Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,416,598 | A→T | 7.3% | intergenic (+88/+27) | pdxB → / ← PP_2118 | erythronate‑4‑phosphate dehydrogenase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,416,598 | 0 | A | T | 7.3% | 169.7 / 4.4 | 55 | intergenic (+88/+27) | pdxB/PP_2118 | erythronate‑4‑phosphate dehydrogenase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/24); new base T (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.63e-01 |
ACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCGG > NC_002947/2416452‑2416747 | aCGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAgcg > 2:45964/1‑150 (MQ=255) ggAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCgg < 1:45964/150‑1 (MQ=255) gccccgcAGGTGCCGCAGTGGGTCAGTGCCCGGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCTTGCGCCGGGttt < 2:81616/147‑2 (MQ=255) gccgcAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCa < 1:1287641/150‑1 (MQ=255) agttggcgcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCATCTACACACCCAGACACTCGCTTTCCCTACATGTCGGTCTTGCGATGTCCATTTTCTGGTCCTATAAAATCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGaa < 2:519751/150‑1 (MQ=255) gcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCg < 2:253950/150‑1 (MQ=255) gcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCg > 1:663801/1‑150 (MQ=255) ttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCgg > 2:995603/1‑128 (MQ=255) ttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCgg < 1:995603/128‑1 (MQ=255) tGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGc < 1:617100/150‑1 (MQ=255) tggggtgTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCt > 2:895009/1‑150 (MQ=255) ggggtgTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTc < 2:594028/150‑1 (MQ=255) tgtTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGaca > 1:569305/1‑150 (MQ=255) gtTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGacac > 2:475951/1‑150 (MQ=255) aGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTc > 2:1084871/1‑136 (MQ=255) aGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTc < 1:1084871/136‑1 (MQ=255) aGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑ttctt > 1:1134208/1‑150 (MQ=255) ccTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGCATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAggg < 1:85130/150‑1 (MQ=255) tCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTg < 1:895009/150‑1 (MQ=255) cTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCTTGCGCCGGGttttta < 1:496407/91‑5 (MQ=38) cTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCTTGCGCCGGGttttta > 2:496407/1‑87 (MQ=38) tGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGCGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCCTTGCGTACGCGCTCGACCCGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAg < 2:591334/150‑1 (MQ=255) aCCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGc > 1:501583/1‑150 (MQ=255) cTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCa < 1:292442/84‑1 (MQ=255) cTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCa > 2:292442/1‑84 (MQ=255) cAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGActgctg < 2:663801/150‑1 (MQ=255) gtgtGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATACCAACGCCGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGatcatc < 2:398509/150‑1 (MQ=255) gtgtGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGc > 1:1206921/1‑97 (MQ=255) gtgtGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGc < 2:1206921/97‑1 (MQ=255) gtgtGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGatcatc < 1:307955/150‑1 (MQ=255) tgGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGc > 1:494774/1‑150 (MQ=255) ttACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCg > 2:675740/1‑150 (MQ=255) ttACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCg > 1:546571/1‑150 (MQ=255) ttGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCg < 1:675740/150‑1 (MQ=255) ggggCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGc > 1:1310318/1‑150 (MQ=255) ggcCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTc > 1:233459/1‑150 (MQ=255) cAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTcgcg > 1:1256802/1‑150 (MQ=255) aaGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGTCACTTCgcgc > 1:1287551/1‑150 (MQ=255) cccACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACATTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCTGTGAt > 1:613039/1‑134 (MQ=255) cccACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACATTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCTGTGAt < 2:613039/134‑1 (MQ=255) gCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTc > 2:1231820/1‑116 (MQ=255) gCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTc < 1:1231820/116‑1 (MQ=255) gCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCgatg > 2:887346/1‑150 (MQ=255) gCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACCACACGTC‑TGAACTGCCGTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGAGCGGCCCCTCGCGCCCCCTGGCGTCgatg > 1:1315407/1‑150 (MQ=255) ccAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCga > 1:700275/1‑147 (MQ=255) ccAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCga < 2:700275/147‑1 (MQ=255) ccAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TGCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCgatga < 2:569305/150‑1 (MQ=255) tAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGa > 2:884556/1‑150 (MQ=255) aaaaaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGaa < 1:475951/150‑1 (MQ=255) aaaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGAt < 1:786788/114‑1 (MQ=255) aaaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGAt > 2:786788/1‑114 (MQ=255) aCCCGGCGCTTGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGc > 1:583928/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCct < 1:1173098/88‑1 (MQ=255) ccGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCct > 2:1173098/1‑88 (MQ=255) gcAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGCTCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACtcg > 2:1226737/1‑148 (MQ=255) aGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCgg < 2:1134208/150‑1 (MQ=255) | ACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCT‑TTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCGG > NC_002947/2416452‑2416747 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |