Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,753,616 | T→A | 9.1% | L377Q (CTG→CAG) | czcB‑II → | cobalt‑zinc‑cadmium resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,753,616 | 0 | T | A | 9.1% | 132.3 / 4.8 | 44 | L377Q (CTG→CAG) | czcB‑II | cobalt‑zinc‑cadmium resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/23); new base A (2/2); total (19/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 |
TTCGATGCCGCCGTGGCGGTGCCGGAAAGCGCCCTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACGGGGACACCTGCATGTTCGAACGCCTGATTCAATTTGCCATCGAGCAGCGCC > NC_002947/2753468‑2753757 | ttCGATGCGGCCGTGGCGGTGCCGGAAAGCGCCCTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTg < 2:386599/150‑1 (MQ=255) ttCGATGCCGCCGTGGCGGTGCCGGAAAGCGCCCTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTg > 2:850143/1‑150 (MQ=255) ttCGATGCCGCCGTGGCGGTGCCGGAAAGCGCCCTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTg > 1:1354128/1‑150 (MQ=255) aTGCCGCCGTGGCGGTGCCGGAAAGCGCCCTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGgccg > 2:790127/1‑150 (MQ=255) gccgccGTGGCGGTGCCGGAAAGCGCCCTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGgccgcc < 1:194265/150‑1 (MQ=255) gCGGTGCCGGAAAGCGCCCTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAg < 2:1294037/150‑1 (MQ=255) gCGGTGCCGGAAAGCGCCCTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAg < 1:941010/150‑1 (MQ=255) cGGTGCCGGAAAGCGCCCTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAgg < 2:648388/150‑1 (MQ=255) ccTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGAGTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAg > 1:805685/1‑150 (MQ=255) tGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCt > 1:539651/1‑150 (MQ=255) aaCCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCGGCGGCCAGgccgctgg > 1:1075623/1‑117 (MQ=255) aaCCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCGGCGGCCAGGCCGCTgg < 2:1075623/120‑1 (MQ=255) aaCCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGt > 1:647748/1‑150 (MQ=255) aCCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTGGCCCGCACGGCGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTAGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTAATCAGGTTACGGCCCACGGCAGCTTTGTc > 2:583898/1‑150 (MQ=255) aCCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTc < 2:183338/150‑1 (MQ=255) ccTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTcc < 1:850143/150‑1 (MQ=255) cTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCt > 2:715458/1‑150 (MQ=255) cAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGaa < 2:1354128/150‑1 (MQ=255) aCCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGTCTCAAGGCGACAGCGACTAGGATTGGGCGTCGCGATGCTGGCCAGCTTGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTg < 1:1027777/150‑1 (MQ=255) ccGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTgg < 1:183391/150‑1 (MQ=255) cGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTggg < 2:35941/150‑1 (MQ=255) gtTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAg > 2:1103901/1‑103 (MQ=255) gtTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAg < 1:1103901/103‑1 (MQ=255) gtTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAggg < 1:754607/150‑1 (MQ=255) ttCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGc > 1:1371518/1‑150 (MQ=255) ccGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGc > 1:829532/1‑150 (MQ=255) cACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGccag < 1:984579/150‑3 (MQ=255) gaAGTCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCAGGCCGCTGGt < 1:956910/81‑1 (MQ=255) gaAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCAGGCCGCTGGt > 2:956910/1‑81 (MQ=255) cTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTg < 2:1334967/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCTAGCACAGCCACTGATCACgg < 1:790127/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCACGTGTAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACgg < 1:232316/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACGGGGCAAGGGCTCGGCCGAGAACAGCCACTGATCACGGGGACACCTGCATGTTCGaa < 2:926159/150‑1 (MQ=255) tCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACGGGGACACCTGCATGTTCGAACGcc < 2:647748/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACgg < 1:875713/121‑1 (MQ=255) tGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACgg > 2:875713/1‑121 (MQ=255) tGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCAC‑GGGACACCTGCATGTTCGAACGCCTGATTCAAtt > 1:1237962/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGACTc > 1:80335/1‑90 (MQ=255) ccAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGACTc < 2:80335/90‑1 (MQ=255) cAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACGGGGACACCTGCATGTTCGAACGCCTGATTCAATTTGc < 1:1263759/150‑1 (MQ=255) cACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACGGGGACACCTGCATGTTCGAACGCCTGATTCAATTTGCCATCGagcagc > 2:941365/1‑150 (MQ=255) cAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACGGGGACACCTGCATGTTCGAACGCCTGATTCAATTTGCCATCGAGCAGCGcc > 1:613800/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACGGGGACACCTGCATGTTc > 2:1308144/1‑110 (MQ=255) ccTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACGGGGACACCTGCATGTTc < 1:1308144/110‑1 (MQ=255) | TTCGATGCCGCCGTGGCGGTGCCGGAAAGCGCCCTGCAAACCTGGGAGGCGCAGACCGTGGTGTTCGCCCGCACGGAGGAAGGCTTCGAGGCGCGCCCGGTGAAGACTGGCCGTCGCGATGCTGGCCAGGTGGAAATCACCAGCGGCCTGGCCGCCGGTACTCAGGTTGCGGCCGCCGGCAGCTTTGTCCTTAAGTCGGAACTGGGCAAGGGCTCGGCCGAGCACAGCCACTGATCACGGGGACACCTGCATGTTCGAACGCCTGATTCAATTTGCCATCGAGCAGCGCC > NC_002947/2753468‑2753757 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |