| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 295,979 | A→C | 6.2% | L150R (CTG→CGG) | PP_0242 ← | TetR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 295,979 | 0 | A | C | 6.2% | 187.6 / 4.4 | 65 | L150R (CTG→CGG) | PP_0242 | TetR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/30); new base C (2/2); total (33/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
CCCAGATACGCTTCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCGTGATAGATATCAAGCATGCGT > NC_002947/295835‑296128 | cccAGATACGCTTCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGa > 2:432382/1‑150 (MQ=255) ccAGATACGCTTCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCTGCCGGTGat < 1:405382/150‑2 (MQ=255) ccAGATACGCTTCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCTGCCGGTGat < 1:405336/150‑2 (MQ=255) ccAGATACGCTTCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCTGCCGGTGat > 2:405336/1‑149 (MQ=255) ccAGATACGCTTCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCTGCCGGTGat > 2:405382/1‑149 (MQ=255) aTACGCTTCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATg < 1:1199279/150‑1 (MQ=255) cGCTTCGAACCCCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTg < 2:655058/150‑1 (MQ=255) cGCTTCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTg < 1:1426337/150‑1 (MQ=255) gCTTCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTgg > 1:1061710/1‑150 (MQ=255) ttCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTc > 2:1012289/1‑150 (MQ=255) ttCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTc > 2:574056/1‑150 (MQ=255) aaCACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGaac < 1:1208681/150‑1 (MQ=255) ccGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACtt < 1:432382/150‑1 (MQ=255) ccGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGACAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACtt > 1:712540/1‑150 (MQ=255) gCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTtgt < 1:99243/150‑1 (MQ=255) gCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGAAAGAGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGGAAGCTCAAACACATGGACATGCGGTTGCAGCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTtgt > 2:871426/1‑150 (MQ=255) ccggtCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCaa > 1:49805/5‑150 (MQ=255) tCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCTTGCATACACCCGGTCGCTCCACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTTGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCg > 1:326488/1‑150 (MQ=255) 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gCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTc > 1:1399424/1‑118 (MQ=255) gCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTc < 2:1399424/118‑1 (MQ=255) cgaccgTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACCTCTAGATCTCGGGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTAc > 2:1058951/1‑150 (MQ=255) cgaccgTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTAc > 2:1067998/1‑150 (MQ=255) accgTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGTACAACTTGAGCACCAAATCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCt > 1:448550/1‑150 (MQ=255) gTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCt > 1:849067/1‑147 (MQ=255) gTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCt < 2:849067/147‑1 (MQ=255) ccGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCAtg > 2:232220/1‑150 (MQ=255) gTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCa < 2:1054961/56‑1 (MQ=255) gTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCa > 1:1054961/1‑56 (MQ=255) cTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGcc > 2:1325710/1‑150 (MQ=255) aaCTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAgg > 2:97659/1‑150 (MQ=255) aCTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGc > 2:1215021/1‑115 (MQ=255) aCTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGc < 1:1215021/115‑1 (MQ=255) tCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGt > 1:190408/1‑49 (MQ=255) tCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGt < 2:190408/49‑1 (MQ=255) tCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATc < 1:871426/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTgcc > 2:742283/1‑150 (MQ=255) aaaCACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTgccgcgccgc > 2:63799/1‑150 (MQ=255) aaaCACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTgccgcgccgc > 1:777906/1‑150 (MQ=255) aaaCACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTgccgcgccgc > 1:558231/1‑150 (MQ=255) aaaCACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCAAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTgccgcgccgc > 2:292342/1‑150 (MQ=255) aaCACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCAATGTCGTGCCGCCCGTCGGCCTGCACCCACCCGCTCAGGCCATGCGGCGCGAGCATCAACTGCCTcgccgcc < 2:1096158/150‑1 (MQ=255) acacATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGcgccgccg > 2:301700/1‑150 (MQ=255) atccacatccGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATc < 1:97659/150‑1 (MQ=255) atccacatccGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATc > 2:164603/1‑150 (MQ=255) ccacatccGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCt > 1:1285937/1‑150 (MQ=255) cacatccGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTc < 1:1325710/150‑1 (MQ=255) acatccGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCg < 1:1067998/150‑1 (MQ=255) acatccGGTGGCATCACCGACAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCg < 2:712540/150‑1 (MQ=255) tccGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCGTga < 1:164603/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCGTgata < 1:849634/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCGTgata > 1:911809/1‑150 (MQ=255) ggCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCGTgatagata < 2:1070438/150‑1 (MQ=255) gCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCGTGATAGatat > 1:873599/1‑150 (MQ=255) tCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCTGGCCATGCTCACCTTTGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCGTGATAGATATCaa < 2:49805/150‑1 (MQ=255) cACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCGTGATAGCTTTCAAg < 1:1058951/150‑1 (MQ=255) cACCGGCAGGTGAAAATGCCGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGGCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCTCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCGTCCTCGTGATAGATATCAAg < 1:183826/150‑1 (MQ=255) aGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCTGCCGCATCCTCGTGATAGATATCAAGCATGCgt < 2:533232/150‑1 (MQ=255) | CCCAGATACGCTTCGAACACCCGCTTGCCTTCCTCGGCCATGCGCGGGGTGATCGCCTCGTGCAGCTGCACCGACCGTGCATACACCCGGTCGCTCAACTCCATGGCCAGGGCAAACACATCCACATCCGGTGGCATCACCGGCAGGTGAAAATGCTGGTCGAACAACTTGTGCATCAAGTCGCCCAGTTCCATGTCGTGCTGCCGGTCGGCCTGCACTACCTCGCTCAGGCCATGCTGCGCCAGGATCAACTGCCGCGCCGCCGCATCCTCGTGATAGATATCAAGCATGCGT > NC_002947/295835‑296128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |