Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,024,250 | G→C | 9.3% | intergenic (+22/+132) | dapA‑II → / ← PP_2640 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/GNAT family acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,024,250 | 0 | G | C | 9.3% | 163.1 / 6.7 | 55 | intergenic (+22/+132) | dapA‑II/PP_2640 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/GNAT family acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/25); new base C (2/3); total (27/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
GCCGTGGTCAAGGCGGCATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGC > NC_002947/3024103‑3024387 | gCCGTGGTCAAGGCGGCATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGtt < 2:1045784/150‑1 (MQ=255) cGTGGTCAAGGCGGCATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGa < 1:342477/150‑1 (MQ=255) tGGTCAAGGCGGCATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGtt > 1:829291/1‑146 (MQ=255) tGGTCAAGGCGGCATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGtt < 2:829291/146‑1 (MQ=255) ggTCAAGGCGGCATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACaa < 2:29707/150‑1 (MQ=255) ggTCAAGGCGGCATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACaa < 2:1241623/150‑1 (MQ=255) ggTCAAGGCGGCATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACaa < 1:661594/150‑1 (MQ=255) cAAGGCGGCATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAgcc < 2:499195/150‑1 (MQ=255) gcggcATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGCTTGTCAACCCGCca < 1:1119992/150‑1 (MQ=255) gcATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCacac < 2:523398/150‑1 (MQ=255) gCTGCAATGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCttggtt > 2:993854/1‑150 (MQ=255) gCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCttggtt < 2:1004938/150‑1 (MQ=255) ttGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTcggc < 1:676120/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTcgc < 2:751748/150‑1 (MQ=255) gCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGc < 1:572667/150‑1 (MQ=255) tGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGCTTgtc > 2:813361/1‑82 (MQ=255) tGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGCTTgtc < 1:813361/84‑3 (MQ=255) aTACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCTGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTga < 2:864369/150‑1 (MQ=255) tACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCt > 2:1397575/1‑147 (MQ=255) tACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCt < 1:1397575/147‑1 (MQ=255) accaccCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTgaga < 2:808494/150‑1 (MQ=255) accaccCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTgaga < 1:235915/150‑1 (MQ=255) caccCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGGAACGCTTGATGGCGGATTGAGAAGCCGCCAAACCCTTGGTTGGTTCGCGGTCGGCGTATGCCTAGCGAGCGGATTTCTGTCAGGATCGCCCTGAGACa > 2:479249/1‑150 (MQ=255) accCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTcggcg < 2:494707/107‑1 (MQ=255) accCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTcggcg > 1:494707/1‑107 (MQ=255) ccGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACagag < 1:993854/150‑1 (MQ=255) ccGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACagag > 2:318209/1‑150 (MQ=255) aaaCTTCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGcc > 2:240605/1‑150 (MQ=255) aaaCTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCt > 1:216307/1‑120 (MQ=255) aaaCTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCt < 2:216307/120‑1 (MQ=255) aaCTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCa > 1:1254721/1‑150 (MQ=255) gCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGc > 2:779602/1‑150 (MQ=255) aGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCt > 2:1177790/1‑150 (MQ=255) gtgtTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGcc > 1:468233/1‑150 (MQ=255) tgtTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAAAGCGCTGAGACAGAGTATTTCCAGAGCCGCTTTTCGGccc > 2:307713/1‑150 (MQ=255) aCTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCGGCCACACGCTTGGTTGGTTCGGAGGCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGGGACAGAGTATTGCCGGGGCCGCTATGCGGCCCTGTcg > 1:1201046/1‑150 (MQ=255) aCTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTcg > 1:57897/1‑150 (MQ=255) aCTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTcg > 2:379556/1‑150 (MQ=255) aCTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTcg > 1:1203338/1‑150 (MQ=255) tCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTcgcg > 2:1020229/1‑150 (MQ=255) gcCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGAcccc > 1:65253/1‑150 (MQ=255) gcCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGAcccc > 1:437598/1‑150 (MQ=255) gcCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGAcccc > 1:1111038/1‑150 (MQ=255) tGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAgg > 2:935871/1‑150 (MQ=255) tGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGAAAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCaag > 2:527993/1‑148 (MQ=255) aaGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGtt < 1:1030980/150‑1 (MQ=255) gCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGc < 1:779602/150‑1 (MQ=255) ggCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTc < 2:437598/150‑1 (MQ=255) ggCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTc < 1:240605/150‑1 (MQ=255) aaCGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAggg < 2:622585/112‑1 (MQ=255) aaCGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAggg > 1:622585/1‑112 (MQ=255) aaCGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTcc < 2:1099994/148‑1 (MQ=255) aaCGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTcc > 1:1099994/1‑148 (MQ=255) gCGGCTTGTCAACCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACgc > 2:424777/1‑142 (MQ=255) gCGGCTTGTCAACCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACgc < 1:424777/142‑1 (MQ=255) | GCCGTGGTCAAGGCGGCATTGCAGCTGCAAAGCCTGATTGCAGACGAGCTGCGCGAGCCCATGCAGACGTGCACGAATACCACCCGAGACAAACTGCAAAGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGC > NC_002947/3024103‑3024387 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |