Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,238,192 | C→A | 11.8% | S196S (TCC→TCA) ‡ | PP_2836 → | 2‑keto‑3‑deoxyxylonate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,238,192 | 0 | C | A | 11.8% | 138.5 / 9.0 | 51 | S196S (TCC→TCA) ‡ | PP_2836 | 2‑keto‑3‑deoxyxylonate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/23); new base A (3/3); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.71e-01 |
CGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGAC > NC_002947/3238045‑3238330 | cGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCcgc < 1:820942/150‑1 (MQ=255) cGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCcgc < 1:820992/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCcgcg < 1:481053/150‑1 (MQ=255) ccGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑g < 1:839095/150‑1 (MQ=255) cGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCGGACAGCGGTT‑gg < 1:701791/150‑1 (MQ=255) aCCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCGGACAGCGGTT‑gggc < 1:437380/150‑3 (MQ=255) tGTCGCAGATCGTGCGCGTCTCGGCTCAGGGCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGGGCGGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGACGTGTGTACCGGCCCTGGTGCCGAAGTGTTCACCAATGCCCAACCACTGTGCCGGGTT‑GGCAACg > 2:314251/1‑150 (MQ=255) tCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGGGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGTCCGGATGACGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGgc < 1:1172691/150‑1 (MQ=255) tCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGgc > 1:923697/1‑150 (MQ=255) tCGCAGATCGTGCCCGGCGCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGgc > 1:359929/1‑150 (MQ=255) gCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGgcgc < 2:763290/150‑1 (MQ=255) gTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATc < 2:359929/150‑1 (MQ=255) ccGGCTCGTCTCAGGCCGAAGAGATGCGAACGGTGCTGGTAGAGCAGTGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCa < 2:234027/150‑1 (MQ=255) tcggctcAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCAc < 1:1189508/150‑1 (MQ=255) tcggctcAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGAAATCGGCTACCAc > 2:1169897/1‑150 (MQ=255) gctcAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCAcccc > 2:744290/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCGCGTCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAg < 1:616214/150‑1 (MQ=255) aGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGt > 2:437461/1‑150 (MQ=255) aGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGt > 2:1280955/1‑150 (MQ=255) gCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTcc > 1:993446/1‑150 (MQ=255) gAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCAAGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGc < 1:744290/150‑1 (MQ=255) gcTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGaa > 1:1091257/1‑150 (MQ=255) cTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGaac < 2:695853/150‑1 (MQ=255) gcAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCCCCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAAcc < 2:923697/150‑1 (MQ=255) gcAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCCGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAAcc < 2:903395/150‑1 (MQ=255) tGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGc > 1:636070/1‑150 (MQ=255) gCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTgg > 2:1399750/1‑150 (MQ=255) cGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCACTCCCCAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGa < 1:1169897/150‑1 (MQ=255) gCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAg < 1:437461/150‑1 (MQ=255) tGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGAACTGgca < 2:1091257/150‑1 (MQ=255) gTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATc < 2:692274/150‑1 (MQ=255) gCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGgca > 1:937649/1‑135 (MQ=255) gCCCCGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGgca < 2:937649/135‑1 (MQ=255) gATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTc < 1:1200877/150‑1 (MQ=255) aTGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCg < 1:833085/150‑1 (MQ=255) ccGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCgtgt > 2:96289/1‑114 (MQ=255) ccGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCgtgt < 1:96289/114‑1 (MQ=255) gtTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGt < 2:562865/150‑1 (MQ=255) aCCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCGGTGTCGGGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAAc > 2:27699/1‑150 (MQ=255) aCCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAAc < 1:1399750/150‑1 (MQ=255) ccAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAAcc > 1:854175/1‑150 (MQ=255) ccAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAAcc > 1:1121568/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCGAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCAGCAAGGGCGCCATGCTCGGGAACGACGTCAACCt > 1:367259/1‑150 (MQ=255) tggccAACCGCGGACAGCGGTTGGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGaa > 2:1393142/4‑67 (MQ=18) tggccAACCGCGGACAGCGGTTGGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGaa < 1:1393142/64‑1 (MQ=18) gccAACCGCGGACAGCGGTTGGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTtcgc > 2:807530/2‑150 (MQ=255) cccAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGcgcg > 1:131674/1‑150 (MQ=255) ccAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGa > 1:400541/1‑150 (MQ=255) ccAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGa > 2:784183/1‑150 (MQ=255) cAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACGTCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGgca < 2:122447/106‑1 (MQ=255) cAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACGTCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGgca > 1:122447/1‑106 (MQ=255) cAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCaga > 2:806794/1‑71 (MQ=255) cAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCaga < 1:806794/71‑1 (MQ=255) cAACCGCGGACAGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGAc > 1:141184/1‑150 (MQ=255) | CGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTT‑GGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGAC > NC_002947/3238045‑3238330 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |