| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,444,094 | Δ1 bp | 13.3% | coding (99/948 nt) | PP_1262 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,444,094 | 0 | C | . | 13.3% | 86.4 / 9.1 | 30 | coding (99/948 nt) | PP_1262 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/14); new base . (2/2); total (14/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
GGCCTCGGCTTCTTCGACGTAGGTAAGAATCTGTTCGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGCGGCGGGTGGTACGGTTGAGCAGCCTTGTTTGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTT > NC_002947/1443950‑1444238 | ggCCTCGGCTTCTTCGACGTAGGTAAGAATCTGTTCGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGCGGCGGGTGGTACGGTTGAGCAGCCTTGTTTGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGt‑t < 1:269868/150‑1 (MQ=255) cttcttCGACGTAGGTAAGAATCTGTTCGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGCGGCGGGTGGTACGGTTGAGCAGCCTTGTTTGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCggtgg < 1:682301/150‑1 (MQ=255) cGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGCGGCGGGTGGTACGGTTGAGCAGCCTTGTTTGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAg > 1:214696/1‑150 (MQ=255) 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ccgcccgcGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGt < 1:497789/150‑1 (MQ=255) cgcgACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACtt > 2:522988/1‑150 (MQ=255) cgcgACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACtt < 1:829929/150‑1 (MQ=255) | GGCCTCGGCTTCTTCGACGTAGGTAAGAATCTGTTCGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGCGGCGGGTGGTACGGTTGAGCAGCCTTGTTTGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTT > NC_002947/1443950‑1444238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |