Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,470,656 | Δ1 bp | 12.1% | coding (178/1182 nt) | PP_2165 → | two‑component system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,470,656 | 0 | C | . | 12.1% | 87.1 / 8.9 | 33 | coding (178/1182 nt) | PP_2165 | two‑component system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/12); new base . (2/2); total (18/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.65e-01 |
ACGACGACGTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCA > NC_002947/2470516‑2470794 | acgacgacgTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCGTTGCGCAGATgg < 2:463722/150‑1 (MQ=255) acgTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGcc > 2:211860/1‑150 (MQ=255) gTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTc > 2:501039/1‑150 (MQ=255) gTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGaa < 1:501039/150‑1 (MQ=255) tCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAAc < 2:196468/150‑1 (MQ=255) tCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAAc < 2:577276/150‑1 (MQ=255) gacgccTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGTCTCGAACTTATCCgtcaggtc > 2:354092/3‑150 (MQ=255) ttGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTg > 1:439719/1‑150 (MQ=255) aGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGTGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAg > 1:710593/1‑150 (MQ=255) tttCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGCGGCATG‑CGCAGAtc < 1:123193/100‑2 (MQ=255) tttCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGCGGCATG‑CGCAGAtc > 2:123193/1‑99 (MQ=255) tttCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGcc > 2:272195/1‑150 (MQ=255) aGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTg > 1:263107/1‑150 (MQ=255) gTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATc < 1:272195/150‑1 (MQ=255) ctccAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGTGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCgtg < 2:710593/150‑1 (MQ=255) 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cagGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATg > 2:468095/1‑150 (MQ=255) ggggCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAg < 2:439719/150‑1 (MQ=255) ggCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTg < 2:263107/150‑1 (MQ=255) gaaCACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTg > 1:753832/1‑150 (MQ=255) aaCACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTgc < 2:660676/150‑1 (MQ=255) 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ccatctgcgGCATG‑CGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGt > 1:336688/3‑114 (MQ=255) atctgc‑gCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTTCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGTCTGGGCGCCGCCGCCTCCCtcatcc > 2:345914/1‑149 (MQ=255) | ACGACGACGTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCA > NC_002947/2470516‑2470794 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |