Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,175,679 | G→A | 9.5% | V313M (GTG→ATG) | PP_2787 → | transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,175,679 | 0 | G | A | 9.5% | 108.3 / 3.7 | 42 | V313M (GTG→ATG) | PP_2787 | transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/21); new base A (2/2); total (19/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 |
TCACCGATGAGGTGTTCATCGCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCTTGCCGGTGTTCCTGTTCACCATCTGTTGTGCCGACGCGATCCACGTCATGGCC > NC_002947/3175533‑3175828 | tCACCGATTATGTCTTCATCGCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCgtgg < 1:1002709/150‑1 (MQ=255) cACCGATGAGGTGTTCATCGCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGcgtcgt < 1:1422492/150‑1 (MQ=255) gAGGTGTTCATCGCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTAGCGTGGTGCTGCCg < 2:1426957/150‑1 (MQ=255) ggTGTTCATCGCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGCTCTAGCGATGCTGTTCCCGATCGTTTTCCTGTTGGTTACCTCTCTGCTGGTTGTCTTCTTTCGCAAACCAATTGCCGCGGCGCTGCCGCt < 2:380096/150‑1 (MQ=255) tgtTCATCGCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGt > 1:1128748/1‑150 (MQ=255) ttCATCGCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTc < 1:1008279/150‑1 (MQ=255) cATCGCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCaa < 2:1128748/150‑1 (MQ=255) gCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCgtgg < 2:557534/130‑1 (MQ=255) gCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCgtgg > 1:557534/1‑130 (MQ=255) gCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCg < 2:438849/138‑1 (MQ=255) gCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCg > 1:438849/1‑138 (MQ=255) gCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGt > 2:112248/1‑150 (MQ=255) atcGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCgctg > 1:72604/1‑150 (MQ=255) tcGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCAGGGTCGACGAGATAGCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCgctgc > 2:1106665/1‑150 (MQ=255) aTGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCAGTAGGTCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGAc < 1:749546/150‑1 (MQ=255) tGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCAGCAATTGTTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGc < 1:1106665/150‑1 (MQ=255) ttCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCATGGtgctgc > 2:1054710/1‑73 (MQ=255) ttCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCATGGtgctgc > 2:1054015/1‑73 (MQ=255) ttCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCATGGtgctgc < 1:1054015/73‑1 (MQ=255) ttCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCATGGtgctgc < 1:1054710/73‑1 (MQ=255) ccGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCAcc > 2:150342/1‑150 (MQ=255) cGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCa < 2:72604/150‑1 (MQ=255) tgtTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTTGACTCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCt > 1:511886/1‑150 (MQ=255) gtTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCtt < 1:112248/150‑1 (MQ=255) ttCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCgg > 1:107814/1‑120 (MQ=255) ttCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCgg < 2:107814/120‑1 (MQ=255) tggtggCCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGGCTTGCCGgtgt < 2:876256/150‑1 (MQ=255) gACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCTTGCCGGTGTTCCt < 1:186516/150‑1 (MQ=255) gACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTCCGGGTGCCGATGGACGTGCTCCCCCGTGTCTTGCCGGTGTTCCt > 2:891567/1‑150 (MQ=255) ctctctGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTgg < 2:1337773/87‑1 (MQ=255) ctctctGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTgg > 1:1337773/1‑87 (MQ=255) ctctctGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTgg > 2:436098/1‑87 (MQ=255) ctctctGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTgg < 1:436098/87‑1 (MQ=255) ctctctGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTg > 1:266455/1‑121 (MQ=255) ctctctGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTg < 2:266455/121‑1 (MQ=255) tctctGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGt < 2:827219/52‑1 (MQ=255) tctctGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGt > 1:827219/1‑52 (MQ=255) tgctgGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCTTGCCGGTGTTCCTGTTCACCa > 2:890981/1‑150 (MQ=255) tgGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCAc < 1:706508/118‑1 (MQ=255) tgGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCAc > 2:706508/1‑118 (MQ=255) ttcttcTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCTTGCCGGTGTTCCTGTTCACCATCtgttgt < 2:484106/150‑1 (MQ=255) cttcttTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCTTGCCGGTGTTCCTGTTCACCATCTGTTGTGc < 1:890981/150‑1 (MQ=255) ttcttTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCTTGCCGGTGTTCCTGTTCACCATCTGTTGTGcc > 2:637272/1‑150 (MQ=255) cttTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCTTGCCGGTGTTCCTGTTCACCATCTGTTGTGCCGa < 1:637272/150‑1 (MQ=255) ccACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGAt < 1:1071854/65‑1 (MQ=255) ccACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGAt > 2:1071854/1‑65 (MQ=255) gtggtgCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCTTGCCGGTGTTCCTGTTCACCATCTGTTGTGCCGACGCGATCCACGTCATGGcc < 2:511886/150‑1 (MQ=255) | TCACCGATGAGGTGTTCATCGCCGGCATGCCGATCTTCATTGCGGCCCAGCAGGAAATCATCGATCACGACCTGGCGATGCTGTTCCCGATCGTGTTCCTGTTGGTGACCTCTCTGCTGGTTTTCTTCTTTCGCAAACCACTTGGCGTGGTGCTGCCGCTGTTCAATATCCTGTTCTGCACCATCTGGACCCTTGGCCTGATGGCGCTGCTGCGGGTGCCGATGGACTTGCTCACCAGTGTCTTGCCGGTGTTCCTGTTCACCATCTGTTGTGCCGACGCGATCCACGTCATGGCC > NC_002947/3175533‑3175828 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |