| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,894,035 | G→A | 10.6% | V328M (GTG→ATG) ‡ | PP_2548 → | sugar MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,894,035 | 0 | G | A | 10.6% | 124.9 / 5.0 | 47 | V328M (GTG→ATG) ‡ | PP_2548 | sugar MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/21); new base A (2/3); total (23/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTGTCAACGGCTGTGGCTCGGTGG > NC_002947/2893888‑2894182 | gAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGtg < 1:181854/150‑1 (MQ=255) tGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGttctgc > 2:555585/1‑150 (MQ=255) gCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGctgctg > 1:986563/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCAGCAGCACGCTGCcggt < 1:488461/150‑1 (MQ=255) ttGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAACCTACTNCGACATNGCGGCATGCCAGCCGGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTCGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCt > 1:740056/1‑150 (MQ=255) ccGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTg < 1:774393/147‑1 (MQ=255) ccGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTg > 2:774393/1‑147 (MQ=255) ccGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTg > 1:793606/1‑150 (MQ=255) ccGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCAGCAGCACGCTGCcggtgt < 2:697064/139‑2 (MQ=255) ccGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCAGCAGCACGCTGCcggtgt > 1:697064/1‑138 (MQ=255) tCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCg < 1:1218544/150‑1 (MQ=255) tCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCAGCAGCACGCTGCcggtgttcat < 2:1094590/122‑6 (MQ=255) tCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCAGCAGCACGCTGCcggtgttcat > 1:1094590/1‑117 (MQ=255) ggACAAACTGTTGGGCGCCCGGCGCAGGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATGGGCGGCGTTCAGGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTa < 1:359184/150‑1 (MQ=255) gACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTAc > 1:795402/1‑150 (MQ=255) aCAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACg > 1:331274/1‑150 (MQ=255) aaaCTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACggg > 2:83341/1‑150 (MQ=255) aaCTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGc < 2:1293672/150‑1 (MQ=255) tGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCgg > 1:742792/1‑150 (MQ=255) gcCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTAATCGGCCTGACCCGGTACTGCCCGGACTCgttt > 2:792744/1‑147 (MQ=255) cgcATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCTTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAgc < 2:1347246/150‑1 (MQ=255) gcATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAgcg < 1:481630/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAgcggcg > 1:482875/1‑150 (MQ=255) gCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCa > 2:193914/1‑150 (MQ=255) gTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATc > 2:558147/1‑150 (MQ=255) gTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATc < 2:1204329/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTc < 1:193914/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGTGCTGCTGACAGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTc > 1:192054/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCgat < 1:940673/120‑1 (MQ=255) ccTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCgat > 2:940673/1‑120 (MQ=255) ccTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGCGCCACACCGTATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCgg > 2:1045877/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCAc < 1:555585/150‑1 (MQ=255) tgctgcTGACGGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGAATGGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGGCTTCGGCCCCg > 2:1062887/1‑150 (MQ=255) cGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGAcc < 2:1086413/85‑1 (MQ=255) cGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGAcc > 1:1086413/1‑85 (MQ=255) cggcgTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAgcggc > 2:1109384/1‑104 (MQ=255) cggcgTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAgcggc < 1:1109384/104‑1 (MQ=255) tCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGtt < 1:83341/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCa < 2:159103/136‑1 (MQ=255) aTGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCa > 1:159103/1‑136 (MQ=255) aTGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGtttt < 2:795402/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTg < 2:192054/150‑1 (MQ=255) ggcCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTGTCaa < 1:792744/150‑1 (MQ=255) gcCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGATTCTATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACATGCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTGTCAAc < 1:1045877/150‑1 (MQ=255) acCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTGTCAACGGCTGTGGc > 2:264926/1‑150 (MQ=255) aGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTGTCAACGGCTGTGGCTCGGTg < 1:1036163/150‑1 (MQ=255) gCGTGCGGCTGGTGGTGGCCGTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACGCTGTTCGGGCCGCTCTCGATGATCAGCGGGGCCGCAGCCATCGGCTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTGTCAACGGCTGTGGCTCGGTgg < 2:482875/150‑1 (MQ=255) | GAACTGGCCGGGCTGCTTGGCCCGATCATGATCGGCCTGGCCTCGGACAAACTGTTTGGCGCCCGGCGCATGCCAGCCTGCGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGACCGTGACATTGGCGGCGTTCATGGCGGCCATGAACACCGGCAGCGTGCTGCTGGTGGTGGCCTTGCTGTTCGTCATGGGCCTGACCCTGTACGGGCCGGACTCGATGATCAGCGGCGCTGCAGCCATCGACTTCGGCACCGCCAAGGCCGGCGCCACCGCAGCAGGTTTTGTCAACGGCTGTGGCTCGGTGG > NC_002947/2893888‑2894182 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |