| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,755,729 | A→G | 6.9% | Q671R (CAG→CGG) | czcA‑II → | cation efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,755,729 | 0 | A | G | 6.9% | 170.6 / 2.2 | 58 | Q671R (CAG→CGG) | czcA‑II | cation efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/30); new base G (2/2); total (26/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
CGCCGAACATTTCCGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGCACTGCCGCGCAGATCGCTGCCAGCCTGCAAGGGGTGCCGGGCGCGTCCGAGGT > NC_002947/2755582‑2755867 | cgccgAACATTTCCGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGc > 2:58585/1‑150 (MQ=255)cgccgAACATTTCCGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGc > 2:108044/1‑150 (MQ=255) gAACATTTCCGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCg > 2:543526/1‑150 (MQ=255) aaCATTTCCGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCgg > 1:280149/1‑150 (MQ=255) cATTTCCGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGtt > 2:169070/1‑150 (MQ=255) tttCCGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCTGAATCGGCTGCgacagc < 2:500888/150‑6 (MQ=255) ttCCGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCaa < 2:253737/150‑1 (MQ=255) tCCGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAAc < 1:886856/150‑1 (MQ=255) tCCGATGCCTACCTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACGATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAAc < 1:628906/150‑1 (MQ=255) gccGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAACCCGCGAGACGAACTCATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAAc < 1:172011/149‑1 (MQ=255) gATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAg < 2:1137054/150‑1 (MQ=255) gATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAg < 2:187822/150‑1 (MQ=255) cTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGAt > 2:1029413/1‑150 (MQ=255) aCGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGAttt < 1:108044/150‑1 (MQ=255) cGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTc > 2:765639/1‑150 (MQ=255) tGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCgg < 2:72953/150‑1 (MQ=255) aTGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCgggg < 1:816739/150‑1 (MQ=255) cccGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGa > 1:1336572/1‑134 (MQ=255) cccGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGa < 2:1336572/134‑1 (MQ=255) cccGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAg < 1:754158/150‑1 (MQ=255) gAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGGGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGAtgta > 2:547709/1‑149 (MQ=255) gAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCa > 2:195454/1‑107 (MQ=255) gAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCa < 1:195454/107‑1 (MQ=255) tGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATGTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTg > 2:1129498/1‑150 (MQ=255) ggTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGaa < 2:855144/150‑1 (MQ=255) ggTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGaa < 1:169070/150‑1 (MQ=255) gggCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCgggg > 1:290795/1‑118 (MQ=255) gggCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCgggg < 2:290795/118‑1 (MQ=255) ggCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCTGAATCGGCTGCgaca > 1:568474/1‑95 (MQ=255) ggCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCTGAATCGGCTGCgaca < 2:568474/98‑4 (MQ=255) gCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTg < 1:1029413/150‑1 (MQ=255) cAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTga < 2:602372/150‑1 (MQ=255) cAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTga < 1:612306/150‑1 (MQ=255) ccGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTgacgac < 1:1068014/150‑1 (MQ=255) cgcgAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGa > 2:482137/1‑102 (MQ=255) cgcgAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGa < 1:482137/102‑1 (MQ=255) gAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGAGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTg < 1:543526/150‑1 (MQ=255) aaCTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGc > 1:1373476/1‑90 (MQ=255) aaCTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGc < 2:1373476/90‑1 (MQ=255) aaCTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCa < 2:910016/108‑1 (MQ=255) aaCTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCa > 1:910016/1‑108 (MQ=255) aTCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAAc > 2:861681/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGc > 1:102681/1‑150 (MQ=255) 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gtgtGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGCACTGCCGCGCAGATCGCTGCCAGcc > 1:1296188/1‑150 (MQ=255) ccGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGCACTGCCGCGCAGATCGCTGCCAGCCTGCaa < 1:58585/150‑1 (MQ=255) gcagcaACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGCACTCCACGGCAGATCGCTGCCAGCCTGCAAgggg < 1:397712/150‑1 (MQ=255) aaCTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAAcc > 2:381961/1‑109 (MQ=255) aaCTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAAcc < 1:381961/109‑1 (MQ=255) tCGCAGCCTATTCAGTTGCGGTTAAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGCACTGCCGCGCAGATCGCTGCCAGCCTGCAAGGGGTGCCGGGCGCGTCCGAg < 1:556212/150‑1 (MQ=255) cGCAGCTGAATCGGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCGGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGCCCTGCCGCGCAGGTCGCTGCCAGCCTGCAAGGGGTGCCGGGCGCGTCCGAgg > 1:655206/1‑150 (MQ=39) gCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGCACTGCCGCGCAGATCGCTGCCAGCCTGCAAGGGGTGCCGGGCGCGTCCGAGGt > 1:412890/1‑150 (MQ=255) cAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGCa < 1:112626/97‑1 (MQ=255) cAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGCa > 2:112626/1‑97 (MQ=255) gCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGcc > 1:941967/1‑54 (MQ=255) gCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGcc < 2:941967/55‑2 (MQ=255) | CGCCGAACATTTCCGATGCCTACGTGATGCTGCGCCCGCGCGAACAATGGGTTGACCCGGGCAAACCGCGAGATGAACTGATCGCCCAGGTGCAACGCGCCGCTGCCAGTGTGCCGGGCAGCAACTATGAGCTGTCGCAGCCGATTCAGCTGCGGTTCAACGAGCTGATTTCGGGGGTGCGCAGTGATGTGGCGGTGAAGCTGTTCGGTGACGACATGGAGGTGCTCAACCGCACTGCCGCGCAGATCGCTGCCAGCCTGCAAGGGGTGCCGGGCGCGTCCGAGGT > NC_002947/2755582‑2755867 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |