Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,483,443 | T→A | 11.5% | L89Q (CTG→CAG) | puuA‑I → | glutamate‑putrescine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,483,443 | 0 | T | A | 11.5% | 148.1 / 9.5 | 52 | L89Q (CTG→CAG) | puuA‑I | glutamate‑putrescine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/24); new base A (3/3); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 |
GCTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTGG > NC_002947/2483296‑2483587 | gcTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTgg < 2:48922/150‑1 (MQ=255) ccATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCgg < 1:888752/150‑1 (MQ=255) ccATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCgg < 2:924323/150‑1 (MQ=255) aTGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGt > 2:324410/1‑150 (MQ=255) aTGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGt > 2:642845/1‑150 (MQ=255) aTGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCACCAGGCGCCgggc > 1:122462/1‑149 (MQ=255) tGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCACCAGGCGCCgggca < 2:122462/150‑3 (MQ=255) cATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCt < 1:1346253/150‑1 (MQ=255) aTGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCACCAGGCGCCgggca > 1:105054/1‑143 (MQ=255) aTGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCACCAGGCGCCgggca < 2:105054/145‑3 (MQ=255) cTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCGAGGGGGGCCTTTACCCGATTGGGGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGCGACGCTGCAg > 2:292057/1‑150 (MQ=255) cTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAg < 2:471168/150‑1 (MQ=255) aaaaGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGt < 1:608502/150‑1 (MQ=255) ctctGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGa > 1:844763/1‑150 (MQ=255) gCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCt < 2:1424836/150‑1 (MQ=255) tGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCt < 2:494340/143‑1 (MQ=255) tGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCt > 1:494340/1‑143 (MQ=255) tGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACg > 2:1270272/1‑150 (MQ=255) tGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACg > 2:999411/1‑150 (MQ=255) ctgctgGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGAc < 2:570451/150‑1 (MQ=255) tACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACGAGGATGCTGGTGTGGTGCTGGTTCCGACAACGCTGAAGCCGGCGCGCTGTGAAAATGTATTTATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGc < 1:324410/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGacg > 2:560935/1‑108 (MQ=255) ccAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGacg < 1:560935/110‑3 (MQ=255) ccAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCaaa > 2:466176/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCAGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATc < 2:1366974/130‑1 (MQ=255) ccAGGGCAGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATc > 1:1366974/1‑130 (MQ=255) cAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAg < 1:642845/150‑1 (MQ=255) tACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTc > 2:1134082/1‑150 (MQ=255) aCCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCg > 1:1290608/1‑150 (MQ=255) ccGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGaaaa > 2:1225382/1‑89 (MQ=255) ccGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGaaaa < 1:1225382/89‑1 (MQ=255) ccGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAg > 2:848432/1‑150 (MQ=255) gATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGcc > 1:539583/1‑150 (MQ=255) ggTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGt < 2:1290608/150‑1 (MQ=255) tGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTgg < 2:145134/76‑1 (MQ=255) tGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTgg > 1:145134/1‑76 (MQ=255) ggACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGTCGGTGCGCGGGGAAAAGGAAGTGATCTCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGa > 2:241299/2‑150 (MQ=255) gACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGccc > 2:884250/1‑94 (MQ=255) gACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGccc < 1:884250/94‑1 (MQ=255) gACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGaa < 2:539583/150‑1 (MQ=255) tGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTg < 1:493923/150‑1 (MQ=255) gCTGCGCCGCCGTCTTCCCGGATGCTGCCCGGAGCCTAGCGACGGGTAGGCTGAAGCCGGGGCGCTGGAAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCAACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTgg < 1:292057/150‑1 (MQ=255) ttCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCGAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGgcg > 1:456851/1‑150 (MQ=255) ccGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCgtg < 2:256024/150‑1 (MQ=255) tgcCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCAc > 2:857213/1‑87 (MQ=255) tgcCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCAc < 1:857213/87‑1 (MQ=255) tgcCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCaa < 2:454416/150‑1 (MQ=255) tgcCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCaa > 1:454416/1‑150 (MQ=255) tacccGGCACCAGGCGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCgt < 1:208220/128‑1 (MQ=255) tacccGGCACCAGGCGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCgt > 2:208220/3‑130 (MQ=255) gcCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAg > 1:920965/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTgg < 2:844763/150‑1 (MQ=255) | GCTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTGG > NC_002947/2483296‑2483587 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |