Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,348,749 | 0 | A | G | 48.7% | 310.0 / inf | 706 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (176/186); new base G (179/165); total (355/351) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.36e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 706 total aligned reads displayed.
ATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCAC > NC_002947/4348631‑4348896 | tttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 2:4979626/150‑1 (MQ=31) tttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt > 2:7496288/1‑150 (MQ=31) ttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 1:6770331/150‑1 (MQ=17) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGc < 1:7758852/150‑1 (MQ=33) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 2:6893864/150‑1 (MQ=34) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 1:1789862/150‑1 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa > 2:2814311/1‑150 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 1:2372953/150‑1 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 1:7638153/150‑1 (MQ=34) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 1:6480317/150‑1 (MQ=34) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 1:3630516/150‑1 (MQ=34) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 1:1998627/150‑1 (MQ=34) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 1:3941971/150‑1 (MQ=34) tACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGAt > 1:4799710/1‑150 (MQ=34) aaCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTcc < 2:6683594/150‑1 (MQ=34) aaCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTcc > 1:3314819/1‑150 (MQ=34) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTccc > 1:5027872/1‑150 (MQ=21) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTccc > 2:6367876/1‑150 (MQ=34) cGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCa < 1:5468203/150‑1 (MQ=21) 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gaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAggg > 1:5985897/1‑150 (MQ=34) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGt > 2:4064453/1‑150 (MQ=34) ggCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTaa > 2:4448628/1‑150 (MQ=21) ggCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTaa > 1:1896922/1‑150 (MQ=21) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcg < 1:5679798/150‑1 (MQ=34) ccTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgc > 1:6664885/1‑150 (MQ=21) ccTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgc < 1:4613092/150‑1 (MQ=34) cTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgcg > 2:1574320/1‑150 (MQ=34) tACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGa > 1:787996/1‑150 (MQ=21) tACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGa > 2:7221066/1‑150 (MQ=21) tACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGa > 2:33388/1‑150 (MQ=34) tGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCt > 2:2373611/1‑150 (MQ=21) gcggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTCATTCGCGCGACCTTc > 2:5821216/1‑150 (MQ=21) gcggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTc > 1:2216366/1‑150 (MQ=34) ggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCt < 2:539100/150‑1 (MQ=34) gcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTg < 1:2838287/150‑1 (MQ=21) cATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCAAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGc > 1:4405305/1‑150 (MQ=21) aTAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCt > 1:6329802/1‑150 (MQ=21) aaCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTa > 2:7775955/1‑150 (MQ=34) aCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTAt < 2:3687101/150‑1 (MQ=21) aCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTAt < 2:7695499/150‑1 (MQ=21) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc > 1:855013/1‑150 (MQ=21) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc < 1:5132109/150‑1 (MQ=21) ttCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTg > 2:813286/1‑150 (MQ=34) cGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTc < 1:688989/150‑1 (MQ=21) 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ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt > 1:1376312/1‑150 (MQ=34) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 2:7320437/150‑1 (MQ=34) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt > 1:1844748/1‑150 (MQ=34) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt > 2:3834707/1‑150 (MQ=34) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 1:5811669/150‑1 (MQ=34) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |