| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,749,326 | A→G | 6.5% | H98R (CAC→CGC) ‡ | PP_2405 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,749,326 | 0 | A | G | 6.5% | 173.7 / 2.1 | 61 | H98R (CAC→CGC) ‡ | PP_2405 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/38); new base G (2/2); total (21/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
CCGCCCCTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCATTACTTTG > NC_002947/2749178‑2749472 | ccgccCCTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGcac > 1:521011/1‑150 (MQ=255)ccgccCCTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGaac > 1:300718/1‑150 (MQ=255) cccTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACAccc < 1:599479/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCt > 2:117723/1‑150 (MQ=255) cTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCt < 2:76152/150‑1 (MQ=255) ggATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGTGCACCCCtac < 2:930043/150‑3 (MQ=255) ggATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGa < 1:1114530/150‑1 (MQ=255) gCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTc < 2:1387662/150‑1 (MQ=255) cccGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGa < 1:348418/150‑1 (MQ=255) ccGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGAc < 2:1243640/150‑1 (MQ=255) tCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCt < 1:648665/134‑1 (MQ=255) tCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCt > 2:648665/1‑134 (MQ=255) tCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGc > 2:1241151/1‑150 (MQ=255) 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tggtggACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGc > 1:270336/1‑150 (MQ=255) ggtggACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACGCCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCg < 1:388796/150‑1 (MQ=255) ggtggACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCg < 2:804720/150‑1 (MQ=255) gtggACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGTGCACCCCtac > 1:12839/1‑114 (MQ=255) gtggACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGTGCACCCCtac < 2:12839/116‑3 (MQ=255) tggACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCggg > 2:1331531/1‑150 (MQ=255) ttCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGCATGATTCTTCTCGGCACTATGCCGATCCAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAg < 1:168462/150‑1 (MQ=255) tCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAgg < 2:833625/150‑1 (MQ=255) cTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGa < 2:296051/120‑1 (MQ=255) cTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGa > 1:296051/1‑120 (MQ=255) cTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGt < 2:270336/150‑1 (MQ=255) ccTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGccc > 1:1296242/1‑150 (MQ=255) aCTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTgg > 2:527297/1‑150 (MQ=255) cTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTggg > 1:988894/1‑150 (MQ=255) tGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCgg < 1:949230/129‑1 (MQ=255) tGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCgg > 2:949230/1‑129 (MQ=255) aTCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTgggtatc > 2:1138278/1‑150 (MQ=255) cAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTgggtatcgg < 1:117723/150‑1 (MQ=255) cAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTgggtatcgg < 2:545740/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGCGACTGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGt < 1:14785/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTa < 1:527297/150‑1 (MQ=255) gCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATaa < 1:482926/150‑1 (MQ=255) gCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGAGGGCGAAGGTGGCACCGTCGAGGATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATaa > 2:866735/1‑150 (MQ=255) gtgAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGAc < 2:1296242/150‑1 (MQ=255) gtgAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGAc < 1:408271/150‑1 (MQ=255) tgAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGa < 2:759774/148‑1 (MQ=255) tgAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGa > 1:759774/1‑148 (MQ=255) tGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACaa < 1:1331531/150‑1 (MQ=255) ttGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACACGGTAGCCCGGTTgggtatcgg > 2:415576/1‑117 (MQ=255) ttGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTgggtatcgg < 1:415576/117‑1 (MQ=255) ttGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGCGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGgt < 2:970988/150‑1 (MQ=255) ggcgcggcgcTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGtgtg < 1:1138278/150‑1 (MQ=255) gcgcggcgcTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTgg > 1:999098/1‑150 (MQ=255) ttGCTGATCAAGGGGTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACTCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTggg < 2:300718/149‑1 (MQ=255) ccGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTgggtatcg < 2:148835/99‑1 (MQ=255) ccGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTgggtatcg > 1:148835/1‑99 (MQ=255) cGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCaa > 1:741454/1‑150 (MQ=255) gtggtggtAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTg > 1:926274/1‑96 (MQ=255) gtggtggtAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTg < 2:926274/96‑1 (MQ=255) ctcaGGGGTGTGCACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCa > 1:764347/4‑150 (MQ=255) tAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTgggtatcgg > 2:1221877/1‑79 (MQ=255) tAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTgggtatcgg < 1:1221877/79‑1 (MQ=255) aGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCATTa < 2:999098/150‑1 (MQ=255) gggTGCACACCCCTGAGTTCTACTACTAGCATGATGTTGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCATTACt < 1:506401/150‑1 (MQ=255) tGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGTTTTGTAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCATTACTTTg < 2:988894/150‑1 (MQ=255) | CCGCCCCTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCATTACTTTG > NC_002947/2749178‑2749472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |