| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 294,515 | A→C | 5.6% | I238L (ATT→CTT) | ssuC → | aliphatic sulfonatesABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 294,515 | 0 | A | C | 5.6% | 264.8 / 5.2 | 89 | I238L (ATT→CTT) | ssuC | aliphatic sulfonatesABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/36); new base C (2/3); total (50/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
GCCCTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCAAGGGCCTGC > NC_002947/294368‑294664 | gCCCTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGAtt < 2:1182174/150‑1 (MQ=255)gCCCTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCGTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGAtt > 1:1086419/1‑150 (MQ=255) cccTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTg > 2:1232623/1‑150 (MQ=255) ccTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGAAGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGc < 1:685056/150‑1 (MQ=255) cTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGcc > 2:158102/1‑150 (MQ=255) tGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAAAGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAATCTTGCCGa < 2:1045460/150‑1 (MQ=255) ttCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCAGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAATCTTGCCGagcac < 2:41464/150‑5 (MQ=255) aTGTGGCTGAACCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCg > 2:703437/1‑150 (MQ=255) tgGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGcc < 1:102849/138‑1 (MQ=255) tgGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGcc > 2:102849/1‑138 (MQ=255) cccTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGcc < 2:742861/150‑1 (MQ=255) cTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCtt < 1:765019/135‑1 (MQ=255) cTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCtt > 2:765019/1‑135 (MQ=255) cTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTg > 2:814515/1‑150 (MQ=255) tGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTAGCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTgg > 2:1031297/1‑150 (MQ=255) gATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGa < 1:703437/150‑1 (MQ=255) cGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGtgtg < 1:1271444/150‑1 (MQ=255) cGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGtgtg < 1:619557/150‑1 (MQ=255) cGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGtgtg < 2:1382454/150‑1 (MQ=255) 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aTCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCaa < 1:836473/150‑1 (MQ=255) tCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGCCCGACGTGGTAGTGCTGGCGATCGTCCTGTATGCCGTGCCCGGCAAGATTGCCGACCCTGCGGCCCGAGGCCTGCAGCGCGTGTGGTTGCCCTCGCACCCCGCCtcgaaaa > 2:386312/1‑144 (MQ=255) tCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAg < 1:111602/150‑1 (MQ=255) aCCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCa < 2:1211234/150‑1 (MQ=255) ccTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCag > 1:954227/1‑150 (MQ=255) 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tgaatgCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAaggagg < 2:954227/150‑1 (MQ=255) aatgCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGTGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGgc > 2:317566/1‑150 (MQ=255) cTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCAt > 1:677295/1‑150 (MQ=255) tCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATg > 1:389939/1‑150 (MQ=255) tCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATg > 2:141695/1‑150 (MQ=255) gAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGtgtg > 2:43694/1‑98 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aTGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCt < 1:842113/150‑1 (MQ=255) tGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTg > 1:1393774/1‑150 (MQ=255) tGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTg < 1:1260102/150‑1 (MQ=255) ccGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGCCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCGGCCACGCCTGCTGCGTGGCAGCCTCCTGGc > 2:180176/1‑150 (MQ=255) ccGTCCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCCATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGc < 1:671383/150‑1 (MQ=255) cGTTCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGcc > 2:1143968/1‑150 (MQ=255) aggtCGGCAATCTTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTc > 2:1418170/4‑150 (MQ=255) gtCGGCAATCTTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCa > 1:1308950/2‑150 (MQ=255) tCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCAGGcccttgg > 1:486276/1‑145 (MQ=255) gCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCAAggg > 2:1402159/1‑150 (MQ=255) gATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCAAGGGCCTg > 2:1293449/1‑150 (MQ=255) aTTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCAAGGGCCTgc < 1:814515/150‑1 (MQ=255) | GCCCTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCAAGGGCCTGC > NC_002947/294368‑294664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |