Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,333,397 | G→A | 10.6% | P151L (CCG→CTG) | PP_2931 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,333,397 | 0 | G | A | 10.6% | 121.0 / 4.4 | 47 | P151L (CCG→CTG) | PP_2931 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/25); new base A (2/3); total (19/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
GCCGCGCTCCTGCATGACGCGCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGG > NC_002947/3333249‑3333539 | gCCGCGCTCCTGCATGACGCGCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCgg > 1:657677/1‑150 (MQ=255) gCCGCGCTCCTGCATGACGCGCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCgg > 2:704066/1‑150 (MQ=255) gcgcTCCTGCATGACGCGCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTg < 2:1305626/150‑1 (MQ=255) cTGCATGACGCGCACGGCCTCGAACTTGACCTGTTTGTTCATTAGCCCCTGGCCGCTGCTCTGCGGGTCGGCCTTGATGATCTCGCGCATCATCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAgaag > 2:873399/1‑147 (MQ=255) tctcgcgCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGga < 2:387557/147‑1 (MQ=255) gACGCGCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCAGCTGCAGCCGCTgggg < 2:24650/150‑3 (MQ=255) gcgcACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCAGAAGCTGGCGCATGTAGTGAATTGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGgagaga > 1:387557/1‑148 (MQ=255) cGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCa < 2:972155/150‑1 (MQ=255) ccTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATgg < 1:1271608/150‑1 (MQ=255) tCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATg > 1:823248/1‑147 (MQ=255) tCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATg < 2:823248/147‑1 (MQ=255) tGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCa < 2:227689/150‑1 (MQ=255) tttgttCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGt > 2:689392/1‑150 (MQ=255) ttCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACg > 2:1098560/1‑150 (MQ=255) ccGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGgt < 2:193212/150‑1 (MQ=255) gCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGgca < 2:1079864/125‑1 (MQ=255) gCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGgca > 1:1079864/1‑125 (MQ=255) gCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCAGGTGACGTCGgtgt > 1:1146214/1‑150 (MQ=255) ctgcAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCAGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGc < 2:1146214/150‑1 (MQ=255) aGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAAc < 2:1217957/150‑1 (MQ=255) ggcggcCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACgg < 1:704066/150‑1 (MQ=255) ggcggcCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACgg < 2:1003737/150‑1 (MQ=255) ggcCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGc > 1:289756/1‑137 (MQ=255) ggcCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGc < 2:289756/137‑1 (MQ=255) cTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGcc > 1:1044679/1‑150 (MQ=255) tgctctcGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCgctgc < 1:237901/147‑1 (MQ=255) tcGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATg > 2:235399/1‑84 (MQ=255) tcGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATg < 1:235399/84‑1 (MQ=255) tcGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATc < 1:648794/92‑1 (MQ=255) tcGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATc > 2:648794/1‑92 (MQ=255) cccTCATCAGCAGCTCCATATCCACAGGTTCCTTCACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCAGGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCAc < 1:553137/148‑1 (MQ=255) cGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCAc < 2:657677/150‑1 (MQ=255) gCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACg > 1:1055650/1‑150 (MQ=255) ccATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTgg < 2:272883/150‑1 (MQ=255) tCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCAGCTGCa > 1:720165/1‑43 (MQ=255) tCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCAGCTGCa < 2:720165/43‑1 (MQ=255) cGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCAGGAGAGAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTc < 1:1379141/150‑1 (MQ=255) ggCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCg > 1:803051/1‑150 (MQ=255) gCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGt > 2:1388232/1‑150 (MQ=255) gTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCg < 1:832632/150‑1 (MQ=255) gTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCg < 1:689392/150‑1 (MQ=255) ccGCAGGTATGGCCACCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAGCGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCtt > 1:479951/1‑150 (MQ=255) aTGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGATGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTa > 2:40680/1‑150 (MQ=255) aTGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTa < 2:803051/150‑1 (MQ=255) tGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGa > 2:10387/1‑144 (MQ=255) tGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGa < 1:10387/144‑1 (MQ=255) ccccAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGCCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTggg < 1:1098560/150‑1 (MQ=255) tccAGCAGCTGCAGCCGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGaa < 1:1417354/79‑1 (MQ=255) tccAGCAGCTGCAGCCGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGaa > 2:1417354/2‑80 (MQ=255) | GCCGCGCTCCTGCATGACGCGCACGGCCTCGACCTTGGCCTGTTTGTTCATCCGCCCCTGGCCGCTGCGCTGCAGGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCACGGAAGATTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGG > NC_002947/3333249‑3333539 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |