Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,900,775 | A→G | 11.6% | intergenic (‑103/‑187) | PP_2553 ← / → quiC | MFS transporter/3‑dehydroshikimate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,900,775 | 0 | A | G | 11.6% | 108.1 / 5.8 | 43 | intergenic (‑103/‑187) | PP_2553/quiC | MFS transporter/3‑dehydroshikimate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/20); new base G (3/2); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.52e-01 |
ATCCACTGGCGGTCGCTTTCTTTGCTTGCGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGCCATAAACTGTGACAGGGGTTGTTTG > NC_002947/2900627‑2900918 | atccaCTGGCGGTCGCTTTCTTTGCTTGCGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGCCCAc > 2:1072235/1‑150 (MQ=255) ccaCTGGCGGTCGCTTTCTTTGCTTGCGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGCTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACgg < 1:1153005/150‑1 (MQ=255) aCTGGCGGTCGCTTTCTTTGCTTGCGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGc < 2:214314/150‑1 (MQ=255) gTCGCTTTCTTTGCTTGCGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGt > 2:1323521/1‑150 (MQ=255) tCGCTTTCTTTGCTTGCGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTc < 2:1355933/150‑1 (MQ=255) tttctttGCTTGCGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCGCGGGCCCGTGGTcaaca > 1:1025487/1‑146 (MQ=255) tttctttGCTTGCGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAACGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCGCGGGCCCGTGGTcaaca < 2:1025487/150‑5 (MQ=255) ctttGCTTGCGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAAt < 1:194995/150‑1 (MQ=255) ttgcttgcGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTc > 1:1279062/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTaaaa < 1:834617/150‑1 (MQ=255) ccATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGa > 2:586021/1‑150 (MQ=255) ccATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGa > 2:425642/1‑150 (MQ=255) aTCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATa > 2:372009/1‑150 (MQ=255) tcCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGc > 1:856407/1‑150 (MQ=255) ccGTTGTTATTGTTGTTTGCGAAGGTTCCGCCATAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCTTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCa < 2:418669/150‑1 (MQ=255) ttgttATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCaaaa < 1:1323521/150‑1 (MQ=255) gttTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTcc < 2:1009259/150‑1 (MQ=255) gttTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTcc > 2:1265686/1‑150 (MQ=255) tttGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAAc < 1:127652/143‑1 (MQ=255) tttGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAAc > 2:127652/1‑143 (MQ=255) agGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGcga < 2:856407/150‑1 (MQ=255) aaGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTAcc > 2:1101746/1‑150 (MQ=255) gaggCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTTCAAAGAGATTTAAGCGTCGACTTTACATGCGaat > 2:588998/1‑150 (MQ=255) gCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTaa > 1:769487/1‑103 (MQ=255) gCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTaa < 2:769487/103‑1 (MQ=255) aaCGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAatcg > 1:889199/1‑150 (MQ=255) tcggtGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGCCCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGt < 1:1072235/150‑1 (MQ=255) ccTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGCCATaaa > 1:39638/1‑150 (MQ=255) ccTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGCCATaaa > 2:501901/1‑150 (MQ=255) gTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAAc < 2:1155265/84‑1 (MQ=255) gTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGAAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAAc > 1:1155265/1‑84 (MQ=255) gTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGCCATAAACTGTGACAgggg < 1:501901/150‑1 (MQ=255) gTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGCCATAAACTGTGACAgggg < 1:372009/150‑1 (MQ=255) ccATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGCCATAAACTGTGACAGGGgtt < 2:889199/150‑1 (MQ=255) ccATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACACAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACtt < 2:126551/107‑1 (MQ=255) ccATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACACAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACtt > 1:126551/1‑107 (MQ=255) tGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGcc > 2:176283/1‑128 (MQ=255) tGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGcc < 1:176283/128‑1 (MQ=255) tGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGCCATAAACTGTGACAGGGgttgtt < 1:1265686/150‑1 (MQ=255) gTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTTCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCCACGACTTTACCTTCGAATAATCGATCGTGCCATAAACTGTGACAGGGGTTGttt < 1:1205748/150‑1 (MQ=255) tagACCGCGGGCCCGTGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGCCATAAACTGTGACAGGGGTTGTTTg > 1:445026/3‑150 (MQ=255) gACCGCGGGCCCGTGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTaa < 2:255035/67‑1 (MQ=255) gACCGCGGGCCCGTGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTaa > 1:255035/1‑67 (MQ=255) | ATCCACTGGCGGTCGCTTTCTTTGCTTGCGAGCTGGAGTGAGCCATCGTTGTCTCCGTTGTTATTGTTGTTTGCGCAGGTTCCGCCAGAGGTTATGCCAAGGCAGGAGGCAACGGTCGGTGTGCCTGCGTCTGTGGTCCATGTTGACCACGGGCCCGCGGTCTAGCAATTCGCTAAAACGGGTTTTGTGCGATAATCGAACGCAAAACTAACCATTCCGTACAAAGAGATTGAAGCGACGACTTTACCTGCGAATAATCGATCGTGCCATAAACTGTGACAGGGGTTGTTTG > NC_002947/2900627‑2900918 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |