| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,276,383 | A→C | 7.4% | intergenic (+42/+5) | PP_2874 → / ← PP_2875 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,276,383 | 0 | A | C | 7.4% | 150.1 / 4.7 | 54 | intergenic (+42/+5) | PP_2874/PP_2875 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/23); new base C (2/2); total (29/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
GCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCCGACGTAACCTTGGCCACGGCGGTAGAC > NC_002947/3276235‑3276531 | gCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGaa < 2:1364395/150‑1 (MQ=255) gaCCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTGAGGGTT‑‑CGCACCCt > 1:618010/1‑150 (MQ=255) cATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTGAGGGTT‑‑CGCACCCttac < 2:618010/150‑4 (MQ=255) cATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCaa > 2:1395297/1‑150 (MQ=255) cATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCaa > 2:1394071/1‑150 (MQ=255) cccGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAg > 2:998438/1‑150 (MQ=255) gtgtGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCa > 2:958958/1‑150 (MQ=255) tgGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑GGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCAcc < 1:971170/149‑1 (MQ=255) tgGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCAcc > 2:971170/1‑149 (MQ=255) ggggTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCtt < 2:843782/150‑1 (MQ=255) tgtCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGAct > 2:388790/1‑150 (MQ=255) gACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGActgcct > 1:312089/1‑150 (MQ=255) gcgcCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGGCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCaa < 1:609597/118‑1 (MQ=255) gcgcCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCaa > 2:609597/1‑118 (MQ=255) accAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTT‑‑CGCACCCttac > 2:943817/3‑99 (MQ=255) accAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTT‑‑CGCACCCttac < 1:943817/100‑4 (MQ=255) aaCAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGActgcctg < 1:290724/131‑1 (MQ=255) aaCAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGActgcctg > 2:290724/1‑131 (MQ=255) aaCAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGc > 2:191986/1‑150 (MQ=255) aCAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGcc > 2:530027/1‑150 (MQ=255) aCAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGcc > 2:882380/1‑150 (MQ=255) gcgcCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTc > 1:614441/1‑150 (MQ=255) gcgcCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTc > 2:641563/1‑150 (MQ=255) ctctGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAg < 1:530027/150‑1 (MQ=255) tctGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAgg < 2:351568/150‑1 (MQ=255) gCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTc > 2:1338316/1‑150 (MQ=255) gAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTgca < 1:1395297/150‑1 (MQ=255) tCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCgg < 1:388790/150‑1 (MQ=255) cAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCaa < 1:191986/150‑1 (MQ=255) gcggcgCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACg < 1:958958/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGGCATGAAAACGCCCGGCCTACGAAGGGC‑GAC‑CTGCTACAGCTGGACGATGCCTCATGTCGGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAAt < 2:312089/150‑1 (MQ=255) ccAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCa > 1:205112/1‑150 (MQ=255) ccAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCa < 1:523489/150‑1 (MQ=255) cAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAg > 2:129468/1‑150 (MQ=255) aTGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTTTcg > 2:694033/1‑150 (MQ=255) gaGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCAcc > 2:941559/2‑66 (MQ=255) 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aTGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGAc > 2:1113680/1‑60 (MQ=255) aTGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGcc < 2:928716/150‑1 (MQ=255) tGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCCGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCAAGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCCg < 1:1359796/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCTTCGGTTTTCTTGCCGa < 2:205112/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCCGa > 2:1414649/1‑150 (MQ=255) gCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCCGACGTAACCtt < 2:656869/150‑1 (MQ=255) tctGGCAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTCCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTTTTGTTGCAGGGTCTGCAGCCCGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGCCGGCTTTCTTGCCGACGTAACCTTgg > 1:377432/1‑150 (MQ=255) gTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCCGACGTAACCTTGGCCAc > 1:556813/1‑150 (MQ=255) gggTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCCGACGTAACCTTGGCCAcggcg < 2:556813/150‑1 (MQ=255) gTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGTCGACGTAACCTTGGCCACGGCGGt > 2:769725/1‑150 (MQ=255) gaaaCCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCCGACGTAACCTTGGCCACGGCGGTAGa > 2:717275/3‑150 (MQ=255) gAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCCGACGTAACCTTGGCCACGGCGGTAGAc > 2:154239/1‑150 (MQ=255) gAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCCGACGTAACCTTGGCCACGGCGGTAGAc < 1:154239/150‑1 (MQ=255) | GCGAGACCATGACCCGTGCGCTGGTGTGGGGTGTCGACCGCGCCCGGGCGATGGCAACAGGCGCCTTGCCTCTGCCGGAAACCCGTCTGCAGCGGCGCCAGGCATGAAAAAGCCCGGCCTATGCAGGCCGGGCTCTGGTAAGGGTG‑‑CGAACCCTCAATTCAGCGGTTCGATCACCTTGACTGCCTGCTGCTCGCGGGCAGCGGGCCATTCTTGTTGCAGGGTCTGCAGCACGCGGCCAACGAATTCAGTGTCGGCGGCGGCTTTCTTGCCGACGTAACCTTGGCCACGGCGGTAGAC > NC_002947/3276235‑3276531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |