Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,693,846 | G→A | 18.6% | A32T (GCC→ACC) | PP_2362 → | usher protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,693,846 | 0 | G | A | 18.6% | 87.4 / 13.0 | 43 | A32T (GCC→ACC) | PP_2362 | usher protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/19); new base A (3/5); total (19/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
TCAATGGTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGG > NC_002947/2693697‑2693990 | tCAATGGTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTgg > 2:558336/1‑150 (MQ=255) ggTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATg < 1:1090165/150‑1 (MQ=255) ggTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATg < 2:281921/150‑1 (MQ=255) gTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCANGGCCAATGNGCCAACGGCNGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACAACGTGCCGCTGGTGGCTGTGGCTggagttcg > 1:366996/1‑144 (MQ=255) gggcggACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGACCATGGCCAGcccca < 1:125596/149‑2 (MQ=255) ggcggACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGACCATGGCCAGccccag < 2:382385/150‑3 (MQ=255) atggcgtCCGCCGAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTgg < 1:1240105/144‑1 (MQ=255) cATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGACCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACt > 2:1073746/1‑150 (MQ=255) cATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGACCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACt > 2:1073766/1‑150 (MQ=255) ccAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCcga < 2:1201982/150‑1 (MQ=255) gCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCa > 1:1103655/1‑150 (MQ=255) ggCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGCCGCCTTGCCCCCACCGccc > 2:527020/1‑150 (MQ=255) cGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGACCATGGCCAGcccca < 1:1272951/112‑2 (MQ=255) cGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGACCATGGCCAGcccca > 2:1272951/1‑111 (MQ=255) aaTGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGcc > 2:457073/1‑97 (MQ=255) aaTGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGcc < 1:457073/97‑1 (MQ=255) aaTGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGga < 1:1166930/150‑1 (MQ=255) aaTGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGga < 1:558336/150‑1 (MQ=255) aaGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATg > 2:677146/1‑150 (MQ=255) cAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGc > 1:269629/1‑150 (MQ=255) gggCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGTTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCAt > 2:840004/1‑150 (MQ=255) gCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCg > 2:268736/1‑150 (MQ=255) gggAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGTTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGa < 1:840004/150‑1 (MQ=255) ggaggaCCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAg < 1:628274/150‑1 (MQ=255) ggaCCCGGCAATGGATGGCAACCGTGCGAAAAAAGGCTCCCAGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGAGGCTAGCCATGGTCAGCCCCGCGCTCGTACTGGCAGAAAACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGcc > 2:649716/1‑150 (MQ=255) ccGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTgg < 1:395308/96‑1 (MQ=255) ccGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTgg > 2:395308/1‑96 (MQ=255) ggAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGAcc > 2:60920/1‑150 (MQ=255) ggAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTAATGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGc < 2:341962/133‑1 (MQ=255) ggAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTAATGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGc > 1:341962/1‑133 (MQ=255) aCCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCtggt < 2:781718/150‑1 (MQ=255) cGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCtggtgg < 2:5273/150‑1 (MQ=255) gtgtgtGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTggtggt < 2:1244665/150‑1 (MQ=255) gAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCa < 2:269629/150‑1 (MQ=255) aaaTGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAg < 1:676228/150‑1 (MQ=255) aaTGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGACCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACAGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGa < 1:1073766/150‑1 (MQ=255) aaTGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGACCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACAGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGa < 1:1073746/150‑1 (MQ=255) tCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCCGATGCCCa > 2:568574/1‑150 (MQ=255) tCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCa > 2:991344/1‑150 (MQ=255) gacgTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCt > 2:1271587/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATAcc < 1:60920/150‑1 (MQ=255) cGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCg < 1:649716/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCgg > 2:1194302/1‑150 (MQ=255) tGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTg < 1:641427/150‑1 (MQ=255) ggCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGcggg > 1:4104/1‑150 (MQ=255) | TCAATGGTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGG > NC_002947/2693697‑2693990 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |