104 (MQ=255) cTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCTTTGCGCTGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCAtt < 1:449261/150‑1 (MQ=255) cTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATg < 2:1193285/102‑1 (MQ=255) cTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATg > 1:1193285/1‑102 (MQ=255) tGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCTTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCGTCCTGTTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATtc > 1:1381151/1‑150 (MQ=255) tGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCAtt < 2:418122/149‑1 (MQ=255) tGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCAtt > 1:418122/1‑149 (MQ=255) ggTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATggg > 2:1180410/1‑150 (MQ=255) ggTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATggg > 2:1180535/1‑150 (MQ=255) cctgCACCGAATCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTc > 1:184209/4‑150 (MQ=255) ctgCACCGAATCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTg > 2:941589/3‑106 (MQ=255) ctgCACCGAATCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTg < 1:941589/104‑1 (MQ=255) ctgCACCGAATCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCt > 2:308528/3‑150 (MQ=255) ctgCACCGAATCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCt > 2:1132754/3‑150 (MQ=255) aCCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTGGTg > 1:51535/1‑150 (MQ=255) ttCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGc > 2:1141182/1‑77 (MQ=255) ttCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGc < 1:1141182/77‑1 (MQ=255) ttCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTGGTGCTGGc > 2:441271/1‑150 (MQ=255) | CGCCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTGGTGCTGGC > NC_002947/2403213‑2403502 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |