| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,540,854 | T→A | 13.7% | intergenic (+24/+25) | PP_2232 → / ← PP_2233 | XRE family transcriptional regulator/isochorismatase family hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,540,854 | 0 | T | A | 13.7% | 137.2 / 13.4 | 51 | intergenic (+24/+25) | PP_2232/PP_2233 | XRE family transcriptional regulator/isochorismatase family hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/18); new base A (4/3); total (30/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
ATCGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCA > NC_002947/2540708‑2540997 | atcGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCa < 1:966953/150‑1 (MQ=255) tcGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTAATGTGCCAATAGCTTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAg < 2:760211/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCaaa < 1:1192197/150‑1 (MQ=255) gAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAgtct < 2:255701/150‑4 (MQ=255) gCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGtc‑tc > 1:1402557/1‑150 (MQ=255) cTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCg > 1:258451/1‑150 (MQ=255) aGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGcc > 1:1064001/1‑128 (MQ=255) aGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGcc < 2:1064001/128‑1 (MQ=255) ggTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCa > 2:1092784/1‑124 (MQ=255) ggTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCa < 1:1092784/124‑1 (MQ=255) ggggCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCttt < 1:1255066/150‑1 (MQ=255) ggggCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCttt > 1:1194265/1‑150 (MQ=255) aTGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCtcg > 1:916327/1‑150 (MQ=255) ttCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGt < 2:33988/116‑1 (MQ=255) ttCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGt > 1:33988/1‑116 (MQ=255) cccAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCtt > 1:825738/1‑150 (MQ=255) ccAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCaaa > 2:972959/1‑109 (MQ=255) ccAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCaaa < 1:972959/109‑1 (MQ=255) cAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGACTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTca > 1:1362279/1‑150 (MQ=255) gTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTcacc > 1:676552/1‑150 (MQ=255) gTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCAt > 2:480892/1‑150 (MQ=255) tATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATa > 2:1254400/1‑150 (MQ=255) aCCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAaac < 2:1402557/150‑1 (MQ=255) gTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAaacgcc > 1:499674/1‑150 (MQ=255) aTGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAG‑CCCATCGACCGACAACTCGAGCAGCTTTTCAGCGGCTAGTCAGCCTTCACCACATTGGCATAGGCAaacgccaacgcc > 1:1096179/1‑150 (MQ=255) gCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGTGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATa < 1:1238364/131‑1 (MQ=255) gCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGTGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATa > 2:1238364/1‑131 (MQ=255) gTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATc < 2:676552/150‑1 (MQ=255) ttCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCg > 2:1337502/1‑76 (MQ=255) ttCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCg < 1:1337502/76‑1 (MQ=255) ttCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTc < 2:855006/102‑1 (MQ=255) ttCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTc > 1:855006/1‑102 (MQ=255) ttCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGc < 2:1044070/122‑1 (MQ=255) ttCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGc > 1:1044070/1‑122 (MQ=255) ttCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCa > 2:1008607/1‑150 (MQ=255) cGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATg < 1:480892/150‑1 (MQ=255) gTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGca > 1:618767/1‑150 (MQ=255) tgGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGc > 1:1296155/1‑150 (MQ=255) gCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCtc < 1:241829/75‑1 (MQ=255) gCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCtc > 2:241829/1‑75 (MQ=255) ccTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGGACCTTCTTGCCg < 2:916327/150‑1 (MQ=255) cTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGCCCCCTGCTTGCCGt > 2:580844/1‑150 (MQ=255) gCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCg < 1:1008607/150‑1 (MQ=255) cAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGa > 2:273916/1‑150 (MQ=255) gaccTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGaa > 2:273609/4‑150 (MQ=255) gACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCCAGACAGTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAAc < 2:825738/150‑1 (MQ=255) gACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAAc > 2:810301/1‑150 (MQ=255) cTTTGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAGCGACAGGGGGATCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGc > 2:1107547/1‑150 (MQ=255) tttGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGGCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCAGGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGcc > 2:144903/1‑150 (MQ=255) tttGGGGCTGCACAGCAGCCCCAAAGGTG‑TCAAAAAGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGATCTTCACCACATTGGCATAGGCAGACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGGCGAACGcc > 1:473822/1‑150 (MQ=255) ctgctgTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCa < 1:273916/150‑1 (MQ=255) | ATCGAAGAGGTCGAGCATCGCTTGCAGGTGGGGCAGTTCCATGTGTTCCCCAGTAACTGCCGGTATGCCTACCGTAACGATGGCGTGGTGGCTGTTCGGTTTGTGCGCAATGTGGCGATTTGAGCCTGCAGACTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCCAAAGGTC‑TCAAGCCGATCAGCTTTTCAGCAGCTCGTCGGTCTTCACCACATTGGCATAGGCAAACGCCAACGCCGCCATCGCCGAATCATGCACATGAGCCGCCGGCACCTGCTTGCCGTCGAACGCCAGTGGCA > NC_002947/2540708‑2540997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |