| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,708,586 | C→T | 8.6% | P222P (CCG→CCA) | cysI ← | sulfite reductase hemoprotein subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,708,586 | 0 | C | T | 8.6% | 160.4 / 5.4 | 59 | P222P (CCG→CCA) | cysI | sulfite reductase hemoprotein subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/26); new base T (3/2); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 | |||||||||||
ATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTGCG > NC_002947/2708440‑2708734 | aTTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGc > 2:214694/1‑150 (MQ=255) tttCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCa < 1:214694/150‑1 (MQ=255) tCGGCCTCGACCTTTTCAGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAgg < 1:123430/150‑1 (MQ=255) ggCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCGAGTTTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCGTGGCAGGac < 1:240/150‑2 (MQ=255) cGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGt > 2:1424218/1‑150 (MQ=255) ggCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGa < 1:931490/150‑1 (MQ=255) gtacacTTCCGGGGGAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCTCACTGTAGTTTTTGTCACGGCGAC‑CGTACCGGTTGTACACACGCAGGATGTCGTCGAGGTAGCTGATTAGGTCCTTCTACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AActaacc > 2:1388436/3‑145 (MQ=255) cacTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCccac < 2:27447/150‑1 (MQ=255) ttCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCcaccac < 1:1068991/150‑1 (MQ=255) ttCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCAC‑ACAACACGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCcaccac > 1:1206415/1‑150 (MQ=255) ccGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCg < 2:998507/150‑1 (MQ=255) aaGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACg < 2:395281/150‑1 (MQ=255) gggCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGc > 2:117457/1‑150 (MQ=255) gggCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGc > 1:533504/1‑150 (MQ=255) gggCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACCCGCAGGATGGCGGCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTC‑TTGAAGCAACGTGCTCACCACCGGAGGACGGc > 2:616976/1‑150 (MQ=255) ccTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCa > 1:326107/1‑150 (MQ=255) cTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAg < 1:364651/150‑1 (MQ=255) aGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGccacca < 2:449596/150‑1 (MQ=255) cTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGCCAGCAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTAc < 1:1170757/150‑1 (MQ=255) ttGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTAcc > 2:411303/1‑150 (MQ=255) gTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGcc > 1:1382489/1‑150 (MQ=255) cTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAg > 1:1377499/1‑150 (MQ=255) ttgttgTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCTCCGGAGTACTGCCCAGGCCACCACCTACGAGCACACGGAAGCCCAGt < 2:521307/150‑1 (MQ=255) ttgttgTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGt > 2:1151315/1‑150 (MQ=255) tCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGcc > 1:1074700/1‑116 (MQ=255) tCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGcc < 2:1074700/116‑1 (MQ=255) tCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGcc < 2:412184/149‑1 (MQ=255) tCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGcc > 1:412184/1‑149 (MQ=255) tCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCg < 1:1083387/150‑1 (MQ=255) tCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCg > 1:1215853/1‑150 (MQ=255) aC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGtt < 2:638079/150‑1 (MQ=255) c‑cGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCa < 2:1005117/133‑1 (MQ=255) c‑cGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCa > 1:1005117/1‑133 (MQ=255) tAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTgcgc > 1:816996/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCa < 2:1215853/150‑1 (MQ=255) aCGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCAc < 1:507636/150‑1 (MQ=255) ggTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCg > 1:680955/1‑150 (MQ=255) ttGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCGTGGCAGGac > 1:1089524/1‑55 (MQ=255) ttGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCGTGGCAGGac < 2:1089524/56‑2 (MQ=255) gcAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCaa > 2:803839/1‑150 (MQ=255) cAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAAt < 1:411303/150‑1 (MQ=255) gTCGAGGTATCTGATCAGGTCCTGCCCAGGCCGAAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTAAGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCAc < 2:1366763/150‑1 (MQ=255) ggTAGCTGATCATGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCAAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTCGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGa < 1:616976/150‑1 (MQ=255) ggTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGa < 1:1424218/150‑1 (MQ=255) cTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATggcg < 2:326107/150‑1 (MQ=255) tGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCGCACCACCGGGGTACGTCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGGTggcgg > 1:522669/1‑150 (MQ=255) tGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGCAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGc > 2:629757/1‑119 (MQ=255) tGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGc < 1:629757/119‑1 (MQ=255) cgagttCCTGCCGTGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGgcgc > 1:994434/6‑150 (MQ=255) gagttCCTGCCGTGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGcgcg > 2:285055/5‑150 (MQ=255) aGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAg > 1:859575/1‑84 (MQ=255) aGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAg < 2:859575/84‑1 (MQ=255) gTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTNCGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGc > 1:873778/1‑112 (MQ=255) gTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGc < 2:873778/112‑1 (MQ=255) gTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTc > 1:204400/1‑150 (MQ=255) cTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTc > 2:228257/1‑150 (MQ=255) ccACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCGCCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTGCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTg < 2:616792/150‑1 (MQ=255) ccACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGACCCACCTTGAGCGACCAGCGGTGCGCACCGGCTCAAGCACCATGACGACCACCACGGGGGCGGCGGGGTCTTCCTg > 1:26031/1‑150 (MQ=255) aCGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTGCg > 2:1367672/1‑150 (MQ=255) | ATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGAC‑CGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATG‑AACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTGCG > NC_002947/2708440‑2708734 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |