| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,253,880 | A→G | 9.6% | V634A (GTG→GCG) ‡ | PP_2852 ← | sulfatase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,253,880 | 0 | A | G | 9.6% | 167.5 / 6.6 | 62 | V634A (GTG→GCG) ‡ | PP_2852 | sulfatase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/26); new base G (3/3); total (33/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.44e-01 | |||||||||||
TGAACTCCATCTCCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGTTTGCAGCA > NC_002947/3253740‑3254021 | tGAACTCCATCTCCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCGTGCGGgtca < 1:1373754/150‑3 (MQ=255)tGAACTCCATCTCCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGgtgt > 2:139799/1‑150 (MQ=255)tGAACTCCATCTCCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGgtgt > 2:1348465/1‑150 (MQ=255) aaCTCCATCTCCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCGTGCGGgtcaag < 2:1153868/150‑5 (MQ=255) aaCTCCATCTCCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGc > 1:327620/1‑150 (MQ=255) cTCCATCTCCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGa < 2:887448/150‑1 (MQ=255) cTCCATCTCCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGa < 1:605817/150‑1 (MQ=255) cATCTCCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGATT‑GCCTTGTAGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGcc > 2:1183184/1‑150 (MQ=255) tctcCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTc < 2:948798/150‑1 (MQ=255) ctcCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGTCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTcc < 2:522089/150‑1 (MQ=255) cgTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCa < 1:573632/150‑1 (MQ=255) tCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGa < 2:1049749/150‑1 (MQ=255) ctctTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCGTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAg < 2:451662/150‑1 (MQ=255) tcttctGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCGTGCGGgtcaag > 2:75995/1‑107 (MQ=255) tcttctGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCGTGCGGgtcaag < 1:75995/111‑5 (MQ=255) ttctGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTcc < 2:311771/117‑1 (MQ=255) ttctGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTcc > 1:311771/1‑117 (MQ=255) gCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCa > 2:934522/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCa > 2:484810/1‑150 (MQ=255) ccAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGt > 1:1094685/1‑150 (MQ=255) ccAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGt > 2:401213/1‑150 (MQ=255) ggCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCg > 1:939956/1‑150 (MQ=255) gCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGt < 1:484810/150‑1 (MQ=255) aCGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCa > 1:40922/1‑150 (MQ=255) ccAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTgc < 2:327620/150‑1 (MQ=255) aaCTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTgcgc > 2:54254/1‑150 (MQ=255) aaCTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTgcgc > 1:408562/1‑150 (MQ=255) aCTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAAt < 1:320925/139‑1 (MQ=255) aCTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAAt > 2:320925/1‑139 (MQ=255) tGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAAc > 1:969/1‑150 (MQ=255) tGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAAc > 2:852404/1‑150 (MQ=255) 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tAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGccgccg < 1:54254/150‑1 (MQ=255) gCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAAc < 1:934522/150‑1 (MQ=255) gCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAAc < 2:408562/150‑1 (MQ=255) gTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGGGCAAGTGTGTCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAgc > 2:824192/1‑150 (MQ=255) ggggTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCACCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAg > 2:910073/1‑150 (MQ=255) gggTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAgg < 1:992095/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACt > 1:445381/1‑113 (MQ=255) gTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACt < 2:445381/113‑1 (MQ=255) cAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAg > 2:917346/1‑150 (MQ=255) cAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAg > 1:1198937/1‑150 (MQ=255) agcgagcgGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGc > 2:1068076/1‑150 (MQ=255) gcgagcgGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCg > 1:49002/1‑150 (MQ=255) gagcgGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCggg < 1:852404/150‑1 (MQ=255) ctggACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGt < 2:363041/148‑1 (MQ=255) gACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGTTTg < 2:1094685/150‑1 (MQ=255) gACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGATCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGTTTg < 1:824192/150‑1 (MQ=255) tcgcacaCCCGCGTGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGTTTgc > 2:322457/7‑150 (MQ=255) aCCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGc < 2:62631/108‑1 (MQ=255) aCCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGc > 1:62631/1‑108 (MQ=255) ccTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGTTTgca < 1:365773/150‑1 (MQ=255) cTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGTTTgcag > 2:761041/1‑150 (MQ=255) cTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGTTTgcag > 1:366542/1‑150 (MQ=255) ttGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGTTTg > 1:1037979/1‑146 (MQ=255) ttGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGTTTg < 2:1037979/146‑1 (MQ=255) acaCCCGCGTGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTGCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCAGCCCAGGCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGGAGCGCAGGTTGTGCGGGGTTTccagca > 1:335569/3‑150 (MQ=255) | TGAACTCCATCTCCAGTGGCGCGTCGGTGGTGACCTTTACCTCTTCTGGCAGGCCCAGCGGCACGTCCTGTTCCAACTGCTTGGCCTTG‑AGCCGGATGTAGGCCGCACGTTTGGGGTCCAGCGAGCGGACCTTGACCCGCACGCGGGTGTGCGAGCCTCCGGGCATTTCCAGATACTGGGCGCCAATGAGGTTGTCGGCCCAGTCATCGTCAATGCGCTTGCGCAACTTGATCGGCGAAGGGCCGCCGAACTGGTAGCGCAGGTTGAGCGGGGTTTGCAGCA > NC_002947/3253740‑3254021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |