| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,509,950 | T→A | 6.9% | Q36L (CAG→CTG) | copB‑I ← | copper resistance protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,509,950 | 0 | T | A | 6.9% | 177.0 / 4.0 | 58 | Q36L (CAG→CTG) | copB‑I | copper resistance protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/34); new base A (2/2); total (22/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
GTCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGTCTCCATGTGGTA > NC_002947/2509802‑2510096 | gTCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCGCATCTg > 1:316737/1‑150 (MQ=255) cATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCAGATGGGCCATCAGGc < 2:351419/150‑1 (MQ=255) aTGCGCCTGGTGCCCTGGTAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGcc > 2:1274061/1‑150 (MQ=255) tGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCg > 2:215096/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGt < 1:1020753/150‑1 (MQ=255) cgcCTGGTGCCCTGGCAACGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCT‑GGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTgg < 2:896928/150‑1 (MQ=255) gTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCgt < 2:48153/150‑1 (MQ=255) gCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCgtgt < 1:1344595/150‑1 (MQ=255) tGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGCAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTc < 1:1386809/150‑1 (MQ=255) tGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTc > 1:944451/1‑150 (MQ=255) tGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGCGCGTGCCACGTTTCCTTGGGGAAGGCTGCTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATTGCCTGATGCCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTATTc < 2:84169/150‑1 (MQ=255) aaTGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGaa > 1:323760/1‑150 (MQ=255) ggcgcggcgGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGc < 2:944451/150‑1 (MQ=255) ggcgcggcgGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGc < 2:329913/150‑1 (MQ=255) cGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGa < 1:296885/150‑1 (MQ=255) cGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGa < 1:1262174/150‑1 (MQ=255) cGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCgtg > 2:712428/1‑110 (MQ=255) cGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCgtg < 1:712428/110‑1 (MQ=255) gTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAg < 1:1325189/150‑1 (MQ=255) gTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAg < 1:359235/150‑1 (MQ=255) ggaCAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTca < 2:478503/149‑1 (MQ=255) tGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTg > 2:804836/1‑150 (MQ=255) gCGAGGTTGGCTGGGTGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGACCTGATCGCCCATCTGGCCGTGGTTTGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCAGCGCCCGTTCACTGGCGTGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGc < 1:684268/150‑1 (MQ=255) cTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTg < 2:722337/150‑1 (MQ=255) cTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTg > 2:17996/1‑150 (MQ=255) tGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGc < 1:1274061/150‑1 (MQ=255) gggggAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCCAAACCAGCGGCCATCGTCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGACACGCCGGCCACGAAGCTGCg < 2:205766/150‑1 (MQ=255) aaGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGc > 2:1335514/1‑150 (MQ=255) tGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCa < 1:1307482/106‑1 (MQ=255) tGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCa > 2:1307482/1‑106 (MQ=255) tGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGgtg > 2:955230/1‑150 (MQ=255) ggTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGgtgt < 1:948242/150‑1 (MQ=255) ccATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCa < 2:1050297/68‑1 (MQ=255) ccATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCa > 1:1050297/1‑68 (MQ=255) cATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGa < 1:1132088/150‑1 (MQ=255) tGCTTTCATGGTTAATGGGCATCGCCTGATGGCTCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGAcg < 1:156182/150‑1 (MQ=255) gCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGAcgc < 2:323760/150‑1 (MQ=255) tGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTc > 2:1177398/1‑150 (MQ=255) tGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTc < 1:1177398/150‑1 (MQ=255) aaTGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGa < 1:804836/150‑1 (MQ=255) tGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCAc < 2:1133120/103‑1 (MQ=255) tGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCAc > 1:1133120/1‑103 (MQ=255) tGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGc > 2:1344616/1‑150 (MQ=255) accacggCCAGATGGGCCATCAGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGgt < 2:687251/114‑1 (MQ=255) accacggCCAGATGGGCCATCAGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGgt > 1:687251/6‑119 (MQ=255) gCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATg > 2:961082/1‑150 (MQ=255) tGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGTGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCg < 2:316737/150‑1 (MQ=255) tGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCg < 1:1335514/150‑1 (MQ=255) gCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGa < 2:1283833/140‑1 (MQ=255) gCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGa > 1:1283833/1‑140 (MQ=255) gCCAGATGGGCCATCAGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGt > 2:136153/1‑150 (MQ=255) ccTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGtc < 1:215096/150‑1 (MQ=255) cTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGtct > 2:1155308/1‑150 (MQ=255) cTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGtct > 1:1080835/1‑150 (MQ=255) gATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAg > 1:330142/1‑68 (MQ=255) gATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGCTCACTGGCGAGCAAg < 2:330142/68‑1 (MQ=255) gCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGTCTCCAtgt < 2:1345666/150‑1 (MQ=255) aTCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGTCTCCATGTGGTa < 1:17996/150‑1 (MQ=255) | GTCATGCGCCTGGTGCCCTGGCAATGGCGGGAAGGCGGCGCGGCGGTCGGCGTCGGTGATGACAGGCAGGGGCGTGCGAGGTTGGCTGGGGGAAGGCTGGTCGTGGCCCATGCTTTCATGGTTAATGGGCATGGCCTGATGGCCCATCTGGCCGTGGTTCGTGTGTTCGGAACCAGCGGCCATCGCCCGTTCACTGGCGAGCAAGGTCAGCAGCGCCACGCCTGCCACGAAGCTGCGGTTGCGGGTGTCATTCATCGACGCGTACCTCGCGGAGCATGCCGGTCTCCATGTGGTA > NC_002947/2509802‑2510096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |