Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,236,193 | T→A | 12.3% | G415G (GGT→GGA) ‡ | PP_2834 → | D‑galactarate dehydratase/altronate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,236,193 | 0 | T | A | 12.3% | 98.9 / 6.2 | 42 | G415G (GGT→GGA) ‡ | PP_2834 | D‑galactarate dehydratase/altronate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/14); new base A (2/3); total (23/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.02e-01 |
TGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGCGGCA > NC_002947/3236045‑3236341 | tGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTc < 1:377368/150‑1 (MQ=255) aTCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCTGACCGGTGGcc < 2:879538/150‑1 (MQ=255) tCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCACGCCGTCCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGCCTACCACCCGGTCTCGGCCACCGGGCAGGTGGCcggcg > 2:618255/1‑150 (MQ=255) tCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCTGACCGGTGGCcgaga > 1:1070635/1‑147 (MQ=255) tCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCTGACCGGTGGCcgaga < 2:1070635/150‑4 (MQ=255) cGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcggcgg < 1:327792/150‑1 (MQ=255) gaAAGCCCTGGGCGCAGTGACCAAGGCAGGTTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCCCGGCCACCTGGCCTGTGGCcgagaccgg < 2:685306/150‑8 (MQ=255) cAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATAAGTAAGCGCACGCGCTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTGCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTcaccac > 1:1315883/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCAGGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCaccacc > 1:885601/1‑150 (MQ=255) aggcaggcTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCg < 1:149239/150‑1 (MQ=255) gCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCTGACCGGTGGcc < 2:788424/107‑1 (MQ=255) gCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCTGACCGGTGGcc > 1:788424/1‑107 (MQ=255) ccTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGc > 1:1159655/1‑102 (MQ=255) ccTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGc < 2:1159655/102‑1 (MQ=255) tatctttATCATTACTCTCACGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTCTTCATCGCCACCCCCGTCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGGCAGGTGGCCGGTCGGGCCATCCGGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCtgt < 2:595832/144‑1 (MQ=255) tCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGcc < 2:1249199/122‑1 (MQ=255) tCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGcc > 1:1249199/1‑122 (MQ=255) gcAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTg > 2:780206/1‑76 (MQ=255) gcAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTg < 1:780206/76‑1 (MQ=255) aaGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTgg > 2:1183735/1‑75 (MQ=255) aaGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTgg < 1:1183735/75‑1 (MQ=255) aaGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGACGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCa > 1:229421/1‑150 (MQ=255) aGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGGCAACCCCGGCTACGACTCGTTCTCGGCCACCGGTCAGTTGGCCGGCGGGAGCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCaa > 1:1033245/1‑150 (MQ=255) cAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGcaaccaac > 1:1419884/1‑150 (MQ=255) cTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCgg < 1:167317/150‑1 (MQ=255) cTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGACAACCAACAACCgg < 2:6312/150‑1 (MQ=255) tGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCggg > 1:354035/1‑150 (MQ=255) ggTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGgt < 2:1033245/150‑1 (MQ=255) aTGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAg > 1:1189211/1‑150 (MQ=255) tGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGc > 1:340035/1‑150 (MQ=255) cccGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAAACAGCAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCaa > 2:1039682/1‑150 (MQ=255) gACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCggg > 1:785380/1‑124 (MQ=255) gACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCggg < 2:785380/124‑1 (MQ=255) gACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATg < 2:885601/150‑1 (MQ=255) gACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATg > 2:697972/1‑150 (MQ=255) cccGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGa > 1:545885/1‑150 (MQ=255) cGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACg > 2:996609/1‑150 (MQ=255) gTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTc < 2:1189211/150‑1 (MQ=255) tctcGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCa > 1:1250443/1‑150 (MQ=255) ggCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTg > 2:1078929/1‑150 (MQ=255) cACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcgg < 2:1250443/150‑1 (MQ=255) gTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGCGGCa > 1:1115700/1‑150 (MQ=255) | TGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGCGGCA > NC_002947/3236045‑3236341 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |