Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,434,537 | G→A | 9.1% | H38Y (CAC→TAC) | PP_2132 ← | universal stress protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,434,537 | 0 | G | A | 9.1% | 119.3 / 3.5 | 44 | H38Y (CAC→TAC) | PP_2132 | universal stress protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/19); new base A (2/2); total (23/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.48e-01 |
AGGTGCGAGTCGCCGCGGTTGATTGCCGGGTATTTATTGAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGCGGTACTCCTGACAATCGCGATAGAA > NC_002947/2434389‑2434677 | aGGTGCGAGTCGCCGCGGTTGATTGCCGGGTATTTATTGAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGc > 1:511827/1‑150 (MQ=255) cgcgGTTGATTGCCGGGTATTTATTGAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCt > 2:803837/1‑150 (MQ=255) ggTTGATTGCCGGGTATTTATTGAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTgg > 2:810948/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGGTATTTATTGAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTACACCAGGGATACCTTGGCTTTCg > 1:55560/1‑150 (MQ=255) gCCGGGTATTTATTGAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGaa < 2:2230/150‑1 (MQ=255) ggTATTTATTGAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGct < 1:743277/150‑1 (MQ=255) ggTATTTATTGAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTACTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATCTGCACCAGGGATACCTGGGCTTTCGAGGGct > 2:541160/1‑150 (MQ=255) gAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAgcgc < 1:271032/150‑1 (MQ=255) gAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAgcgc > 1:879552/1‑150 (MQ=255) aCAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCa > 2:802973/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATAcc < 2:724899/121‑1 (MQ=255) cAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATAcc > 1:724899/1‑121 (MQ=255) ggTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGgcgc > 1:651515/1‑150 (MQ=255) ccATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCt < 2:1243770/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGAACAAGCGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCa > 1:88654/1‑150 (MQ=255) tGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCAt > 1:275829/1‑150 (MQ=255) gTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCggg < 2:627507/142‑1 (MQ=255) gTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCggg > 1:627507/1‑142 (MQ=255) aaCTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCg < 1:802973/150‑1 (MQ=255) ctgctgctgTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGt < 2:511827/150‑1 (MQ=255) tgctgctgTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTc > 1:154904/1‑150 (MQ=255) ttGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGAc < 2:498517/150‑1 (MQ=255) gCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTACACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACCGCGa < 2:55560/150‑1 (MQ=255) aGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTAGGTCAGGTCGAACGCGACcaaaaca > 2:1148502/1‑146 (MQ=255) tCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAg > 1:22240/1‑76 (MQ=255) tCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAg < 2:22240/76‑1 (MQ=255) cATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTc < 1:803837/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTc < 2:534479/99‑1 (MQ=255) aCCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTc > 1:534479/1‑99 (MQ=255) ccgccgAAGGCCATGGCCATCAGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGc < 2:716309/150‑1 (MQ=255) cgccgAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGCg < 2:275829/150‑1 (MQ=255) cgAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGAGCCATTGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGCGGTa < 2:691471/150‑1 (MQ=255) gAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCg > 1:54125/1‑133 (MQ=255) gAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCg < 2:54125/133‑1 (MQ=255) ccatggccatCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTc < 1:550566/127‑1 (MQ=255) ccatggccatCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTc > 2:550566/1‑127 (MQ=255) catggccatCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGCGGTACTCCTGa > 2:917946/1‑150 (MQ=255) atggccatCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGCGGTACTCCTGAc > 2:1369701/1‑150 (MQ=255) ccatCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGCGGTACTCCTGACAATc > 1:818475/1‑150 (MQ=255) ggCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGCGGTACTCCTGACAATCGCGAt < 1:1369701/150‑1 (MQ=255) gCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGCGGTACTCCTGACAATCGCGATa > 2:237547/1‑150 (MQ=255) cgacgaTGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGCGGTACTCCTGACAATCGCGATagaa < 1:1203776/150‑1 (MQ=255) gaTGTACACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGc > 2:1016792/1‑115 (MQ=255) gaTGTACACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGc < 1:1016792/115‑1 (MQ=255) | AGGTGCGAGTCGCCGCGGTTGATTGCCGGGTATTTATTGAACAGGCGGTCCATGCGCTCCTTGGCCTGGTCGAACTGCTGCTGTTGCAGCTGCGACAGGTCCATCGGTACGTCACCGCCGAAGGCCATGGCCATCGGCTCGACGATGTGCACCAGGGATACCTTGGCTTTCGAAGGCTCTGCCAGCGCCATGGCGCGCTTGATCACCGGGTCGCATTCTTCGGTCAGGTCGACGGCGACCAACAAATGTTCGTATTGCATGAGCGGTACTCCTGACAATCGCGATAGAA > NC_002947/2434389‑2434677 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |