Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,322,007 | C→G | 10.0% | P301R (CCG→CGG) | PP_2921 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,322,007 | 0 | C | G | 10.0% | 174.1 / 9.0 | 59 | P301R (CCG→CGG) | PP_2921 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/28); new base G (3/3); total (28/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 |
GTGTTCTTCCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGACCAGTACGCCTTGA > NC_002947/3321862‑3322155 | gtgtTCTTCCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTc > 2:172468/1‑150 (MQ=255) tgtTCTTCCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCg > 2:392851/1‑150 (MQ=255) cttcCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCGGGTCGGcga > 2:762800/1‑148 (MQ=255) cttcCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCGGGTCGGcga < 1:848268/150‑3 (MQ=255) cttcCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCGGGTCGGcga < 1:762800/150‑3 (MQ=255) ttcCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTAc > 1:1101876/1‑150 (MQ=255) tcCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTAcc < 1:721682/150‑1 (MQ=255) gCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCa > 1:361638/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCaaa < 2:1101876/150‑1 (MQ=255) ggTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGTGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCgg < 1:36527/133‑1 (MQ=255) ggTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCgg > 2:36527/1‑133 (MQ=255) ggTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCgg < 2:788956/137‑1 (MQ=255) ggTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCgg > 1:788956/1‑137 (MQ=255) aCATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGc < 1:392851/150‑1 (MQ=255) cATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCa < 2:361638/150‑1 (MQ=255) gTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCaggag > 2:794441/1‑150 (MQ=255) tGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCaggagg > 2:1165966/1‑150 (MQ=255) tGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCaggagg > 1:1318907/1‑150 (MQ=255) tttAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTg < 2:701102/150‑1 (MQ=255) tttAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTg < 1:358967/150‑1 (MQ=255) aaGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCa > 1:54064/1‑150 (MQ=255) ccTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTCACCCACACCATTGCATGCTGTGCTGCCATGa < 2:1380583/150‑1 (MQ=255) cTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGAt > 2:192973/1‑150 (MQ=255) tCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCaa < 1:124439/150‑1 (MQ=255) tCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCCTCGACCTGTGACTTAGCCCAGGAGCGATTCCCCGCGCCGCCTTCCTCGCCTACCCGTTCTGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCaa < 2:871886/150‑1 (MQ=255) cGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCATCGCCGACCCGGTCGGCTAACCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAg < 2:627359/150‑1 (MQ=255) aCCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAAc < 1:1165966/150‑1 (MQ=255) cTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTAGCCGACCGGGTCGGcga < 2:95886/102‑3 (MQ=255) cTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACCCCTTCCTAGCCGACCGGGTCGGcga > 1:95886/1‑100 (MQ=255) aGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTc < 1:794441/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCAc < 1:1290427/150‑1 (MQ=255) ggCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCt < 1:172468/150‑1 (MQ=255) gctgctTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCgggg > 1:1098364/1‑121 (MQ=255) gctgctTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCgggg < 2:1098364/121‑1 (MQ=255) ctTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCa < 2:167608/81‑1 (MQ=255) ctTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCa > 1:167608/1‑81 (MQ=255) 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gCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAg < 2:1405231/134‑1 (MQ=255) gCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAg > 1:1405231/1‑134 (MQ=255) tGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATcc > 2:98287/1‑149 (MQ=255) tGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATcc < 1:98287/149‑1 (MQ=255) tCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCg < 2:54064/150‑1 (MQ=255) cccTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCgg < 2:29571/150‑1 (MQ=255) cTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGgcg > 2:835541/1‑150 (MQ=255) gCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAg > 2:1055235/1‑62 (MQ=255) gCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAg < 1:1055235/62‑1 (MQ=255) gCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCggg < 1:834146/76‑1 (MQ=255) gCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCggg > 2:834146/1‑76 (MQ=255) gCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCg > 1:128146/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTgg < 1:1373455/123‑1 (MQ=255) ttCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGAcc > 2:767253/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGAcc > 1:1205266/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTAATACCACCTgg > 2:1373455/1‑123 (MQ=255) gCCGACCGGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGACCAGTACg > 2:1393269/1‑150 (MQ=255) ccGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGACCAGTACGCCTTGa > 2:485292/1‑150 (MQ=255) | GTGTTCTTCCGCCCAGGTGACATCGTGCAGTTTAAGCCTATCGACCGCCGCACCTACGACCAGGCGGTGGCGGAAGTGGAGGATGGCTGCTTCGACCTGCGCATTCGCCCGGTGGCGTTTTCCCTGGACGCCTTCCTCGCCGACCCGGTCGGCTACCCCAAATCGTTGCAGGAGGTGCTGGCATGATCAAGGTACTCAAACCGGGGCTGTCCACTTCTGTACAGGACCTGGGCCGCGAAGGTTACTACCACCTGGGTATCCCACCGTCCGGCGCACTCGACCAGTACGCCTTGA > NC_002947/3321862‑3322155 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |